HsaINT0014175 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000119787 | ATL2
Description
atlastin GTPase 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:24047]
Coordinates
chr2:38546027-38604432:-
Coord C1 exon
chr2:38604285-38604432
Coord A exon
chr2:38546162-38604284
Coord C2 exon
chr2:38546027-38546161
Length
58123 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTACGG
5' ss Score
7.82
3' ss Seq
TTTATCCTTGACTTTAACAGGAT
3' ss Score
8.97
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GATTCTCAAAGTTGGATTGGTGGAAACAATGAACCATTGACAGGCTTTACATGGCGAGGTGGCTGTGAAAGAGAAACAACAGGCATACAAGTTTGGAATGAAGTATTTGTGATTGACAGACCTAATGGAACTAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000119787-ATL2:NR_024191:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.835 A=NA C2=0.043
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF117293=Capsid-VNN=PU(56.5=92.1)
A:
NA
C2:
PF0226314=GBP=FE(16.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)