HsaINT0024047 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000138658 | ZGRF1
Description
zinc finger GRF-type containing 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25654]
Coordinates
chr4:112589630-112603697:-
Coord C1 exon
chr4:112603524-112603697
Coord A exon
chr4:112589875-112603523
Coord C2 exon
chr4:112589630-112589874
Length
13649 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
TGATTCTTCTTTCTGTATAGGTG
3' ss Score
10.39
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000138658:ENST00000309071:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.663 A=NA C2=0.099
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development