HsaINT0015360 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000132932 | ATP8A2
Description
ATPase phospholipid transporting 8A2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13533]
Coordinates
chr13:25839546-25860256:+
Coord C1 exon
chr13:25839546-25839624
Coord A exon
chr13:25839625-25860194
Coord C2 exon
chr13:25860195-25860256
Length
20570 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGG
5' ss Score
9.33
3' ss Seq
GTAACTTCTTTGTTTTTCAGATA
3' ss Score
10.04
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTTCTGGGGTCACTGCATCAACGCCTTGGTCCACTCCCTCATCCTCTTCTGGTTTCCCATGAAAGCTCTGGAGCATG
Seq A exon
GTAAGGGCTGTGTGATTTCACCTGTCAGCAAGGAGCTTTGCAGCCGCTCTGCTGCCTGTGTGTTCACAATTTTTTTTTCCAGTTCTGCAGAACAAGAGATCACAGGAACACATTTTAGAGGAAAAACATACCTAAAGCATAATGAGAGCTAGTCCCAGGTTTATAGCTGTTAGGTTTCATCAGTTCTGGCCTTGAGAACCCATTTTCTTTCCAGTTGACTGGATAGTTTGAGTACTAGGAATACTCAACTCAGTTTTAAAAACTATTTGAGTCAGAGATCTTCAAGGAAAGCCCTGTACTGTAATGAAATGTTGATGCTTTTTGTCCGTGGTTTGAAATTCTCTTTTAATTACTTTGACTTTTATTTCTGAGCCTCCCCTACCCATATGCAGAATAACTCAAATCTTATAAGATTTGAATCTTATTCCTAGCTTTCTGAAAGAGTGTCCTGTCCTTGATGTACGCCTTTTGAAATTAGAGTTTGAGAACTAATTCTCCAGATTGGTGTTTGTCTTTACAGCTAGAAGAGGATGTCTGAGAACTGTGGCAGACTCGGCGTTTTTTCACACTTCTTAACACATCCAGAACGTGGCCTCCTAAAGAGACATATTTTTATTCTCAGAAAATACAAATGTATCATGAGAATGCTACTCTTTCATCCCTCTCAAATAGTAATAATCCCCCTGGGAAAAATTACTCCAAATGTTGACTAGACAAGGCCCTTTATTGTTCAAAGAACCAAAGAATATAAAGTTTCCAAGCGTCTTTGTTTCTGTGTCAGTGAGTTTTATGCTTCAAACAGAAATGATTCATCCTCACTGATATTCTTTAACCTATTAAATACTGACAGAGAAAATGCATGCACTGCCATTTTCTTATGCCACGTGATATAGTCTTTCAATTTCATCAGAACTCCTTTTCCTTCGAGGGTTCATAAGTCTTTAAATCAGAGAATACAATTTTATGCTTTCTAGCCCCACCCCAAAAAAGAGCATTCCAGTGAAATCATTTTCTTTTAACTTGAAACCCTTCTTGTGATTCATCTTTACTCAGTGGATTTAATTTATTTTAAAATGGTTTTATAAATAAGAGTGTATACGTATAAGAGTTTGGGATGTGATTTTGTTTCAGAGGCTGTGATATTTTGGTGACAGACTCAGCCATCATTGTAGCAGGAAGGATTAGTGATGGGAAATGGTATGTCTGATGAGCATAAGAGAAATTTGAGCAATTATCCTCCATACCTGAGCCCAGGCTTTGGTACTTAAGAAGAGTCTGCAAATAGCATGAACTAGCCACAAGTACTCTCTGAAGACCCCTTACCACTTCTTATCTAGACATCCTACTGTGTTCCTAACTCAGAATTGCTTGCCTTTTGACTCTCAGAAGCTTTACAAGATGGTCATTTACTTACCTGCTTCAAAAGGAACTAGTGTGGCTGTTCTGCAGTGGAGACGATGGTTTTCTAATCCTGGAATTATGATCATATACGTTCAGTTGGTGCCTTGTGGTTTGTGGTGAAATTGCTATAGTTTAACCAGATTCCATTATGTAAGTCCATTCATTCACCTACCATGGTCAGTATTTAAAAGGATGTAGACTCCCAGCAGTTGCTAACTTACCTAAGAGACAGCACCAAATGAATTTTAAATTAGTGCTATCCTTATCTAATTCCTCCAAATTTGGCAAATTACCTGGCAGGCAGCCAATAGGATGCTTTTTTCCTCTTTTTATTATCACCATCATCATCAATGTCATTATTTCATTGTATTTATTGAGCCTTCAGCATAGGGGTTTTCTTTGAGTTGTGTTGCAAACAATAATCTATTGAGTGAAACTGTGTAAAGTGAAGTAAATTGCAAATATTAAGTGTATCAGAACAACAGAGGGACATTGGTGTTCTTGGTCATTAGTTGACTTCCCCTAACAAATTGAATATTTTATAATTAATTTCTAAATTCTCACTGTTAGTACAGAGAAAAAAATCATTATATTATTGTTCATTAACCTTATTCCTGTTATGTTCAAGACACTGTGGTAGATTCTAAGGGTGACAGTAGATATATCAATGTCGGTCTCACCTTCAAAGAGTTTGTAGTATGGAAAGGGAGATTAGATTTTGTCTTAGTCCATTTTGTGCTGCTATAAGAGCACCATAGACTGGGTAATTTATAGTGAACAGAAATGTATTTGGCTCATGATTCTGGAGGCTGGGAAGTCCCAGGTCAGGGAGCTGGCTTCTTGTTAGGACCTACTTGATGTGTCATCCCATGGTGGAAGGATATGGGGTAGAGAGAGAAGGAAGGAACCCATGCCAGTGACAACAGCATTAATTTATTCATGAGGGTGGCGCCCCCATGACCCAAACACCTCCTATCAGGCCACAGCTCCCAGCACCACTGCATTGGAGATCAAACTTTCAACACATGAGCTTTGCGGGCTGCATTCAAACCAGAGCAGATTTGCAAATGAATAACTCCAGTACAAGGTAAAAAATAGCTGTTTCAAGTAAACCATAGATAAAATGCTATTAGATATCAGAGGACTGAGAGATGCCTTTCATTTGGAGTTATTAATAGCTTCCTAGGGGAGGTAATATTTAAGTTTAGCCATGAAATCCAGCAGAAGGAAGAATCAAGCAAAGTGGGGAAATCAGGACAGGTGTGGAAAACTGAGCAGCTGAAAGGTGAAAGATGGGGAAATTTAGGAAGGCAGATAAAAGCTGAATTACAGAGGGCTTTGAGTATGAGGTTAAGAAACTGGGATGTGGCTGGGCGTGGTGTCTCACGCCTATAATCCCAAAACTTTGGGAGGCAGAGGTGGGTGGATCACCTGACATCAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTAAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACTAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGCAGGCACCTATAATCCCAGCTACATGGGAGGCTGAGGCAGCAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCCAAAAAGCAAAACTCTGTCAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAAAGAAAAGAAAAGGAAAGAAGGAAGGAAGGAAGGGAGGGAAAGGAAGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGTTGGAAGGAAAGAAGGAGGGAAAAAGAAGAAAGAAGGAAAGAAACTGGGACTTAACTGTTTAGGCATTGAAGGGTCAGTGTAGAATTTAGATCTAGAATTTTATGATCAGGGCAATTTGGGAAAATAAACCTGTCATGTCTTGTAAGGTGAGCGGTAGAAAGAAAACTACTGGCAGAGATTCCAGGGGACAGCTTAGGGAGGGTTAAACCCAGGAATGGGATAGTGTTTGGAGAGGGTGTTTTGAAAGGAGCTTCTTTGTTTGCTGAGATTGTGGTGTATCTACAAGGTAAGAGGCTCTCTGAGGGCACAGTGAATATAGATATCAGCAAGCCAGGCACTGCCTCTCCTGCCCTCTGGAGGCTTCCCTCTTGAAAGAGGAGTAGGGGGTGGTCACATGGGACAAGGGAGATGTGGGGCATGGTTGGGAGAAGGAACATTCCTGGCCAGGACCTTGCAGGTGCACAGGACCTGAGCTGCTGAGGCCATAGGAAGTGTTTTAGTGGGACTGGGGGTGCCTGGACTCTGAACTCTGTCAGCCTCTGGTGAGAGGCTCGGGACACTGGGCATTCCTGCCCCAGACTGGAAAAAACAGTAACCTCCTACTGTAATCTGACTGCTCATGCCCCCCCCGCCCAATTCATATGTCAAAACCTCAAACTGTAAGGTGATGGTATACAACATAGGGCCTCTGGGAGGTGATTAGGTCGTGAGGGCGGATCTCTCAGGAATGGGATTAGTGTACCTATAAAAAGGACCCTAGAGAGCTCATTTGCCCCTTCCACTATGTGGGAATATAGCTAGAAGACATCACCTATGAGGAATGGGCCCTCACCTGACACCACAACTGCCACTTCCTTGATCTTGGACTTCGCAGGCTCCAGAACTATAAGAAATGAATTTCCAGGGGTTATAATCCATGCAGTTTATAGTATTTTGTTATAGTCAGCCGAAAGAACTAAGACACTCCCTCTCCTCCTTTCCCTATCCTTCTGGAAGTATCAATCAAAACACATCTCTACATATTTCTAGCATCCCCCTTGTAGTGGACAACCACCCCTAGTCAAGACGACTACAGCATAGAGAGGAGGTAGGGGCTGGAAAAGGGAACAAATACTTGAGAGAGGATCTGATCACTAACACCTGGCGGAGGGGGGGACTTTTTCTCAGGGCAGGGTTGGAGGTAGGAGAGTTTTGTGATGAGATTTGCCTGTAAAGAAGATTAAGACTGCTCTGTAGAGAAACACATAGGATCTGGCAAGAGTATGCCAGGACCATGCGGTTGCACAGGACCTGAGCCACTGAGGCCATGGGAATTATTTTAGTGGGACTGGGGGTGGCAGGGATTTTTTTGGTAGGGATGGGAGTGGCAGGGATAAAGACTGTAAGCACCAGAGGACCAGGATATGTCAGCTGACTGGAGGACTTGTTTATGTGTGCTGATTTGCTGTCCTGAGTACAAGTGAATTCTTATTACACTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCCCATTCTGTCTCCCAGGCTGGAGTGCAGGAGCACGATCTCGGCTCACTGAAATCTCCACCTCCCATGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGAATTACAGGCTCATGCCACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCCTGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCGTGATCTGCCCACCTCGGCTTCCCAAAGGGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCAATGCACCTGGCCTTATTACACTCTTAATTGTCATTTAGGAGAATGTATATCCTCCCCACCCCCAAAGAGGCATAGGAACATGGCACCAATTTGAGACAAACTAGGGCA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Seq C2 exon
ATACTGTGTTGACAAGTGGTCATGCTACCGACTATTTATTTGTTGGAAATATTGTTTACACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000132932:ENST00000381655:30
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF038578=Colicin_im=FE(22.4=100)
A:
NA
C2:
PF038578=Colicin_im=FE(17.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development