HsaINT0013824 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000170653 | ATF7
Description
activating transcription factor 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:792]
Coordinates
chr12:53512059-53523384:-
Coord C1 exon
chr12:53523276-53523384
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr12:53512059-53517354
Length
5921 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGAGT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
TTTGCCCTCCTTCCTGGCAGAAA
3' ss Score
10.33
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000170653:ENST00000420353:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.297 A=NA C2=0.792
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0017016=bZIP_1=PD(26.6=45.9)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development