HsaINT0016724 @ hg19
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr1:171557518-171562650:+
Coord C1 exon
chr1:171557518-171557644
Coord A exon
chr1:171557645-171560725
Coord C2 exon
chr1:171560726-171562650
Length
3081 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGGGC
5' ss Score
8.07
3' ss Seq
GTTCTTTCTCATTTTTTAAGGCA
3' ss Score
8.13
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTACTTCTACAAGTCCGAACAGCCAGTCCAGCAAAATGAACAGCATTGTCTACCAGAAGCAGTTCCAGTCAGCCCCTGCCACTGTGAGAATGACACAACCATTTCCTACACAGTTTGCACCCCAG
Seq A exon
GTGGGCAGACATAATTAAGAAATGAGTATTATTTACTTAAAAATAGTTGCTAATCTGATAAATTATTATCTTGCCTTATGTTAACCAGTTAAGAAGTACAGTTTTTAATAAAAAATTGTTTCTGAATTTAACAATAAATTTATTTTATAAAGATAGTCTGCGATTTATAGCCAGACATGGTAATTGTTTAGTTCTAAAGCAGACAAGAGAAATAGTTAAAAGATTCCCCACACAGCTCTGATAATGAGTCCTTTTCCTTTTAACTTTTTTTAAGGAGTTGACTTTTCAGCGAAGGGTCCCAGTGCTTGAAGTTTTCTAGGTTTAAAGTTGTTTTTTGTTGTTGTTAAGATATTTATGTGCAATTGAGATAAAATTTCCAAAAAGATGTTTTAATATATGTAAAAAATGTTGGCTTCTCTTCCCCTTGCTGATCGTATAAAAGGACTAAGAACTCTCACAAACTAGAACTGGTTCCTGAGAAATTCACATTTGTTGAATTAGTATTGATTTTATTTATCTTCAGATTACATTTGTTACAGGTGTGTGCCTTTTCTGCAACTACCTTTTGAAAAGATAGCCTAATTAAAAGTCTTTCTATCCCCCCTTCAGAATTTACAACTGAGATGCTAGGACCAACTGAAGTGCCATAGCATGCTTTGCCTAGTTTTTCTGTTAAACTCTCCAAGCATGGCCTGTTTATTCCTTGTCCTTGTTAATGGAATGGCACAATCTGTACACTTCCTTTCACTGGTAGGATGGGCACAGATTTACTCTGGGATGAGCCAACCTGGTCTAGTTGGCAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAACAGTTCAATGTTGTATGTTTTGTTTTTTTCACTCAGATTCTCTCCCAGCCTAACCTGGTCCCTCCATTGGTAAGAGCCCCACATACTAACACCTTCCCAGCGCCTGTTCAGAGGCCACCAATGGCACTGGCCAGTCAGATGCCTCCTCCGCTGACCACAGGCCTCATGAGCCATGCTCGTTTGCCACATGTAGCCAGGGGTCCTTGTGGATCACTATCTGGAGTCAGAGGTAATCAGGCCCAGGCTGCGTTGAAGGCTGAACAAGACATGAAGGTTAGTACAGTGTTAACAGCCAACAGATCAAGAATCTGTCTCTGAACCATGTCTTAAAATGCCTCTGGACCCATAACTGTATATCCAGGCATTCATTGTCTTAGCAGACTTAACCAAGCTAACTACTTTTATTCATTCCCCCTTTTTTTTCTTTTTTTTCCCCCATTCCCATTCCTTTCATCTTTTTTTTCTTTTTGTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTGCAACTGTAGTCAGGAAATGAATTAATGTCTTAAACTGTGGCCAAATGAATTGTTATCAAATAAATATTTGAGGGAGATCTGAGTTTAGATGCACACTTTTTTTTGGAATAGCAAAGAAGTAATATCAATTATTATAGACTTCCCCATTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTAATATATATTTTCTTCCCCCCTTTCCCCTGACTCTCCTCCTCCCAGCAGCTTAAAATGTAAATCATGGTTATATGAAAACTCTGGAATGGGTAAGATGTGTTACTATCTTAGTACTTTTTTCCATTATGAGTCATCAAAGTACAGTTTTCTTCTCAAACTGTTTTCATACCCTTATTGGCCTACCACATGAGGTGGTTGTATTCCACAGTGGATTGTGCAGTTATAGATGAAGAACTCAGAAAAGCACTTTGGGATCCTTCATGATGAAAGGCACTGATAAACATGAGGTTTGCTAATGCAGAAAGAGTGCCTTTAGGAGTCTGTGTGGGGACAGTTTTGTAGCATAAACCTTACATGTCTGCCAGTACAGCCAGTTGAATCCGTTTATTTCTATATTTACTTTAGGCTTGACTTTCAGGGATCTTAGTAATTTTTGCCTGTTTTGTCACTACATATGTCATCAGATCAGACTAGAACAAAGAAAAGCTTACTGCTTTCAAACAGGGAAATGTGCATAGTAATGCTTTACTCTGAATTAGAAACATGTTTATGATAATCCTATTAGAAAATTTGATTGATTGATTAAAGTGTCTTTTTGGGTCGACATCCCTAGTGTTTCTGATCCTGAGTAATCAAATTTAAAGACTACCCAGCAGCAAAACTTTTATTAAATAATTATCTACTTTTATTAAGGCTGTATGCCTAGGATTTCCATCTGTTTGTTATAATTAGAAATACCAGTGTGAGTAAAAATCTTAGGAAGTTATTTGGCCTTGGATTCCAGTTCTACTCCTGGCTCCTTGGCTCTTGATTTTCGCATATTCCCATGTTGGAAATAACATTAGAGCTTAATAGTAGTAATGGGGTGGGAGAGGGTACAAACTTCTTGAAAATTGCTTCAGATCTTTGGATAGTACAGGTTACCTATAGAACATAAAGCATTTTTTTAATATGCAAGAAGGATGGAAACTTAAGTTTTAATTGTGAATGTTACAGTGGTAAAATTTACAGATTTGACGTAAGTATATTTTTGGGGGCACATAGTCAAAACTAAGAAATTATTTACCAGCTCAGAATGTGGTAGGAGCTATCAGAACTTAGTGATCAAGTGAAGTCGTAGTTACTAATTTCTGATGCTCTTCCCCTGCAGAAGAGAGCTGTGGGAAGAGGACTCAGCCACAAGACATTTGGTCCTAGGTGTTGGTAATGCCACAATATAAGTGCTTCCTTTTCATTTTATTGTAGACCACATATTGATAACTAGAAGTTTTAAGTGTTACATGTATGTTTTTAGATTTGCAAGCAGGTTCCCTAAATAAAATTTAATATGAGAGGGCAGACCTTGAAAAGGTGGTGGGAGGTGGTCCTGTGGTTTTTTTTTTTTTTTTAAATCACATGAAATATTTCAAAAATAGGAAGAAATCTATTCATTAAAAGCTCAAAGATCAATGAGGTACTTTTGGCTTTGGCCAAACCAGTGTGGGGAAAACTGATTTGTGATTGGTAAAAGAATTTGAACCAAGATTGATTTGACAGGCTTTGGTAATGCTGCAGTATTTTCAGTTGTTCTTTCTCATTTTTTAAG
Seq C2 exon
GCAAAGCAGAGAGCAGAGGTTCTTCAGTCCACGCAACGGTTCTTCTCTGAACAGCAACAGAGCAAACAGATAGGAGGAGGCAAAGCCCAGAAAGTGGACAGTGATTCAAGTAAACCTCCTGAAACACTGACCGACCCTCCTGGGGTCTGTCAGGAAAAAGTAGAAGAAAAGCCACCCCCTGCACCCTCCATAGCCACCAAACCTGTTAGAACTGGACCAATCAAACCTCAGGCGATCAAAACCGAAGAAACAAAATCTTAAAGGCTATGGTTTATTGCAGGGGATTGGGAGGGGGGCGGGAAAACATGGAGAATTAAGTCAGATAATGCTGGCAGCCAAAGGGGCAAAATGGCCTGTGACATTATCCTGTTCAGAGCTTGGAGATGTACAAGGGACATAGGAGCAATTTACACTGACACACAGCTGCTGTACCAGTGAAAACGAGGCTTTGCAAGCTTGTACCTACTATATAACATGTGCTTGGTTGATGGCCATGCATCTTCAGTCAGAATTTATATATAAATGTATGCACCCATTTTTTTGAGTGCATATAATTTAGACCTAAAAATCCTTATGATTAGATGAAACACCAAAAATATAAGGAAAATAACACAGCAGAGGAATAGCTCAGCCTGAACAGTGTGATGGTCCCAGCTACTACATCAGATGCGGTTTTTTTGCTCCCTTATGTTCTTCGGATATGGTTATGGCATTTGTAGGCTTGGAGGTAAAGAACTGAAGATAACTGGTGCTGGATAGAGGAGCCTTATTTTTTATTATGGCAGCTTGCTATTTTTATAACATGGTGATTGAGTTGAACACAATCAAAGTACAGTAGTAACTGATGTCCCCTTCTTCCTGGATGAATGAGCAGATAAATATTGATGTCAGCATCCTTGAACCATATCAAAGTGAGCAGTGTTTGGCTACTGCTTCTATTTGAAATGGTGCTGTGTTTTGGTTGTGGTCTGAAGCTTTGAAGCGCTACTTAGCATCTCCTTTCTTCCATGGAGCTCTCACGATTCAAACATGACAGATTTGGTAAAATGCTGGTTAGGTTGAGTCTTCCTTGCCCCCACTCAGTCATCTTTGTATGAATCCCATGATTTGGGGGTTTTTTTCTTTTTTTTTTTATACCAGTTTTTAGCTGGTGTTTATGAAGAACAGTGAGTACCTAGAACTGTGCCACTAATTAAAGGAAATCCTAAGAAGGTGCATTTCTTTACAGAGCTGTGTCATGCCATCCTTTGGGCCCTCTGCTGGAAAAGTAGAATCAAGTCTCAAATAATGCCTTTTTAATTGTATCCTCTAGTATTATAGATATAGGACAGTACTGTATCATACCTCTGTGAATGTAAAATATCTTGTACCTGCTTTATGATACGTAGTAGTGACCGTGCTTTATCAGAGCTGTTTTTAATGATGTTATTCTAGAATGTTTTCTTTCCAGATGATGATTCAGAAGCTAATTTTAAAAAACGGTGCCAGGTACCACAACAGTAACAGAACTTTGCAATTTTCTGGGGTTTTGTTTTTTACCTTTTTCCCCCCTTTTTTTTAAATGGAGTGTGCTGGATGTCTCTATAATTTTATTCAGATGACTGCAGAACCTGGAAAAGCTGTTGCTGCTATTGATGCATAACATACTGCTATTGGTCTTTTTATATAAATATATATATATATATACATATATATATATAATTTGAATTTTTGGAAACTTTAGCTGTGCTGTCAACTTTGGAAAAAGTATCCCGGTTTACTGTGTTGAGTTGGCATTGTACAGAAATTAACAGCCATATTGGTCTAGAAACGTTAAACTTAATTTTTTTCCATTTGTACAGGGGTAACGCACTGTATTAAATATGTAAGGTCTTATCTACATGGGTTTGATTACAGAAACTAATAAAGTATTCTCTAAATAATGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
-BAT2L2:NM_015172:33
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)