BtaINT0022822 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000016167 | ATL2
Description
atlastin GTPase 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24047]
Coordinates
chr11:20729405-20758963:-
Coord C1 exon
chr11:20758845-20758963
Coord A exon
chr11:20729650-20758844
Coord C2 exon
chr11:20729405-20729649
Length
29195 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTACGG
5' ss Score
7.82
3' ss Seq
TCTCTCTTTTTTAACTCTAGGTG
3' ss Score
12.22
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGGCGGAGGGGGACGAGGTAACGCGAAGCCAAGAACCGCACCAAGGGCTGCGGCGCCGGCGGCGGACCAGCGACTCAAACACCGGGGTTAACCACGTCTCGTCCACGACCCTCCTAG
Seq A exon
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.925 A=NA C2=0.037
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0226314=GBP=PU(18.8=62.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development