HsaINT0015360 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000132932 | ATP8A2
Description
ATPase, aminophospholipid transporter, class I, type 8A, member 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:13533]
Coordinates
chr13:26413684-26434394:+
Coord C1 exon
chr13:26413684-26413762
Coord A exon
chr13:26413763-26434332
Coord C2 exon
chr13:26434333-26434394
Length
20570 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGG
5' ss Score
9.33
3' ss Seq
GTAACTTCTTTGTTTTTCAGATA
3' ss Score
10.04
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTTCTGGGGTCACTGCATCAACGCCTTGGTCCACTCCCTCATCCTCTTCTGGTTTCCCATGAAAGCTCTGGAGCATG
Seq A exon
GTAAGGGCTGTGTGATTTCACCTGTCAGCAAGGAGCTTTGCAGCCGCTCTGCTGCCTGTGTGTTCACAATTTTTTTTTCCAGTTCTGCAGAACAAGAGATCACAGGAACACATTTTAGAGGAAAAACATACCTAAAGCATAATGAGAGCTAGTCCCAGGTTTATAGCTGTTAGGTTTCATCAGTTCTGGCCTTGAGAACCCATTTTCTTTCCAGTTGACTGGATAGTTTGAGTACTAGGAATACTCAACTCAGTTTTAAAAACTATTTGAGTCAGAGATCTTCAAGGAAAGCCCTGTACTGTAATGAAATGTTGATGCTTTTTGTCCGTGGTTTGAAATTCTCTTTTAATTACTTTGACTTTTATTTCTGAGCCTCCCCTACCCATATGCAGAATAACTCAAATCTTATAAGATTTGAATCTTATTCCTAGCTTTCTGAAAGAGTGTCCTGTCCTTGATGTACGCCTTTTGAAATTAGAGTTTGAGAACTAATTCTCCAGATTGGTGTTTGTCTTTACAGCTAGAAGAGGATGTCTGAGAACTGTGGCAGACTCGGCGTTTTTTCACACTTCTTAACACATCCAGAACGTGGCCTCCTAAAGAGACATATTTTTATTCTCAGAAAATACAAATGTATCATGAGAATGCTACTCTTTCATCCCTCTCAAATAGTAATAATCCCCCTGGGAAAAATTACTCCAAATGTTGACTAGACAAGGCCCTTTATTGTTCAAAGAACCAAAGAATATAAAGTTTCCAAGCGTCTTTGTTTCTGTGTCAGTGAGTTTTATGCTTCAAACAGAAATGATTCATCCTCACTGATATTCTTTAACCTATTAAATACTGACAGAGAAAATGCATGCACTGCCATTTTCTTATGCCACGTGATATAGTCTTTCAATTTCATCAGAACTCCTTTTCCTTCGAGGGTTCATAAGTCTTTAAATCAGAGAATACAATTTTATGCTTTCTAGCCCCACCCCAAAAAAGAGCATTCCAGTGAAATCATTTTCTTTTAACTTGAAACCCTTCTTGTGATTCATCTTTACTCAGTGGATTTAATTTATTTTAAAATGGTTTTATAAATAAGAGTGTATACGTATAAGAGTTTGGGATGTGATTTTGTTTCAGAGGCTGTGATATTTTGGTGACAGACTCAGCCATCATTGTAGCAGGAAGGATTAGTGATGGGAAATGGTATGTCTGATGAGCATAAGAGAAATTTGAGCAATTATCCTCCATACCTGAGCCCAGGCTTTGGTACTTAAGAAGAGTCTGCAAATAGCATGAACTAGCCACAAGTACTCTCTGAAGACCCCTTACCACTTCTTATCTAGACATCCTACTGTGTTCCTAACTCAGAATTGCTTGCCTTTTGACTCTCAGAAGCTTTACAAGATGGTCATTTACTTACCTGCTTCAAAAGGAACTAGTGTGGCTGTTCTGCAGTGGAGACGATGGTTTTCTAATCCTGGAATTATGATCATATACGTTCAGTTGGTGCCTTGTGGTTTGTGGTGAAATTGCTATAGTTTAACCAGATTCCATTATGTAAGTCCATTCATTCACCTACCATGGTCAGTATTTAAAAGGATGTAGACTCCCAGCAGTTGCTAACTTACCTAAGAGACAGCACCAAATGAATTTTAAATTAGTGCTATCCTTATCTAATTCCTCCAAATTTGGCAAATTACCTGGCAGGCAGCCAATAGGATGCTTTTTTCCTCTTTTTATTATCACCATCATCATCAATGTCATTATTTCATTGTATTTATTGAGCCTTCAGCATAGGGGTTTTCTTTGAGTTGTGTTGCAAACAATAATCTATTGAGTGAAACTGTGTAAAGTGAAGTAAATTGCAAATATTAAGTGTATCAGAACAACAGAGGGACATTGGTGTTCTTGGTCATTAGTTGACTTCCCCTAACAAATTGAATATTTTATAATTAATTTCTAAATTCTCACTGTTAGTACAGAGAAAAAAATCATTATATTATTGTTCATTAACCTTATTCCTGTTATGTTCAAGACACTGTGGTAGATTCTAAGGGTGACAGTAGATATATCAATGTCGGTCTCACCTTCAAAGAGTTTGTAGTATGGAAAGGGAGATTAGATTTTGTCTTAGTCCATTTTGTGCTGCTATAAGAGCACCATAGACTGGGTAATTTATAGTGAACAGAAATGTATTTGGCTCATGATTCTGGAGGCTGGGAAGTCCCAGGTCAGGGAGCTGGCTTCTTGTTAGGACCTACTTGATGTGTCATCCCATGGTGGAAGGATATGGGGTAGAGAGAGAAGGAAGGAACCCATGCCAGTGACAACAGCATTAATTTATTCATGAGGGTGGCGCCCCCATGACCCAAACACCTCCTATCAGGCCACAGCTCCCAGCACCACTGCATTGGAGATCAAACTTTCAACACATGAGCTTTGCGGGCTGCATTCAAACCAGAGCAGATTTGCAAATGAATAACTCCAGTACAAGGTAAAAAATAGCTGTTTCAAGTAAACCATAGATAAAATGCTATTAGATATCAGAGGACTGAGAGATGCCTTTCATTTGGAGTTATTAATAGCTTCCTAGGGGAGGTAATATTTAAGTTTAGCCATGAAATCCAGCAGAAGGAAGAATCAAGCAAAGTGGGGAAATCAGGACAGGTGTGGAAAACTGAGCAGCTGAAAGGTGAAAGATGGGGAAATTTAGGAAGGCAGATAAAAGCTGAATTACAGAGGGCTTTGAGTATGAGGTTAAGAAACTGGGATGTGGCTGGGCGTGGTGTCTCACGCCTATAATCCCAAAACTTTGGGAGGCAGAGGTGGGTGGATCACCTGACATCAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTAAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACTAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGCAGGCACCTATAATCCCAGCTACATGGGAGGCTGAGGCAGCAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCCAAAAAGCAAAACTCTGTCAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAAAGAAAAGAAAAGGAAAGAAGGAAGGAAGGAAGGGAGGGAAAGGAAGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGTTGGAAGGAAAGAAGGAGGGAAAAAGAAGAAAGAAGGAAAGAAACTGGGACTTAACTGTTTAGGCATTGAAGGGTCAGTGTAGAATTTAGATCTAGAATTTTATGATCAGGGCAATTTGGGAAAATAAACCTGTCATGTCTTGTAAGGTGAGCGGTAGAAAGAAAACTACTGGCAGAGATTCCAGGGGACAGCTTAGGGAGGGTTAAACCCAGGAATGGGATAGTGTTTGGAGAGGGTGTTTTGAAAGGAGCTTCTTTGTTTGCTGAGATTGTGGTGTATCTACAAGGTAAGAGGCTCTCTGAGGGCACAGTGAATATAGATATCAGCAAGCCAGGCACTGCCTCTCCTGCCCTCTGGAGGCTTCCCTCTTGAAAGAGGAGTAGGGGGTGGTCACATGGGACAAGGGAGATGTGGGGCATGGTTGGGAGAAGGAACATTCCTGGCCAGGACCTTGCAGGTGCACAGGACCTGAGCTGCTGAGGCCATAGGAAGTGTTTTAGTGGGACTGGGGGTGCCTGGACTCTGAACTCTGTCAGCCTCTGGTGAGAGGCTCGGGACACTGGGCATTCCTGCCCCAGACTGGAAAAAACAGTAACCTCCTACTGTAATCTGACTGCTCATGCCCCCCCCGCCCAATTCATATGTCAAAACCTCAAACTGTAAGGTGATGGTATACAACATAGGGCCTCTGGGAGGTGATTAGGTCGTGAGGGCGGATCTCTCAGGAATGGGATTAGTGTACCTATAAAAAGGACCCTAGAGAGCTCATTTGCCCCTTCCACTATGTGGGAATATAGCTAGAAGACATCACCTATGAGGAATGGGCCCTCACCTGACACCACAACTGCCACTTCCTTGATCTTGGACTTCGCAGGCTCCAGAACTATAAGAAATGAATTTCCAGGGGTTATAATCCATGCAGTTTATAGTATTTTGTTATAGTCAGCCGAAAGAACTAAGACACTCCCTCTCCTCCTTTCCCTATCCTTCTGGAAGTATCAATCAAAACACATCTCTACATATTTCTAGCATCCCCCTTGTAGTGGACAACCACCCCTAGTCAAGACGACTACAGCATAGAGAGGAGGTAGGGGCTGGAAAAGGGAACAAATACTTGAGAGAGGATCTGATCACTAACACCTGGCGGAGGGGGGGACTTTTTCTCAGGGCAGGGTTGGAGGTAGGAGAGTTTTGTGATGAGATTTGCCTGTAAAGAAGATTAAGACTGCTCTGTAGAGAAACACATAGGATCTGGCAAGAGTATGCCAGGACCATGCGGTTGCACAGGACCTGAGCCACTGAGGCCATGGGAATTATTTTAGTGGGACTGGGGGTGGCAGGGATTTTTTTGGTAGGGATGGGAGTGGCAGGGATAAAGACTGTAAGCACCAGAGGACCAGGATATGTCAGCTGACTGGAGGACTTGTTTATGTGTGCTGATTTGCTGTCCTGAGTACAAGTGAATTCTTATTACACTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCCCATTCTGTCTCCCAGGCTGGAGTGCAGGAGCACGATCTCGGCTCACTGAAATCTCCACCTCCCATGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGAATTACAGGCTCATGCCACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCCTGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCGTGATCTGCCCACCTCGGCTTCCCAAAGGGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCAATGCACCTGGCCTTATTACACTCTTAATTGTCATTTAGGAGAATGTATATCCTCCCCACCCCCAAAGAGGCATAGGAACATGGCACCAATTTGAGACAAACTAGGGCA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Seq C2 exon
ATACTGTGTTGACAAGTGGTCATGCTACCGACTATTTATTTGTTGGAAATATTGTTTACACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000132932-ATP8A2:NM_016529:30
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF038578=Colicin_im=FE(22.4=100)
A:
NA
C2:
PF038578=Colicin_im=FE(17.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)