HsaINT0014172 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000119787 | ATL2
Description
atlastin GTPase 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:24047]
Coordinates
chr2:38570410-38604432:-
Coord C1 exon
chr2:38604285-38604432
Coord A exon
chr2:38570655-38604284
Coord C2 exon
chr2:38570410-38570654
Length
33630 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTACGG
5' ss Score
7.82
3' ss Seq
TCTTTCTTTTTAAATTCTAGGTG
3' ss Score
11.92
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Vast-tools module Information
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Average complexity
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Protein Impact
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Associated events
Conservation
Rat
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No conservation detected
Chicken
(galGal3)
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Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)