GgaINT1006956 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008515 | ATL2
Description
atlastin GTPase 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24047]
Coordinates
chr3:15792013-15808162:-
Coord C1 exon
chr3:15807991-15808162
Coord A exon
chr3:15792294-15807990
Coord C2 exon
chr3:15792013-15792293
Length
15697 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GACGTGTTT
5' ss Score
-4.63
3' ss Seq
TGTAACCTGTCATTTTGCAGGTA
3' ss Score
11.29
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGCGGCGGCTGGGCCTAGCGTCGGGCCGCGGGTACCTCGGGCCGCCGGGGGCCGAGGGGGCTCTGACCGCCGGGCAGGGCGGGCAGCCGCTCAGCCTCGGGCCGCTCTCCGTGCGGAGCCCGTGCCCTGCACCGCGCTCGCTCCTCACGCGTCTTCTAGTAGCGGTGGGAC
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTAAGCATTATGAGGAGGAAGAAGAGGAGGATGCCCTACCTGACTCAGATGTCATGCCAGATTCAGATGACGAGGTGGATTTGGATAAGCCGCGCCCCATACAGATTGTTCTCGCTCATGAAGATGACCATAACTTTGAATTAGATGAAGAAGCATTGGAAAAAATCTTGCTTCAGGAGCACATCAAAGATCTTAACATAGTAGTTGTGTCTGTAGCAGGAGCTTTCCGCAAAGGAAAATCTTTTCTGCTGGACTTCATGCTTAGATACATGTATAACAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008515:ENSGALT00000013868:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.569 A=NA C2=0.234
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0226314=GBP=PU(18.8=54.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]