HsaINT0016724 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000117523 | PRRC2C
Description
proline rich coiled-coil 2C [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24903]
Coordinates
chr1:171588379-171593511:+
Coord C1 exon
chr1:171588379-171588505
Coord A exon
chr1:171588506-171591586
Coord C2 exon
chr1:171591587-171593511
Length
3081 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGGGC
5' ss Score
8.07
3' ss Seq
GTTCTTTCTCATTTTTTAAGGCA
3' ss Score
8.13
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTACTTCTACAAGTCCGAACAGCCAGTCCAGCAAAATGAACAGCATTGTCTACCAGAAGCAGTTCCAGTCAGCCCCTGCCACTGTGAGAATGACACAACCATTTCCTACACAGTTTGCACCCCAG
Seq A exon
GTGGGCAGACATAATTAAGAAATGAGTATTATTTACTTAAAAATAGTTGCTAATCTGATAAATTATTATCTTGCCTTATGTTAACCAGTTAAGAAGTACAGTTTTTAATAAAAAATTGTTTCTGAATTTAACAATAAATTTATTTTATAAAGATAGTCTGCGATTTATAGCCAGACATGGTAATTGTTTAGTTCTAAAGCAGACAAGAGAAATAGTTAAAAGATTCCCCACACAGCTCTGATAATGAGTCCTTTTCCTTTTAACTTTTTTTAAGGAGTTGACTTTTCAGCGAAGGGTCCCAGTGCTTGAAGTTTTCTAGGTTTAAAGTTGTTTTTTGTTGTTGTTAAGATATTTATGTGCAATTGAGATAAAATTTCCAAAAAGATGTTTTAATATATGTAAAAAATGTTGGCTTCTCTTCCCCTTGCTGATCGTATAAAAGGACTAAGAACTCTCACAAACTAGAACTGGTTCCTGAGAAATTCACATTTGTTGAATTAGTATTGATTTTATTTATCTTCAGATTACATTTGTTACAGGTGTGTGCCTTTTCTGCAACTACCTTTTGAAAAGATAGCCTAATTAAAAGTCTTTCTATCCCCCCTTCAGAATTTACAACTGAGATGCTAGGACCAACTGAAGTGCCATAGCATGCTTTGCCTAGTTTTTCTGTTAAACTCTCCAAGCATGGCCTGTTTATTCCTTGTCCTTGTTAATGGAATGGCACAATCTGTACACTTCCTTTCACTGGTAGGATGGGCACAGATTTACTCTGGGATGAGCCAACCTGGTCTAGTTGGCAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAACAGTTCAATGTTGTATGTTTTGTTTTTTTCACTCAGATTCTCTCCCAGCCTAACCTGGTCCCTCCATTGGTAAGAGCCCCACATACTAACACCTTCCCAGCGCCTGTTCAGAGGCCACCAATGGCACTGGCCAGTCAGATGCCTCCTCCGCTGACCACAGGCCTCATGAGCCATGCTCGTTTGCCACATGTAGCCAGGGGTCCTTGTGGATCACTATCTGGAGTCAGAGGTAATCAGGCCCAGGCTGCGTTGAAGGCTGAACAAGACATGAAGGTTAGTACAGTGTTAACAGCCAACAGATCAAGAATCTGTCTCTGAACCATGTCTTAAAATGCCTCTGGACCCATAACTGTATATCCAGGCATTCATTGTCTTAGCAGACTTAACCAAGCTAACTACTTTTATTCATTCCCCCTTTTTTTTCTTTTTTTTCCCCCATTCCCATTCCTTTCATCTTTTTTTTCTTTTTGTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTGCAACTGTAGTCAGGAAATGAATTAATGTCTTAAACTGTGGCCAAATGAATTGTTATCAAATAAATATTTGAGGGAGATCTGAGTTTAGATGCACACTTTTTTTTGGAATAGCAAAGAAGTAATATCAATTATTATAGACTTCCCCATTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTAATATATATTTTCTTCCCCCCTTTCCCCTGACTCTCCTCCTCCCAGCAGCTTAAAATGTAAATCATGGTTATATGAAAACTCTGGAATGGGTAAGATGTGTTACTATCTTAGTACTTTTTTCCATTATGAGTCATCAAAGTACAGTTTTCTTCTCAAACTGTTTTCATACCCTTATTGGCCTACCACATGAGGTGGTTGTATTCCACAGTGGATTGTGCAGTTATAGATGAAGAACTCAGAAAAGCACTTTGGGATCCTTCATGATGAAAGGCACTGATAAACATGAGGTTTGCTAATGCAGAAAGAGTGCCTTTAGGAGTCTGTGTGGGGACAGTTTTGTAGCATAAACCTTACATGTCTGCCAGTACAGCCAGTTGAATCCGTTTATTTCTATATTTACTTTAGGCTTGACTTTCAGGGATCTTAGTAATTTTTGCCTGTTTTGTCACTACATATGTCATCAGATCAGACTAGAACAAAGAAAAGCTTACTGCTTTCAAACAGGGAAATGTGCATAGTAATGCTTTACTCTGAATTAGAAACATGTTTATGATAATCCTATTAGAAAATTTGATTGATTGATTAAAGTGTCTTTTTGGGTCGACATCCCTAGTGTTTCTGATCCTGAGTAATCAAATTTAAAGACTACCCAGCAGCAAAACTTTTATTAAATAATTATCTACTTTTATTAAGGCTGTATGCCTAGGATTTCCATCTGTTTGTTATAATTAGAAATACCAGTGTGAGTAAAAATCTTAGGAAGTTATTTGGCCTTGGATTCCAGTTCTACTCCTGGCTCCTTGGCTCTTGATTTTCGCATATTCCCATGTTGGAAATAACATTAGAGCTTAATAGTAGTAATGGGGTGGGAGAGGGTACAAACTTCTTGAAAATTGCTTCAGATCTTTGGATAGTACAGGTTACCTATAGAACATAAAGCATTTTTTTAATATGCAAGAAGGATGGAAACTTAAGTTTTAATTGTGAATGTTACAGTGGTAAAATTTACAGATTTGACGTAAGTATATTTTTGGGGGCACATAGTCAAAACTAAGAAATTATTTACCAGCTCAGAATGTGGTAGGAGCTATCAGAACTTAGTGATCAAGTGAAGTCGTAGTTACTAATTTCTGATGCTCTTCCCCTGCAGAAGAGAGCTGTGGGAAGAGGACTCAGCCACAAGACATTTGGTCCTAGGTGTTGGTAATGCCACAATATAAGTGCTTCCTTTTCATTTTATTGTAGACCACATATTGATAACTAGAAGTTTTAAGTGTTACATGTATGTTTTTAGATTTGCAAGCAGGTTCCCTAAATAAAATTTAATATGAGAGGGCAGACCTTGAAAAGGTGGTGGGAGGTGGTCCTGTGGTTTTTTTTTTTTTTTTAAATCACATGAAATATTTCAAAAATAGGAAGAAATCTATTCATTAAAAGCTCAAAGATCAATGAGGTACTTTTGGCTTTGGCCAAACCAGTGTGGGGAAAACTGATTTGTGATTGGTAAAAGAATTTGAACCAAGATTGATTTGACAGGCTTTGGTAATGCTGCAGTATTTTCAGTTGTTCTTTCTCATTTTTTAAG
Seq C2 exon
GCAAAGCAGAGAGCAGAGGTTCTTCAGTCCACGCAACGGTTCTTCTCTGAACAGCAACAGAGCAAACAGATAGGAGGAGGCAAAGCCCAGAAAGTGGACAGTGATTCAAGTAAACCTCCTGAAACACTGACCGACCCTCCTGGGGTCTGTCAGGAAAAAGTAGAAGAAAAGCCACCCCCTGCACCCTCCATAGCCACCAAACCTGTTAGAACTGGACCAATCAAACCTCAGGCGATCAAAACCGAAGAAACAAAATCTTAAAGGCTATGGTTTATTGCAGGGGATTGGGAGGGGGGCGGGAAAACATGGAGAATTAAGTCAGATAATGCTGGCAGCCAAAGGGGCAAAATGGCCTGTGACATTATCCTGTTCAGAGCTTGGAGATGTACAAGGGACATAGGAGCAATTTACACTGACACACAGCTGCTGTACCAGTGAAAACGAGGCTTTGCAAGCTTGTACCTACTATATAACATGTGCTTGGTTGATGGCCATGCATCTTCAGTCAGAATTTATATATAAATGTATGCACCCATTTTTTTGAGTGCATATAATTTAGACCTAAAAATCCTTATGATTAGATGAAACACCAAAAATATAAGGAAAATAACACAGCAGAGGAATAGCTCAGCCTGAACAGTGTGATGGTCCCAGCTACTACATCAGATGCGGTTTTTTTGCTCCCTTATGTTCTTCGGATATGGTTATGGCATTTGTAGGCTTGGAGGTAAAGAACTGAAGATAACTGGTGCTGGATAGAGGAGCCTTATTTTTTATTATGGCAGCTTGCTATTTTTATAACATGGTGATTGAGTTGAACACAATCAAAGTACAGTAGTAACTGATGTCCCCTTCTTCCTGGATGAATGAGCAGATAAATATTGATGTCAGCATCCTTGAACCATATCAAAGTGAGCAGTGTTTGGCTACTGCTTCTATTTGAAATGGTGCTGTGTTTTGGTTGTGGTCTGAAGCTTTGAAGCGCTACTTAGCATCTCCTTTCTTCCATGGAGCTCTCACGATTCAAACATGACAGATTTGGTAAAATGCTGGTTAGGTTGAGTCTTCCTTGCCCCCACTCAGTCATCTTTGTATGAATCCCATGATTTGGGGGTTTTTTTCTTTTTTTTTTTATACCAGTTTTTAGCTGGTGTTTATGAAGAACAGTGAGTACCTAGAACTGTGCCACTAATTAAAGGAAATCCTAAGAAGGTGCATTTCTTTACAGAGCTGTGTCATGCCATCCTTTGGGCCCTCTGCTGGAAAAGTAGAATCAAGTCTCAAATAATGCCTTTTTAATTGTATCCTCTAGTATTATAGATATAGGACAGTACTGTATCATACCTCTGTGAATGTAAAATATCTTGTACCTGCTTTATGATACGTAGTAGTGACCGTGCTTTATCAGAGCTGTTTTTAATGATGTTATTCTAGAATGTTTTCTTTCCAGATGATGATTCAGAAGCTAATTTTAAAAAACGGTGCCAGGTACCACAACAGTAACAGAACTTTGCAATTTTCTGGGGTTTTGTTTTTTACCTTTTTCCCCCCTTTTTTTTAAATGGAGTGTGCTGGATGTCTCTATAATTTTATTCAGATGACTGCAGAACCTGGAAAAGCTGTTGCTGCTATTGATGCATAACATACTGCTATTGGTCTTTTTATATAAATATATATATATATATACATATATATATATAATTTGAATTTTTGGAAACTTTAGCTGTGCTGTCAACTTTGGAAAAAGTATCCCGGTTTACTGTGTTGAGTTGGCATTGTACAGAAATTAACAGCCATATTGGTCTAGAAACGTTAAACTTAATTTTTTTCCATTTGTACAGGGGTAACGCACTGTATTAAATATGTAAGGTCTTATCTACATGGGTTTGATTACAGAAACTAATAAAGTATTCTCTAAATAATGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000117523:ENST00000367742:33
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.980 A=NA C2=0.998
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains