MmuINT0020607 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000059811 | Atl2
Description
atlastin GTPase 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1929492]
Coordinates
chr17:80275142-80295368:-
Coord C1 exon
chr17:80295249-80295368
Coord A exon
chr17:80275387-80295248
Coord C2 exon
chr17:80275142-80275386
Length
19862 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTACGG
5' ss Score
7.82
3' ss Seq
GTTTCTTTTTTAAATTCTAGGTG
3' ss Score
11
Exon sequences
Seq C1 exon
AGATGGCGGAGGGGGACGAGGCAGCGCGAAGGCAGCAGCCGCAGCAGGGGCTGAGGCGCCGGCGACAGACCAGCGACTCGAGCGTCGGAGTTAACCACGTCTCGTCTACGACCTCCCTAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGAGGATTATGAAGATGATGACCTAGTAAACTCAGATGAGGTTATGAAGAAACCATGCCCAGTACAGATTGTTCTCGCCCATGAAGATGACCATAACTTTGAGCTTGATGAAGAGGCTTTGGAGCAGATCCTGCTGCAGGAGCACATACGGGATCTTAACATAGTCGTGGTGTCTGTGGCAGGAGCTTTCCGTAAAGGGAAATCATTTCTCCTGGACTTCATGCTTAGATATATGTATAACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000059811-Atl2:NM_019717:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.892 A=NA C2=0.146
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0226314=GBP=PU(18.8=62.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: