HsaINT0005688 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000188157 | AGRN
Description
agrin [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:329]
Coordinates
chr1:1022201-1035324:+
Coord C1 exon
chr1:1022201-1022462
Coord A exon
chr1:1022463-1035276
Coord C2 exon
chr1:1035277-1035324
Length
12814 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGCGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
GGGGATTTGTTTTCTTCCAGATA
3' ss Score
7.92
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCGGGTCTGGCGGTACTTGAAGGGCAAAGACCTGGTGGCCCGGGAGAGCCTGCTGGACGGCGGCAACAAGGTGGTGATCAGCGGCTTTGGAGACCCCCTCATCTGTGACAACCAGGTGTCCACTGGGGACACCAGGATCTTCTTTGTGAACCCTGCACCCCCATACCTGTGGCCAGCCCACAAGAACGAGCTGATGCTCAACTCCAGCCTCATGCGGATCACCCTGCGGAACCTGGAGGAGGTGGAGTTCTGTGTGGAAG
Seq A exon
GTGCGTGGTGGGGGGCTCGTGTGGGGGCCTGTGGGGGTCAGGGCAGTGGCCAAGGGGGACAGGTTGCAGGGGTCGCTGTGCGGGGTCCTTTCGTGCTGTGCCGGAGGCTGCAGCACACGGTGTCTTGTGGTCCAACCTCATTCTCTGCTTCTCCGTCCCTGGCTCCCCAGCTGCATCTCCAAGCCCTCACATTAGACATCTTTGGCCCTGGGGCCCAAGGCAAGTCCCAGCCCTGCAAACAGATGGCCTCCTGCCTCCTCCCCTCCTCCCAGCTCTCCATACTTCCTTCTGGAGGCCCCTTCTAGGGAGAAGCTGGACAGGTGAATGTCCCCAGCTGTTCAAGCCCCTGTGTTAGCCCAGACCTCCGTCTAGACGGGCCCGCGTGTCGAGCACTCCTCGCCGTGGAGATCGGGCGGGAGGGCGAGGCTGTGCGGCGAGGGCTTCTGCGGATGTGGAGGGTGTGGCATTTGCCATCGTGAGGTCTTGCTTGCTGTTCCCATGGCTCTGCCGAAGGGCCGAGGAGTGGCCCTCCCTGACCCCAGCCTGGTGGGGGCAGAAATCCCATGGCAGCCCCCGCAGGACAAGTCCCAGTTGGGGACTGAGATCGTTGGCTGGGGAATGTGGCAGGGAAAATATAGGAGGTCCCTGTCGCCCCCACATCCTGTCTGCTCCCTCATGGCTGCCTGGGAAGGGATGTGTCGGTGGGGGGGTCTGGAGAGTGCTTCCTCCTCAAGGCAACGGTAAGGGTCCTGACTTCCCGTCTCTCCGATCTGCTCCGTTGGCCGGCAGGAAACTTTGCTGCCCTGACACTAGCCTGGCTCTTGAGGGGTCCTTGTGGGGTCCTGGACTGTCCACTGCTCTTGCCTTCTCTGTGCATGCCTGGGGGCTATGCAGGGGGAGGGGCAGCACCCAAAATAAGGAACGCTGCGGCCTTTTCCCCAGCCTGTGGTCAGTGGTCCCCAAGCTGCCTTCAGGGTCCAGGGCCTCAGTGCAGCACAGAGGAGGGTCCCCTGGGTCCCCCACTGGGAGGACATGATAACCTTGGTCCTCTTCTGGGCACTCATGGTCTGGGGAAAAGATGGGGGCATCGTGGACTCAGGATAGGCTGTCAGGAGCTGAGGAGGGGCTGGAGAAGGGGGTTAGGGCGAGGAGAGGTTCCTGTCCCTGCAAGATCAGGAGAGGGGGTCACTAACCCCACAGCCAGGTGGGTCCAGCCCGAGAGTCCGTGACTTAGTAGCTGAGGACTTGCTCTAGGGTCAGAGGGCACATGGCAGGAGAGTCACCCCGGCTGAACGAGGCTCTGCATCTTACCGAAGCCGCTCTACGGGTGCCAGGCACTGGCTCTGGAGCGAGTGCCCAGGCGGAGCAGAGCGCTGGGAGGAGGGTCCGTGGGGAGCCCCTGCCAGGTGGGTGTGGCTTAGCCCAGCTGTGGGCAGTCGCACTCAGGGACGAGCTCCAGGTGGGGAGCCTGGGACCCACAGCCAGTATGCAGCTTGGGGAGCACCCGGGAGGGGCTGTGGCCACCGGACCCCCTGGGGTGGGGCTGGCCAGGGGAGGGTTAGCCAGGGAGGACTGTCATGGGAGGGGCCTTGCAGGTGAGCCAGGGGCCAAGGGGAGCCTCAGGAGGGAAACAGCATGAGGAGTGGGGGAGCCCAGGAGCTTCCGGTGGGACATGTGGAGCTCTGCTGTGGAAGTAGACCAGGGATATCTCGGGTGGCTGGGGTCCCTGGCTGCCGGGACAGGGTAAATGCCTCCCAGAAGCCTGGGGTGAGCCCTGAGGGACAAGGTCTCTGGAGCCAGTCTGGCTGGAGAAGGGACAATTCTGTGTGCCCACCCCTCCCCTCACACTGGGTGGTGTGGGAGGTGGGTCCATCTCCTGCTCTGTAGGAGATAAGGACATTGAACCCCACCCTGGGCCCTCTGGTAGCCAAGGCCTCACCCTAGTGAGGGGGATGGATGGAGGGAGCTTGAGCCTAGCTGACCTCTCCCCATCTGACTCCGACCCCACCTCCCAGGGCACAGGATGGCGTCTGGGCAGCCCCTAGTCTTCAGAAGCTACCCCTGAGACCACAGGGTCCCACCTTGTATGGGAACCCCATCCTGGAGACAAAGGCCCCTCCGAGCTCCCCAGGTCGGGGAGGGCCACGCCCCTCACCACCCCTGCCCGGACACCGCCTGAGGTGCACCTGCTGCTGGGCCACACCTGGACTCAGCTCTACTGAGGACTTCCTTTCCTCAGTTTCTCACCTGGCCCTGCCAGATCTTCCTGGCCCTGCCCAGCCAAGGCCCCTCCCCCAGTCAACAACCCTCAGAAAGGCTCCTCCCCCCTTCTCTGCCTAGGGAGCCACATTCCTGGCATAACTAAGACAGGTATGTGTCCCTCCCTCTGCGCCACCTTTGGGCGGGGGAGGCCCGCTGCTCCCTCCGGAAGGAGACCCCCGCCCCTGCTTTGTCAGGGAAGTGGCCTGGCCTCCGCAGTGCCAGCTGCCCAGGGCTGGCGGCTGAGCGGGCGACTCCTCCGGCCCTCGCCACCCTGTCCTGTCTGGGCACTGCCCATGCCCTCCCAGCCCACCTCACAAAGGCTGGTCCTAGAGCCTCCCTGAAGCCCCCAGGAGGGACTCCTGGCTGAGGGCCGGCCAGGCCGCCCGGGGCCCATCCCTCCCTGCTAGGAGCCAGGAGCAGAGAAAGGGAGTGTTGTCTGCCCCTGCCGGGGCCTGGCACAGGGACAGGGCAGGGGGCCAGGGTCAGAGTGAGTCTGGCGCCTTCCCAGCCCGGCCCTGCCCAGCTCTGAAGCCCGGGGTCCCGGCGGCCTAGTCCCGGGCCCGCCTGTATTCCGGCGTGTGCACCCTCCCTTCCTCCCTGCCTGGCCAGCTGCCTAGGCCTCAGGACGGCAGTCCTAGGGGAAGCCCAGAGTCCCACGGCACCGGGGACAGCATCGGTGCTGGGGTTGAGGGGCCCGACAGCCCCAGACCAGGCTCCCCTCAGTGTGGGGCAGTCTAGGAGTTGGGGGAGGTTTCTGGGATGCAGGAGGACCTCCCATAGGGCTGGGGCCAGCCCCCTCTCCTGCCCAGGGCTCAGCTCCTGCCCCCAACTCCTCCGCATTCCTGCCACCCTCTCCTGCCCCCTCCTGACTCCAGGTTCTCATCCTGCCCCCTGGTTCCCCCACCCCCACCCCATGAGCCCCTCTCTGGCCCTCCCCCAGGCAGGTCTGGGCTCGAGGCTGCTGCCCCAATCTCCCTCCTGCAGCTGGGAGGGGGTCTGCCGGGTGGGAGGGCGGAGGGCCTACCTCTGTCCCTCCCCACTCACCTCTGTGTCTCCCCACCCAGGGGCTCCTGGTAGGAAGTTGGGGCCCCACCTCTGTTTCTCCTGGAGCTGGGAGGGGGGTCTGCCGGGTGAAGGGCCCACCTCTGTCCATCCCAACCCCGGGGCTCCTGGTGGGAAGTCGGGGCTCGGTGCTTCCCGCCTGCGTGAATGGACTTGTCCCGTCTTTGACTTCTCCTGGGCTTGCCCCTGCCTTGGCCTGGGGGGGGGCTTTGCTGGCTGAAACCAAAGGGAGTGAGGTGGTGGGAGGGGTAGGGGAATCGGGTTGGTCAGTTCTGTGGAGATGACCTCTTTGAGAGGGCCGGGCTGAGCTGGTGGAAGGAACTCTTGGCTTTTTCCAGACCCCACCCCACTCCCTCACTCCCCACCCAGAGAACAGCCCTGGCTCCATTGTTCCTGCAGACTAGAGAGGGAAGGTTGTTTTGGAACTGGGCTCGCTCCCGCTTGTCCACACTGGCCGCTCTGGTGGGGCCTCTGTGGGTGGTGGTGGGGATGGCACCTGCTGCAGCCTCCAGGCCAAGGTAGGGGAGAAGGAGGTTAGGGTGAGGACAGGTTCCTGTCCCTGCAAGATCAGGAGAGGGAATCATTAGCCCCACAGCCTGCAGAAGGCGGGATGGGGCTGCTCCAGGGAAGGGGGTGCCCGTGCCTCGGGGCCACAGGTCCGGCCAGAGGTCATTCCAGCCAGGCCCATGCAGCTTCCTTCCTGAAGGGCTGACTCTGCCCCCATCACTGCAGGAGGGTGGAAAACAACTGCAGAAGCAGACGCCCCACGCCCAGGGCTTTGCTTCCACCTGTGGGACCCAGGTCCACAGCCCCACCAGCGGCCTGGGTGGGGCAGGAACGGACCCCCTCCCTGCAGTCCTGGTTCTGGCACCCCCTCCCCACTTGGACTGGGCTCCCCAGGGCCCCCGAAGCCCAGCGGGGCTGGGGCTGCAGACGGAAACACCGTGGTGGCCTGCCCACCTCAGGATGGAACCCCGGGGTCCCAGGAGGTGCCTGCCCCTCAGAGATGAGAAAAAGGAAGTGCAGGGCTGAGATATCACCCCATGGACAGTCGCCCGCTGGAGGAGGAGGCTCTGTACCCCTGCACCTCCTGCCTGCTGGGTGAGCTGCTGGGAGCTGCACTGGGGCTCAGAGCAGTCCTGTGCGCCCCTCAGGCTGTGGCAAGATTGTGGCTGGGATCTAGGGAATGAGGCAGGTCTCTAGCGGAGCCTGCAGCACTGAGGGAAGCCCCCCCGAAGGGGCCTCTCCCCCCAGCACAGATCCTGGGAACTTCCTCTGAGGAAGGCCCCCTGCCAGGGGCAGCTCACAGCAGGACCTGGGAAAGGGAGACGGCCCCTCCCAGCCCCCTCCTCCTGCAGTCCCCCCACGGAGCAGAGGCGTGGGAGAAGGGGCGTGCTGTGTCCTACAGGCAGCCGGCTGTTTCCAGCTGTGTGGCCTGCGTGTGTGCATGTGTTTGTGTGTGTGTGTACACGCATGTGTGTGCACGTGCCTGCAGCCTCAGATGTACCAGCCTGTGCACTTCAGAATTCTGCCTGGAGCCTCCACTAGTGGGCCATGGTTCTTACCACCCTATGTCCCTGGGTTCAGCCCGGGCTGGTGCTGCAGGTGTGAGGCTGGTGGTGGGTGACCCTGGCCTGTCCAGGGGGCCTCGGAGCTGGGCTCTTCCTCTGTCCTCGTGCACGTGTCTCGCCTCAGCTTGCTGTTGGTTGTCCACTCTCCTGCCCCCTGCTCACTGCGTCCAGCACGCTGCCCCGTGTCTGGCAAAGGGCCCAGGACCTTCTGCAGGTGCTGCCTCTGAGATGACCAGTGTGGTTTCTGAAGGTTTGAGATGAAGGCATGCTGGGTCCCTTGGGGCGGCAGTGAGGACAGGAGAGGGTCCTGGGTCACAGTCCCTCACATGCCTGCGGGACCTCGAGACTGACACAGATGCCCACCCCTGCCCAGATGGGACTCTGTCTGGGGGCAGCAGGGCAGTCTGGGAGTCAGACCAGGCCTGGTCAGGGTGGGAGCGGGGGTCTGTCGCTGGCCTGAGCCTCCCTGCCCCGCCGTTTGGCAGCCACCTTGGCCACCCTCACACTGGGCCCTAGGAGAAGCAAGCCCCTGCGTGTCCGCAGGTGGGAGGCTCCCACGCACCCCCCGCTGGAGAAGCACAAGCACAAACACCGGCCCACGGCCGCCCCGGCCCACAGCAGCTGGTGGGGAGGGGCTGTGCCCCCTTCTCTCCCCAGGGGAGGCTGGGGTGTGAGCAGGGCTCACCATGACCTTCACTGATTTCATCATCAGTGCCTTCCCCATTCACACACTCACGGTTGGCACCTCCACGGGGCTTCCCAGGGAAGCCGGGAAGGAGCTGTGCATTGAGGGGTGAAAGCCCGTGCAGAGAACCGTGGGAGAAAGAGGCTGTGGACACGGGGCGGAAGAGAGGGCTGGGGCGCAGTCGTCAGCTGCCGTGACCCCACAGCTGGGAGCAAGCTGATTCCTGCCTCGGAGCTGCCGTCTCCCCTGCTGGCCGTTCTCTCTCCCGTGGGGAAACGCCCCCCCCCCCCCCCCGCCCTGCACCTGGCTGGCGGCACCTGTGGGCACTGACCACTCCACGCCAGCTGTTTTCCTTGGTTGGGGTTGGGGGCACCGAGCGTTTGGGTGGACCGGAAGTCAGCGTCTGCATTCGAGCCTGTGTGCGGTGCATGGGCCAAGGGCGCCCACACCCACGCCACCCTTTCCGAAGGAACCGAGCCCCAGCCCCTCATGGGCCAAGGGCACCCACAGCCACGCCACCCTTTCCGAAGGAACCGAGCCCCAGCCCCTCGTGGGCCAAGGGCGCCCACAGCCACGCCACCCTCTCCCAAGGAACCGAGCCCCAGCCCCTCGTGGGCCAAGGGCGCCCACAGCCACGCCACCCTCTCCCAAGGAACCGAGCCCCAGCCCCTCGTGGGCCAAGGGCGCCCACACCCACGCCACCCTCTCCGAAGGAACCGAGCCCCAGCCCCTCGTGGGCCAAGGGCGCCCACACCCACGCCACCCTTTCCGAAGGAACCGAGCCCCAGCCCCTCGTGGGCCAAGGGCGCCCACAGCCACGCCACCCTTTCCGAAGGAACCGAGCCCCAGCCCCTCGTGGGCCAAGGGCGCCCACACCCACGCCACCCTTTCCGAAGGAACCGAGCCCCAGCCCCTCGTGGGCCAAGGGCGCCCACAGCCACGCCACCCTCTCCCAAGGAACCGAGCCCCAGCCCCTCGTGGGCCAAGGGCGCCCACACCCACGCCACCCTCTCCCAAGGAACCGAGCCCCAGCCCCTCGTGGGCCAAGGGCGCCCACAGCCACGCCACCCTTTCCGAAGGAACCGAGCCCCAGCCCCTCTGGGGCCTGCCAATTGCCAGAGAGCCCCAGTGCTCCACCCACTCCAGGCCCCAACCCCCACCTTCTGAGGGCAGGATAAGTACCTGCGGGTGCCCAACCAGAGTGTGCCTGTGTCCACACGGGAACATATGGGTGGGAGGTGAGGAGAACGTGCCTTCCCAGTGTATGGGTGGGGGTTGAGGGACAAAATTAATGTTGCACAAAGATATGGGGGATGCCCAATATCTATGCAGGCAGGTGGGGGGATCAGTGTCTATGCAGGCAGGTGGGGGGGACATCAGTGTCTATGCAGGCAGGTAGGGGGAGGGGGACATCCCGTGTCTATGAGGGCAGGTGGAGGGAGAGAATTGAGGCTGGGGCTGGGGTCAGCAGTGGGGCTGAATGGGGCAGAGTGGGGGTCAAGGAGCAGGGGTGGTGCTGGGCAGGCCAGGAATACCCATTGTGTGGCCGTGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGATCATGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGATCAGCGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGTGTGAGATCGTGTGTGTGTATGCAGTGCATGGTGCTGTGTGAGATCAGCGTGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGATCAGTGTGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTGTGTGCAGCGCATGGTGCTGTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTGTGTGCAGTGCCTGGTGCTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGATCAGCGCGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGATCAGCGTGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGATCAGCGTGTGTGTGTGCAGCGCATGGTGCTGTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGATCAGCGTGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGATCAGCGTGTGTGTGCAGCGCATGGTGCTGTGTGAGATCAGCGTGTGTGTGTGCAGCGCATGGTGCTGAGAGATCAGCATGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGATCAGCGTGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGAGTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGATCAGTGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTGTGTGTGTGCAGCGCATGGTGCTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGATCAGCGTGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGATCAGCGTGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGAGTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGTGTATCAGCATGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGTGTGATTGTGTGTGTGTGTGTGCGGTGCATGGTGCTGTGTGAGATGTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGTGAGATTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGAGTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGTGAGTGTATCAGCATGTCTGTGTGTGTGCAGTGCATGGTGCTGAGTGTGAGATCAGCATGTGTGTGTATGTGTGTGCGGTGCATGGTGCTGTGAGTGTGAGATCAGGGACCAGGGGGCTAGTACTCTTTCCTGCACATGAGCCTGCGTGGGCTGGTCAGGGCTGAATGATTTTGTCTGAAGATCCCAAAATAGCTCATGTCGCCTGAGCTCCCTCCCTGGCTGGGCCTGGGGCCTCAATGGCCCTTTGTCTTTCTGAAGGCATCTGGGCCTCTGTGGGGGGCTCAGACACTGACTGGGGCTGGGTGGGGCCAGGCTGCCTGCCTGGTTCCCCTTCCCCTGGCCCAGCCCAAGGGGCCCTAAGCCTCATTCCAGTGTCGGCCTGGGGCAGCCAGGCCCCCCACGTGACTTTCAGCTTGTTGGGCCCCCTTTGCTGGCAGATCCCAGGGTCTCTCTGTGTGGGGGCAAACTTCCCAGGCAGTGTTTGAGGCCCCCTCTGCCAGCCCGTACCTGGGGCTCCCCCACCCCTCCCACATTGTGGTACCTGTCCTCCTCCTGCAGAGCCCGCCCAGAGATCCCATGGCTGAAGGTGGTGGCAGCAGGCGGGCTGGCGCGTGACCTGGTAGCACGGCCTGGGTTTGACCCTGGCACTGCCCCTGGGACTCAGAGCTGGGAGGTGAGAAATGGGGAATGCATGTGAACCACCTGCCTCTGCACACAGCAAGTCCTGTTCTGGGTTTTCTCATCCCTGGGTCACACCCTGCGCTGGGGAGATAAAAAGTCAGACCCTGCCCGGGGCACCCACAGTCAGCACCGCCGGAACACTGTCAGCCTGGTGTGGACAGTGCCAAGGTCCAGCAGGGTGGGGTGGTTGGGGTAGGAGCTCCCCTGAGGAGAGAGTGAGGCCAGCAGGGGTGGGTCTCCAAGTGCTTCCTTTGACAGCTGCTCTGGATGGGACGTGGCTTGGGGTGGGTGAGAACCCTTGGCTGAGTTTGGATTTTCCTGCAGGGTTTCATTGGAACACCAGGTTCCAGGGCCGTAGAGATGTGGAGGCCTCCTGTCTGGGTGATGGGGCATGGTGCTGGTCCCTGGCTGTGGGGTGGAAAGGAGTCCCAAGAGAGGGAGCTGGCAAGACAGGACCTTCCCAGCTAAGGTGGGGTTGGTGGGATTTGGCTGGGGCCCTTGGAGGAGCCTGACCAGGAGGTGAGACAGGGCACCTGGAAGGAAGGAGGCGTTGGGGAGAGTCCAGATGGAGGCCATGGGGTTGAGGGGCCCAGACACCCGGCTGGGGGACTCCAGGAAGGCAGCAGGTGTGGGCAGTGGGTCCTCTGGGGTGGACTGAGGTGAGGCCTGGGTGTGACCACGCGGTGGCACTGGTGGCTGCCGGCAGCTGTCGTCTGCAGAGTGGGTGAGACCGAGTGTGGCAGATGGCTTGGTCCGCGGTGCTGGAGGGGACTGGCGGAGCAGAAGCGCCCTGGCGCCGGGTCCTTGCTTTCCTGGAGCTGGGGCTTGGGGAATGGGGTCGGTCATTGCAGGGACAGAGGAGAGGGCAGGGTAATGGGTGCGCAGGGGTCCCTTCCAAAGGCTGCGGGTGGCCAGGGGTGTGCGGGGGCGCTGAGGTGCGGTCGCCGAGAGATTCTGGCCTCCAGGGTGGTCGGGCCTGGCATGGACTCTAGGGGATGGTGCACACACCGGACCGGACGGGCCCCTCCCTTACCCCCGGATCCCCCGGCTGGGCAGCGGCCAGGGAGAGGGGCGACCTACGGGGGCGGGTGTGGGGACGCCGGACTACGCGTCAGGAGTCCCAGATGGGCCCAGACCCCCATTCCCCGCCCCGGGCCGCAGTGACGTCAGGGCCCGGACGTTCCCGGAACGGCCTCTTGGGGGCGTTCCAGCCCCACGGACCCGCAGGGAGTCCCCGCCGCAATTTGCATGGGGCTCATTTGCATGACCCCGCCCCGCGCGGGAGTCGGGGGCGCCGGCGACTGGAGGAGCCACTGTCAATCCCCAGGGGAAAGTGGGCGAGGCGATTTCTGGGCCGCTCACCTCACTCCACCCTCCAGCTCGCGCCGCACCTGGGGCCCTCCCCCACCTACGCCCCGCCAGGGCGGGGCCGCGGGCGCAGACACTCGCGGGCACACGCACGACGACGCGCACACGCGGTCGCACGCGGCCCCCCGAGCCCCCTGCGGCGACTCCGATTCACCCCCGCGGGTGCGGGGCGCGGACCCGCCCGGCCCAGCTCCTGCTCCCCAGGCGCTTCCTCCTCCCGCGACCTGCCCCGGCCGCACCCGCCTCCGCTCCAGCACGCGACGCTGCCCGGCGCGACCCCTGCTCCCCCGGCCCAGCCCCACCGCTGCCCTCGACTCAATCCCAGTTGAACGCCCGCAGCCTCAGTCCCACCCCCGGCCCAGCCCCAGCGCCCCCAGTCCCACCCCCGGCCCCAGCTTCAGCCTCAGCGCCCCCAGGCCCAGCCCCAGTCCCACCCCCAGTCCCAACACCTTCAGGCCCACCCTCGGCCCCAGCCTCAGCCACCCCAGCCCCAGTCCCGGCCCAGCCCCAGCCCCAGCGCTCCCGGCCCCGGGCCCAGCCCCAGCCCCAGCCCCAGCCGAGCACCCCCGGCCCCGCCTGCCCGGCGTTCCCTTTTGTGCGGCGCTCTCCCGTCCGCATCCGCCCGATCCTCTGGAACTCCCCGCGGACGCCGGGGTCCCTGGAGGCGGCTTCCTTTGTCTCTGCTCCCGCCCTCCCTCCGCGGCGTCTTCGCCCCTCACTCACCTCCCCAGCCCCGCGGGGACGAGGGGAGCTGGAGGGAGCCCGGGACCCGGCGCGGCCTCCGCAGGCGGCGCTTTCTTCTCGCTCCCGACGCGGCCGCCCCTCCTGCCTGCCCGCTCCTATCGCCGCTTCCGCCTCTGCCGGGGACGGGGACAGCAGACCCTCGGCGCCCGGCCCCCGCGCACCTGCCGCGCGCACCGCCTCTCCGGCCTGCGCGGCTCCGGGGGCTCCGGGAAGACCGAGCGCTGGCGGCCAGCCCGGGGAGGCTGTGGGCAGCAGGGGTGGCTGCGGGCTCCCAGTCCCTCCTCCGCCTACCTCGGAGCCCACATTTGGGATTTCTACTCCGGGAGAATTCTGCCCTCCTCCCACGATGAGCCTGGAGGACTGGAGCCGGGACCTGGCACCCCCAGGGCTGTGACTGGGTGAACTCTGAGGGCACAGCTGCTGTCCGCCGCCCCAGGGGTCCCAGGATGGGGCGAGCAGCCCTGAAGAGGCCCAAGGGCACCCCGTGAGGAGCCCCCACGCTCTGAGAGTGGGGCGCAGAGCCGGAGCCCCGGGCCATGCCTCCGCTGCCGCTGGCGCGGGACACCCGGCAGCCGCCTGGCGCCTCCCTGCTGGTGCGAGGCTTCATGGTGCCCTGCAACGCCTGCCTGATCCTGCTGGCCACCGCCACGCTCGGCTTCGCGGTGCTGCTGTTCCTCAACAACTGTAGGTGGCCGCGGGCGGGGCGTCGCACTGGCCAAGCCCCAACCCCGAGGCCCCTGCACATAGAGGCTGGAGGCCGCGGCGGGTCCGCGGGGCTCCCGGCAGCTTCCCGGGGATGGGATGGGTCACTCTGCGGACCCCTCGGTCCCTGGAGGCCGTCCTTGGGCTCTCAGTGGGCCTGGCCCTCACCCAAAGCTGCAGAAACACTTTCTGCGGGAGCTGGGGAGGGAGGGGCAGCCGGCTACACTGAGAGCCGGCAGTTGGGGGTAGGGCAGGACCTGCGGTGGACTCTTCCAGGGAAGGGGGTCCTGCCTGCACCCCTGTGGCTGGGGCCCCATCTGACAGGGGTCAGGCCATGACTATTTGGCTGGAGGGGCAGAGAAAAGCAGGGGCCTCTGTCTCAGACCTCAGCCAGCCCATGGGGTCAGGGCTGGACCCTTCAGCAGCCTGGATCCCTGGGGCTAGCGGTGGGGGGGGGGGGGTGGGCAGGGGTGCCCCTTTCCAGGCTGGGCAAAGGGATGGGACAGGGAGGAGCCTGCTCAGAGGAGCCTAACTTGGGGATTTGTTTTCTTCCAG
Seq C2 exon
ATAAACCCGGGACCCACTTCACTCCAGTGCCTCCGACGCCTCCTGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000188157:ENST00000379370:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.165
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0314610=NtA=PU(84.2=94.1)
A:
NA
C2:
PF0314610=NtA=PD(10.5=11.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development