HsaINT0002975 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000166743 | ACSM1
Description
acyl-CoA synthetase medium-chain family member 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18049]
Coordinates
chr16:20640461-20661873:-
Coord C1 exon
chr16:20661794-20661873
Coord A exon
chr16:20640585-20661793
Coord C2 exon
chr16:20640461-20640584
Length
21209 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGG
5' ss Score
9.99
3' ss Seq
GCACCTTGTCTTCCTCTAAGCAT
3' ss Score
4.33
Exon sequences
Seq C1 exon
ACATTGTTGAAATACCCCATTAACCACTTTTGGGGGGTATCATCTATATATCGAATGATTCTGCAGCAGGATTTCACCAG
Seq A exon
GTATGGTAGAAGTGGCTTGTAACAACATCTTTGGGTAAGATTTTAAGGAATCTGATACATCATGGTCTGTTTTTCTTCTGGTTCTTTGAGGAGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTTAAGTGTTGGTGGCGATGATGATCAAAAGTTAATTAGTTAAAGCAAATCCAGAGATCCAAAGGAAACTCAGTGAGCCTTGCATGATTGTGGGTTGATTCCTTTTTAAACATTTCAGTTGTAAAATAACAATTGTACAGAAAATGCATAAGACAGAAATTTACAGATTAATAAATTATTGAAATTAAAATATCTGTGTAACCCACTCACCAAGTCAAAAAAACATAACATTGCCAGTACCTCAGAGACTTCCATCTCCCTTAAAGGAAACAACTATCTTGACCTTTATGTTGTTAATTCCTTACTTGCCTTTATAATTTACCTCCTAAGGAACTATCCCTAACCAAAATTTTATTTTACATGTGTTCGAATTTTAAACAGGTAATGCTACATTATTATATAATAATTGTGTTTCTAAGATGTGTCCCTGTTGTTGCATATTGCTGTAGTTTATCTTAATTGTGTGCAGCATCCTATTTTATGAAAATACCACAATTTCTTATACCAGTCCTACCATTAATGGACATTTCTGTAGTTTTCGCTTTGAGGCTATTGATGTTTAATGCTACATAGAATCCTAGGACATGCACCCTGGTGTGTACAAGCATGCATTTCTGTAGAGTTTTTCAAGGAGAGGAATTGCGGGTCACACTGATACAACACAATACCATACTATCTTCCAAACCAATTTATGCTTCTTTATATAAGCAGGGCAGGAGAATTTCCATTGTTCCATGTTCCTGCCAACATTTGGTATTGTCAGACTTATTAATTTTTGCCAGGCTGGTGGGTGTGTGGTGTTATCTTAATACAACTTTATTTTTGCATCTTCCTATGTTTGAGAATTAATTTTAAGCTAAACCAAAACACACTCTTTGAAACTTATGGATATTTATGTATCTTTTAGGGACTCTGAAATTGAAATGGCTAGTTCAAAAATCAGAGCTAATATGTTTTAGACATAAAAGTTAAAATATCAGAGTTTAATGATTGCCCTTACAGAGCTAACTCTGAATTATAATTTGATTTTACTCATGAAGCTTCAGTCTGGCTGTATTCTGTTTCCATCTGTATTTCAAAGCTCATATGACAGCCAAGTTTTGGAACATTCCTCACATGATGGCCTTGGTCCAAACTTGGCACACATCTTATCATGGCATAACTAATGATTCCATCTGAGACTCTGCCCACTTTATGTACTTTGGTTTAGCTTCAAAAGAATGAGGAAGAGATCCTCAGTGAACACAACCCTCCTATCCTCACTCTTGACCCTGTCTGTATCAGGAGAGGGTAGTGAGGTGGAAAAGTGGTCTAGATGGTGCCACTTTCCTCATCACCAAGAGCTGGCTGGGCTGAGCCTCATGCTAGATGCATCCAGCTGGCTTTCAAACTTCCATCACTTTTCTCCATTTTCTTCAGGGAATCTAATTATTATTTTGTGATTGTTTTTGTATTCTTTGGGAAAATTTCATGGGAAAAAGGGACAAGAGACTTTATATCACATGCTGTACATAGGAAACTACTACTGTTGATGAAAAAAGTGAAACTCTGGAAAATATTTTTAGAGATTTATTCTGAGCTAAATATGAGTGACCATGACCCATGACACAGCCCTCAGGAGGTCCTGAGAACATGTGCCCAAGGTGGTCAGGATGCATCTTGGTTTTATATATTTTAGGGAGGCGTGAGACATCAATCAAATACATTTAAGAAACACATTGGTTTGGTTCAGAAAGGCAGGACAATGCAAAGCGGGGTCTTTCAGGTTATAGGTAAATTTAAACATTTTGTCATTGATGATTAGTTTATCTGAAGACCTGGGATCAAAGGAAATGTTCAGGTTAAGAGAAAGGATTGTGGAAACCAAGTTTTATTGTGCAGAGGAAACTCTCAGATAGCAGACTTCAGAGAGAAAGGTTGTAAAATGTGTCTTATCGGACTTAAAAGGGGTGCCTGGTTCTTAGTTGATTATCTCCTGGATATGGAAAGGAAGGAAGGAAAATGAAGGGGAAAGTGGATTCTCTATAGAATGTGGACTTTTCCCACAAGAGACTTTGCAGGGCAATTTCAAGATATGGCGGAGAAACATGTTTTGGGGTACAATATTTTGATTTTCTTCCTTGTCTCGTAATGTTATGCCAGAGTCAGATTGGAAAGTTAAGTCACAATATACAGGGTTAAATAAAACCCATCTGATGAGAATTTATGGTTTGTAAGGTATGACTCCCCAGGCACCTTAGATAGGAATTTGGGCAAGATTGTAAAAATCAGAGCTCAGTCCTCAGTCCCCGCTCTTGGCCAAAAAGCATTCCATAGAATGCACATGTAGGCCAACAAACAGCAGCAGGTCCCATGGCACTAGGAAGACTCATTCCTAGAGTTGTCTGATTTGGCCATCTGGCAGGGTCCCACAGTGCTAGGAAAGCTTGTTCCTAGAGTCCTCTGATTTGATGGTAATAGTTTTAAACACTAGCGTTTTGGATAATGGGGGGAAGACCTGGAGTTTAAGGGGTGAGATGGAGTCAGGCTTAGGGTTTAGTCTTTTACAAAAAAATCCCAGATCAGATCTATGTTCTGAGTTATCATGATCTGAGTCTTTAATTGTGCCTTTCCCTTTTGCTGTATCTGGCATAACATTTACAAGAAAATGTCTATCATAAAGATAGTGAAGATTTGGGTATCCAAGGTTATAGGTGGCATCAGAGAGCAGAAAGAATATTTCAGCCAGAATAAACACTGCATACATCATCATATTCTTTGATCAGACTCACAATGTGGTTACCTTACTTATTAAGGGTTATTTCAACCCTCTGATAAATCTTATTTGGAAATTACGGGACCAACATTAAATTGGAATTTAATAAATTTAATCTCTTTTCCGGCCAATTTGTCTCCATAGGTATAGCATCCTGAGGAGGGTGTAAATTAAATGCAAGAAACACCTGTTCCTCAATATCTAAATTCTTATAGCCTTGTTAATATAGACGAATCTATTCTTCCCACCACTTTTGTATTGCACCATATACTGGTATTTGGGAGAGAAAAGGTTTTGTCACAGGAGAAGTCATAATTCTGCACCGTCATTTTTTCCTTGGCAGGACTGCCCATGGCTGAAGACCTTAAAAGTCAAAAGACTTATAGCCAATTAATTGTTCTAGGCCAGATAGGAATGGATGTGGACAGGCATTGATTACTTCTAGAAATGATTTTAAGTCAAAAAAAAAAGAACAACCCCATCAAAAAGTGGGTGAAGGATATGAACAGACACTTCTCAAGAGAAGACATTTATGCAGCCAACAGACACATGAAAAAATGCTCATCATCACTGGCCATCAGAGAACTGCAAATCAAAACCACAATGAAATACCATCTCACACCAGTTAGAATGGCGATCATTAAAAAGTCAGGAAACAACAGGTGCTAGAGAGGATGTGGAGAAATAGGAACACTTTTACACTGTTGGTGGGACTGTAAATTAGTTCAACCATTTTGGAAGACAGTGTGATGATTCCTCAAGGATCTAGAACTAGAAATACCATTTGACCCAGCAATCCCATTACTGGTTATATACCCAAAGGATTGTAAATCATGCTGCTATAAAGACACATGCACATGTATCTTTATTGTGGCACTATTCACAATAGCAAAGACTTGGAACCAACCCAAATGTCCAAAAATGATAGACTGGATTATGAAAATGTGGCACATATACACCATGGAATACTATGCAGCCACAAAAAATGATGAGTTCATGACGTTTGCAGGGACATAGATGAGGCTGGAAACCATCATTCTCAGCAAACTATCACAAGGACAAAAAACCAAACACTGCATGTTCTCCCTCATAGGTGGGAGTTGAACAATGAGAACACATGGACACAGGAAAGGGAACATCACACATCAGAGCCTGTTGTGGGGTGGCGGGAGGGGGGAGGGATAACATTAGGAGATATACCTAATGCTAAATGATGAGTTAATGGGTGCAGCACACCATCGTGGCACATGTATCCATATGTAACAAACCTGCACGTTGTGCACATGTACCCTAAAACTTAAGGTATAATAAAAAAAAAAACATTGGGCACAGTGGCTTATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATTGTGAAACCCTGTCTCTATTAAAAGTATAAAAGTTAGCTGGGCGTGGTCGTGGGCACCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAAAATTGCTTGAACACAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCGCACTGCTGCACTCCAGCCTGGGTGACAAGAGAGAGACTCTGTGTGAAAAAAACAAAAAACAAAAAACAAAACCAAAAAAACAAACCCAAAAAAACAAACCCAACAATAGAACCAAAAGGCAAAGTTACAAGACTGGCTTCTTTTTAACTTTTATGTGTTGAGTTACTGTAAGCTTAGTTTCTGTTACATACTTACAGCAATTAGCTACTCAAAATATAAGCATTGTTCTGAAAAATAATTTAAAATATGTATATATGTATAGACATATTTATCTTCACAACTTATAACTGGCAGTATTATACCCAGGAGGGTTTGTTACAAGGTACTTTATCCTATTAGTAAATATATATATTTTTTAATTTTATAGGAAGCAGAAAATGTTTGTGGTTGGGATGTATGCAAAAGTGACACATAATAGTTTAGAAGACAACTAAACTTGTTTTACCAGCTGTTTAGGCATTTTTTTTTTTTTTGTAACCTCTTCTTGATTTGGAGGGTTTGGTCTTGTTCTAATTTTATCCCTCAAAGCTGGCCCTTACAATCTTACATGCCCACCTCTTCCGTGATAGTTCCTGGG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Seq C2 exon
CATCAGGTTCCCTGCCCTGGAGCACTGCTATACTGGCGGGGAGGTCGTGTTGCCCAAGGATCAGGAGGAGTGGAAAAGACGGACGGGCCTTCTGCTCTACGAGAACTATGGGCAGTCGGAAACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000166743:ENST00000307493:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0050123=AMP-binding=FE(25.7=100)
A:
NA
C2:
PF0050123=AMP-binding=FE(39.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development