RnoINT0168991 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000036980 | Zgrf1
Description
zinc finger, GRF-type containing 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1305834]
Coordinates
chr2:231895410-231906832:+
Coord C1 exon
chr2:231895410-231895483
Coord A exon
chr2:231895484-231906711
Coord C2 exon
chr2:231906712-231906832
Length
11228 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAT
5' ss Score
7.79
3' ss Seq
ATTTTCTTTTTTCTGGACAGGTG
3' ss Score
11.59
Exon sequences
Seq C1 exon
CCAGGAGATCACCTGCCACAGTAGTGTCACATGCCCTGCTAGACTGTCCTCACGAGCATCGGGCATCTCAGCAG
Seq A exon
GTACATACGTATCCATCTCTAACTGCTGTGGTTTTCTTGTGGAGAAGATGAGTTTTATATGTGTATAGCATATACTTTGATTATACTTTCTCACTACTATCTCCTCTTCTGCCCCCATTCTGGTATTTATTCATGTAGGCATCATTCATGTCATATAGTTGATAAGAGTTACCAACTTACTTGGTAAGTCTTAGGGTTACTATTGCAACGATGAAACACCATGACCAAAAGCAACTTCAGATGAAAGTGCTTATTTTAGCTTACATTTCCAGGTAACAATCTGTTACTGGGGAAGTCAAGGCAGGAGCTCACATCAGGCAATAGAGCAGGAACCTAGAAGCAGAAGCTGATGCAGAGACCATGGAGGGAGGGTGCTGCTTACTGACTTGCTCCTCACAACTTGCTCAGTCTGCTTTCTTATAGATCCCAGGACTACCAGACCTGGGTGGTGCCACCCACAGTCCTCCCCCATTACAGCCAGATCTCTTTTCCCCTTCGATATCATAGTCAATCATTGAAGGAAGTCAGGATTAGAACTGGAACAGGGCAGGAACCTGGAAGCAGGAGCTGATGCAGAGACCACGGAGGAGAGATGCTTACTGGCTTGTTCCTCATAGCATACTCAGCATGGTTGGTTTTGTTTTGGGGTGATATATATATATATTTTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTGTTTGTCAAGATAGGTATTTCTGTGTGTAGCCTTGGCTTTCCTGGAACGCTGTAGACCAGGCTGAGTTATTTTTTTTTTTAATTTCATTTCTTGGCCCAAAGAAATGTATAATATTCCATTTGTCAAATACTAGCATTGAGTGATAGTAAATATGTGTGTCCTAGTAACTTAGCAATTTATTATCTACATAGTGAGTTAGGGCAGCCATTGCTGGGTCCCAAAACTTTAAAAGTAGGCTGAAGAGATGGCTCAGAACAGTGGTTCTTCAGAGTCCCCATGTGTCTCACAGCTGGATGTAACTCCAGTTCCAGGAGGAGCCCATGCTCTCTCCTGGCCTCCAAAGGGATCAGGCACACATGTGCCATATAGACATACATGCAGACAAAGCACCTATATACATGAAATTATATAGTTTTTAAAAATTAAAAATCTCAAAACAATGAGAGGCATGATGTCATTGAAAGAAGATAATGGGTCAGATGTTGAAATTGCCCCTGAGTTACTTCGGTATCCAGAGATGTTGTGTGCTGCTGTTTTGTTCTGTGGAGCCTTCTGTAACTTTACCACAGCATTCTAGAGAACTTTGTCACTTTGGGAACAATGATAGCAATTTCAGAAATAATTGTACTAATTAAGATGAGATGAAGTTCTTAGTAGTAGTATAATTTTCATTTCTATTACCAATAGCTTGTATGTGTGTGGTGCGTGCACATGCCTGTAAGAAGATAATTTTGTGGAATTCATGTAGGTTTCAGGAACCAAACAAGTGGTCAAGCTTGCATCACCATGTACACCATGTAGCAGCACCTTTACCTGCTGAGTGCGCCAGTTTCATTTCACTGGCCTAAAATGTCTTTCAATATTGTTTAAAGTTAACAAGATCAGAGCTGGGGTGGTGGTTCACACCTGTAATCTCAGCACTAAGGCAGAAGGAGAGATGTATATTTGGGAGTCAAATCTGAGATAGCATGAGCTCCTGATTAAAAAACAAAAACAAAACACCAAAACATCCCTTAAAATAAAACCAACCAACCCAAAAGCTGACAATCAAATATTCTAAAAGTTATCAATATAATAAAATTAAATATAAAAACTTATCAAAGTCATCAATATTTTCAGAAATACTTTTATCTGCTCTAAAAGTCTTTGAAGAAATGTTATTTTCTCAAAATGCTCTTGCCCCCACCACCAAGGAAGTAGTTTCTCTTCTTATCATTTTAGTCGGTATTCTTTTGCTTCAAGGCAGTTTATCTCTATCTGACACACACATTATATATTATTTGTTAGTGAATTCAAAGGTGATATTCCAAACTTGTTCTGATTTTTCACTATCAATTTCTAATTTAATGTGTCAAAACGAAACATAGTCAAAGGACCTACCAGTTGTGTCCCATTCAAAATGGCTGTGCCCTATCTGAATTTCCTCTTGGCAACCGAACAGCACATCAATTATAATATTTTTGATGCCCTCCCCAAAGTCTTTTCCTGTTTTAAGATAGTTATTATGGTGGTATAGGTATAGCTTCCATCTGTCTCCCTTTTGGTTAGTACAGAGATGTTATAAACAGCGTAGCTAAGTAGTAAAGGAGACGGTTTAGGGGAGGGTTGTTTTAAGCGGTAGCCTCGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACTACATGGTGGCTCACAACCATCTAGAGTGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTCTTATACATGAAAAATAAATAAATAAATAAATTTTAAAAAAGAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAGAAACATTAAACAAATAAAGGTGTTACATTATTAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAAAAGCGGTAGCCTTGATGGGGCATTCCTGGGCTAGATGTCCAGACTCACCGCTGCTTACCTTGCTGCAGTTCACTGCCATGTGGCCATTCTCACCACAACTGTAGCACTTCATTTGGGTACAGTCTTTCTGGATGTGCCCAAATTGACCACAAGTGTAGCATTCTGTTCTTGTTGCTGGTTGCAGTCCTGAGTCAGATGAACAAGCCAGCTGCAGATGTAACAACACTTGAGTTGAAGTTCTTAACTAAATCATCAGATTAGTGTTTGTCAGTGGAGACTCTTAGCCTTGTCAGTGGGACAGTTCTCACGGCACTTCCTTTCTAGCACATAACTTTGAGAGAAAAGAATGCTTCATTTGTCCCCGTTTCATCTTATTTCCCATGTTACTGGTCCACTTTAATAATATGTAAATAGACTCTAGAGGCCAGCCACAAAGCCAGAGAGAGTATAGGAAACACATGCTCTGTAGTGAACAAACGAGTTCACTTGAGTTCACGTCATGGCTTCACCACGTGTTTTGCTCTGCCACTTCTACACTGCTCTGTTTCTGACTAAATATATAGAAATACTCAAGTAGTGCTTCCTACTCTACACCAAGATGGCCGACAAGGGGCTGAGGGAGGCTCAGCAGTTTAGAGCATGGGCTGTGCTTTCAGAGGACCCAGGTTGGAGTGCTAGTCGCTAAAAGTCACCTGTAGTTCTCGTTCCAGGAGATCTGACTGTCTTCTGGCTTCTAAGGGCCTTGTACACATGTAGTACACAGACATGCATGCAGGTGAACATCATATACAAAATAACGTTTGAAAAAAACTTACAGCACGTATATGATTGAGTTTGTAAATAGTCGTTGTGTTCCTGAAATCCCCACTCTCCCACTGGGAGAGAACTGCGTGTTAGCACAGACTAAGGCACGTTCGAAGGTCCCTTCAGTAAAGCAAATGTAGGGAATATACTACAGTCAAGGTTTATTTTTATTGAAATGCATGTTTTCAAATTTAGAAGAACAATTTCAGGCTGGGGTCATGGCTAAGTGGCAGAGAACTTTCCTTGCTTGTATAAATATCTGGTTTCTGTCCCCAGCAATACAAAATATTTGTTTCAATTGAAATTGTGTATAAAAAAGCACTTAAGTTTAATTTTCTTTTCAGATGAACTTTATGATCAGTAACAAGATAGAGAGTATGGATAGTTGTCCTTTGTCAGTTCATCCGTTAGCAGTCAATCCTTCATGAGTTTCCCTTGGCTATCAACTATTTTTTTCTGTATCTTGGGTGGGCATTGTTGCCCTGTGTGGAGTAAAAATGCTAAAATCCGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGGCTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAGCCATCTGTAATGGGATCCGATGCCCTCTTCTGGTGTCTGAAGACAGCAACCGTGTATTCACATGTATAAAATAAATGTCTTTTAAAAAATGCTAAGATCCTCAAGGGGGCAGCAGAGAAAGCCATTTGAAACCTGAAAGCAGACCAGGGAGGGAGAAGGAGAGTAGCCGTCAGACTCTGCAGAGCAGGGGACCTGGGGACAGTGCTGCAGAGACCTCACACTCTACACCACAGTGAATGAGGTCTGAATGCAGACCTCAGGCAAAGTCCTGCTTCATTTCTTCTCTTCTCGCGGTTTCATTTTGTGTTTATTCATTGCTTTCTGTGTGACAGTATTAAATGTTGGTGATGCTTAGATGCAGTGAAAAGGTCTGTGCACTCCAGGGGCTTACAATACATTAGTATACAATAAGTAAAAGTTTTCTACATATACATTATGATATATATGTCATATACTTATAATGTTCTAATTTTTAACAATTTACCTATAGCCTGTTGAGTTTCAAGGACATCAGGTGAAAGGATCTGCTACTAGTGGTGTAATGGTCAGAGGACACAGCTTACAGCTAGGATGCAGTCAGTTTCCAGATAGCATTGAATATGACAGCTTCCTGACCGATCCTTGTGTTTGGACACCAGAGTTGCCTAGCACTTGTGTGCAGTCAGACTTCTTGCAGGTAAAAGTCATTTTTATACTTGCATTTCACTAGGTCATTTCTTTCTTTTTTTATTTTTCTTTTTTTTTTTAAACTTTTCTGTGTTTGTTTATTTTTATGTACATTTATGTGGTGTGTATGTGTACATATGTGCCATGTTCGTCACACATATAGAGATCAGAAGTCAGTTCTTTTTTTTTTATTCATGTATTTTATGTTTATGAGTGCCCTCTCTTTATGCACACTAGAAGAGGGTATTGGATCCCATTACAAATGGTTGTGAGCCACCATGTATTTGCTAGGAATTAAACTCTGGACCTCTGGAAGAG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Seq C2 exon
GTGATTTCTCCAGAAAAGATCTCTGCATTCAGCCCTGCACCTACTTTTTCTTTCAACACAAGAAGTGAAGACTCTGAGCTTGAATTCTCTGAAGAGTCTCTGAAAACAAGAACTTTCCCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000036980:ENSRNOT00000014695:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.400 A=NA C2=0.415
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]