RnoINT0022643 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000006523 | Atl2
Description
atlastin GTPase 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1305125]
Coordinates
chr6:2569013-2584749:+
Coord C1 exon
chr6:2569013-2569132
Coord A exon
chr6:2569133-2584504
Coord C2 exon
chr6:2584505-2584749
Length
15372 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTACGG
5' ss Score
7.82
3' ss Seq
CTTTCTTCTTTAAATTCCAGGTG
3' ss Score
11.43
Exon sequences
Seq C1 exon
AGATGGCGGAGGGGGACGAGGCAGCGCGAAGGCAGCAGCCGCAGCAGGGGCTGAGGCGCCGGCGACAGACTAGCGACTCGAGCGTCGGGGTTAACCACGTCTCGTCCACGACCTCCTTAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGAGGATTATGAAGATGCTGACCTAGTGAACTCAGATGAGGTCATGAGGAAACCGTGCCCAGTACAGATTGTCCTTGCCCATGAAGACGACCATAACTTTGAGCTTGACGAAGAGGCTTTGGAGCGGATACTGCTGCAGGAGCACATCCGGGACCTTAACATAGTCGTGGTATCTGTGGCAGGAGCTTTTCGTAAAGGGAAATCATTTCTCCTGGACTTCATGCTTAGATATATGTATAACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000006523:ENSRNOT00000008988:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.912 A=NA C2=0.085
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0226314=GBP=PU(18.8=62.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]