DreINT0027893 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000079388 | agrn
Description
agrin [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-1033]
Coordinates
chr23:23731923-23741071:+
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
chr23:23741033-23741071
Length
8502 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACTGTAGGT
5' ss Score
4.15
3' ss Seq
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3' ss Score
13.91
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
ATAAACCTGTTCACTTCACACCGGCACCTCCTCCTGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000079388:ENSDART00000162838:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.102
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0314610=NtA=PD(10.5=14.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]