HsaINT0024047 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000138658 | C4orf21
Description
chromosome 4 open reading frame 21 [Source:HGNC Symbol;Acc:25654]
Coordinates
chr4:113510880-113524853:-
Coord C1 exon
chr4:113524680-113524853
Coord A exon
chr4:113511031-113524679
Coord C2 exon
chr4:113510880-113511030
Length
13649 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
TGATTCTTCTTTCTGTATAGGTG
3' ss Score
10.39
Exon sequences
Seq C1 exon
CCTGTTGAGTTTCAAGGACATCAAGTAAAAGGATCAGCTACTAGTGGTGTAATGGTCAGAGGACACAGCTCACAGCTAGGATGCAGTCAGTTTCCAGATAGCACTGAGTATGAAAACTTTATGACAGAGACACCAGAGTTACCTAGCACGTGTATGCAGATTGACTTCTTGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGACATCACCAGAAGAAAACATCTCTACATTGAGCCCTGTTTCTACCTTTTCTTTGAACTCAAGAGATGAAGACTTCATGGTAGAATTCTCTGAGACGTCCCTGAAAGCAAGAACTTTACCTGATGATCTTCATTTTCTCAACTTGGAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000138658-C4orf21:NM_018392:10
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.645 A=NA C2=0.142
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)