HsaINT0008663 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000107890 | ANKRD26
Description
ankyrin repeat domain 26 [Source:HGNC Symbol;Acc:29186]
Coordinates
chr10:27295846-27302039:-
Coord C1 exon
chr10:27301811-27302039
Coord A exon
chr10:27295892-27301810
Coord C2 exon
chr10:27295846-27295891
Length
5919 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTAGT
5' ss Score
8.54
3' ss Seq
TAACATTTGACTTTTTTCAGATG
3' ss Score
8.66
Exon sequences
Seq C1 exon
AACTAATGAGAGGCTAGCAGAGGTCAACACCAAACTTCTTGTGGAAAAACAGCAGAGCAGATCTTTGTTCACCACTCTCACTACCAGGCCAGTCATGGAGCCACCTTGTGTGGGAAATCTTAATAATAGTTTAGATCTCAACAGAAAACTTATTCCAAGAGAAAACTTAGTGATCTCTACCTCAAATCCACGGGCTTCAAATAATAGCATGGAGAACTACTTGAGCAAG
Seq A exon
GTTAGTTATGTTGTCTTTTTTCCTTTGGGTTTCAAATTTCTCATGTAATTCTTTTTTTGTTTGTTTTTTTGAGACAGCGTTTTACTCTGTTGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCCATCTTGGCTCACTGCAACCTCTATGTCTAGGTTCAGGCAATTCTTGTGTCTTAGCCTCTCAGATAGCTGGGATTACAGGTGTGTGCCACCACACCCAGCTAATTTTTATATTTCTAGTAGAGACTGGGTTTCACATATTGCCAGGCTGGTCTCAAACTTCTGGTTTCAAATGATCTGCCTGCCTCACCCTCCCGAAGTGCTGGGGTTACAGGTGTGAGCCACCATGCCCAGCCTCAAATTTCTGATATAATTCTTGTTTTTAATTTGGTGAAATACCGAGTTGTTTAATTGACTTATGCTTGATAAGTAAAGGTCATAATTATCTGTGCTAATAAAGTGAGGAAACAGAAATTTTAGTTTTTTTTTTTTTTAGTCCCTAGAGCTCTCATTTTCAAGAGGTACCATTTGTTAACTTTATTCAATAAATGTAACTGAACTGTCACATTTTAAATTTCTTTAAAAGCTGAATTTATTAGAAATGGAATATTATTGCCTATTGCCTGATAGCAAAAGGTATACGTTGAGATACTTTGGCTTTCCTTCTAATGGATTTGAGTTTGGCTGTGGTTGATAGCACTTTGATAGTTTTCTGGCACCATCTCAAGTGTTCCACCCTTAATCATAAGTGAATGAATGATTGGCATCCAAACACTTAACCACATATGGAAATTTATTACTTAAAGAACTCCAAGATAAATACTTCTTATGAATTAAACAAACTCTAACACTGATTAATTTGTATTTTTAAGTTTTGTCATTTTCTTACTTAGGAGTACATTCTTAGTTGCTATTGTTACAGCATTTTTCTCTCAATTTTTGTAAAATGTGTCTATTACTGGGCAATTGCACAGTGGTTTTTAAATAGTTAAAGCAAGCAAATATGTGAATTTAAAAAATGCACTTGTGCCATTACTTGAATGATTGATGTCTAAGATGGCAGTGATATCAAGAGTGTTTAGTAAGTATGATCAAACAATTATTTTCTTCCTACCCAGAATTTCATGTTAAGCTTCACAGGGTCCTCATCTCCCCTGGATCCTAGCTTTACAGTAACAAGGTCCTAGCTAGCCAATATTATGTTCATATTGTTAGCTTAGTTTTGTCTTGCTCTTCTAGAACAATAGAAAACCCATTGAAGAGGAACCTTGCAATCCAGCCTTACGATTTCACTCATAGTACGACTTCATTTCTGGGGATCTCAAGATGAATTCAACAATGACAAGTTTTATCAATTGTAGACTTGGTAGGGAAAAAAAAAATCAACTATGCTTGATCCAGTTTAAGATACTTGTCTAACTTTTGACCATTTTTGACTGGGGGAACAAATTACAAAAGCTGGTTGCAATGGTGAACACTTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGGGGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAAGAGTTTAAGGTTGTAATGTGTTTTTACTGCAACTGTGAATAGCAGCCGCACTCCAGCCTGGGCAGCATAGCAAGACCCTGTCTCTTAAAAAATTACAAGAAGCATAAAACATTTGTTTGAACAAAAATAAATAAATAGCAACTAGTTTTTGTTGTGTATCATTATGAAAATATCCATTTTAATCAGTGCACGTTAGCTTAAGATTTAATGGTATTTTCATGATCTTAATGCAGAGAAAAAAAGTGTAGACTCATGTTAAATGAGACCTCAACCTTGTTTCTTTACCAGGCCTCATGTCCTAACAAATCATAGAAGACCAAGTCTAAGGTTTCTTAGACAGCACTGCAGCCAAGTGGCTTAACAAGGAACAAATCAAATGATTGTTTTAATACATAAATTATAAGATCTATCCAGCTAATTTTTTTCATCATTTTGTTAGCTTAGTTTTGTCTTATTTTTCTGACAATGAGATGATCAGGGTCTAAATGCTTCAGAGTCATGAAATTTTCCTACTGGGTACAAAAAGAAAATGAATGTCAAATACTTGTGTAGGCCGGGTGCAATGGTTCATGCCTATAATCCCAACACTTTGGGAGGCCGAAGCAGGAAGATCACCTGAGCTCAGGAGTTCAAGACCAGGCTGGGAAACATAGTGAGGCATAGTGAGATCTCATTTCTACAAAAAATTAAAAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGTGCACGCTTGTAGTCCCAGCTTCTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAGCTCAGGAGCTCAAGGCTACAGTGAGCTATGATCGTGCTTCTGCACTCCAGCCTGGATGACAGAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAATCCAAAACAATAACAAAAAACCTTCTGTAACTTACTAAGCATGATGCAAATATAAAATTTTCTCATTAGTTCCTACCAGAAAACTCAGGTAACAACATTTTATAAGATGATGAAAGAATATGTAGATACGCAATGTAAGGGAAGATTTTTGAGGAAATGTTTTTCCTTAATTGATTTTTTTGGGGAGCAAGGAGGTGTTTATTTTTAGTATTTCTAGATAAGCTGAAAAATATTCCATTGGTATACATGGTTTCTTTGTGGGGCACTGGTTTGCCAAACCATGTTAGATTTAACAAAAGAGATTAAAAAGAACCATTCTGTCAGGTCAAGTGACTTTCATACATTAAAAAAATTTTTTTGAAAGAATAGAACTTTTAAAAAATGGCATGAAACTATATTACATAAAACAGATAGAAGTAGAGCTCTCTGGCTAAAGGACAGGTAGGGGCTCTGAAGCTGTGACTTCCTTATCCCTTAATCCTGCAATATCCTCTGTAGAACCTTAGATTTCTGTGGGACATAGTTTGAAAACTACTGGTTATGAAAGAATCCTTCTAATTAGCCAAAACTTGTTGGTACATTGTTCTTTTATAATTTTCTCCTATTCTTATATTTTAAAATGAAAAAGTATACATGAAGTTGCAGATGTGCTCCCTTTATTAATGTTGGACCTCAGGCTGCCTCCGCCACCTGAAGCATAACCCCCACCTGGAAATAAACAAAGTCCACAGAGAAAGGAGGAGCATTTTTATAAAACGTAGTTTATTTATTTTACTCCATAATAGCTTTCGATTTTGTATTATGCATTAAATTATTAGCGTAAGAGATTAGTAATTTATTAAGCTTTTTAATTTCCTCTAGCAGTGTTCAGTTTCTCCTAAGCTATTGCTCTATACATTTCAAAAACCATCGATGGCACCTTGTCTACCTCAATAGGACAGTTATTAATGTCACCAAGACATTTTTCTCTCCTTTTTTCTTCCATAGTCTGTATCAGGCACTGTGTTAAGTTATTTAACTGGAGACAATAATTTTAAATTTGTATTAAGGGAAATATGAGGAAAATGTGTGATTTAATGGGAAATTAGGAATAAAATGAAAGGGACTTTTTCAAAGTCATTTAATGTTTGCCAGTTTTCACTTTTAATATAGGTAAAACCATCCCAGTTTCCCACCAACCAGGACAAAACCAGACTTGTCAACACAGAAGACCCTTTTCCTAAGCTTTCAAGTGTCCCTCCCAGAGCACCTCCCTCCTGGGTTCTGGGTCTGCCCCTTTTCCCTTTGAGCCTTTATGTCTGACCTGGTGTCCTTTTCTCAAAAGTAGTTGCCCTCAGCTGTCATTTATGTGGTAAAATATTCAAGGGTTGGCCAGGCATGGTGGCTCCTGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCCAGGTGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGTCCAATATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGTTGCGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTACAGTGAGCCGAGATTACTCCACTACACTCAAGCCTGGGCAACAGAGTGAGACTCCACCTCAAAAGAAAAAAAATAAATTCAAGGGTCATTGAGAGGCTGGAAGAGACTTTATGTAGCGGGAGGCCACTCCAGGGCTGGAATAGAGGCAACAACTTTATACCATATACCCTTTAAGTGTTAGGCGAGAAAAATAACCTGTATTTAAATTTGTTATGCAGGAAGTTTCTCTGTCTAGACAGTTAAGATTTCTTCAATATTAGAGTAAGCAATTTGTTAAGAGTATTTCATTTTTATCTAAGCAAAACGTACATATTATGGAAGTATTTGTAAATAGAGTATAAAGAAATAATAAAATTTATTACACGTAGGAAGTAAATATTTAGGAGAAGTGAGAAACTACATTACATTAGTAGTTCCTTAATACAAGTCATGTAAAAATGTATATTTTACGTCATGTTTATTAATGAATAGCAATATAAGATTCGTTCAATAAAGACTTCTCCTTTTATTTGGTATTGAGTTATTACTTTTACAGGACCTGTCTACTAATGCTATTGTCACATTATTCATTGTATAAGGCCTATCTATAATGTTATTGTCACAGAAATATATGGAAAACAGTCTTACAAAATATTGGAAAACCTGTTAGTCAAAAAATTTAATCTTCATACCTAACATTTTTAAAGGCATTGGATATCATATTATCATTATCACCACAAAGTACCTATTATGCTCACTATATAGTGTACTATTTCAGACCATGTTCTGGGTATTTAGTGAGAGAATACCTTTTATAAAAAAGATTTAAATAAGAGCACTCTAAATAGGCCACTTGCAATATAGTTTGAAATATTCCCACACATTTCATAATTAAGTATATAAATATAATTAGATATTTAAAAAATTGGTACTAATTTCTGAAATCAAAATTACAATTAAAGAGCTATATATTTTTTGTTTATAATTCTACCAAGTTGTGAATCAAAGAAACTAAGCTTGAAAACTAGCTCCAACTTATATTTATCATTTTTTGAGC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Seq C2 exon
ATGCAGCAGGAGTTGGAAAAAAATATAACTAGAGAACTCAAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000107890-ANKRD26:NM_014915:32
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.490 A=NA C2=0.602
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF120013=DUF3496=PD(51.8=75.3),PF119023=DUF3422=PD(37.5=39.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)