HsaINT0005688 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000188157 | AGRN
Description
agrin [Source:HGNC Symbol;Acc:329]
Coordinates
chr1:957581-970704:+
Coord C1 exon
chr1:957581-957842
Coord A exon
chr1:957843-970656
Coord C2 exon
chr1:970657-970704
Length
12814 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGCGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
GGGGATTTGTTTTCTTCCAGATA
3' ss Score
7.92
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATAAACCCGGGACCCACTTCACTCCAGTGCCTCCGACGCCTCCTGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000188157-AGRN:NM_198576:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.235
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0314610=NtA=FE(68.0=100)
A:
NA
C2:
PF0314610=NtA=PD(1.6=11.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)