HsaINT0029090 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000170160 | CCDC144A
Description
coiled-coil domain containing 144A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29072]
Coordinates
chr17:16763965-16772019:+
Coord C1 exon
chr17:16763965-16764175
Coord A exon
chr17:16764176-16771976
Coord C2 exon
chr17:16771977-16772019
Length
7801 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTAGC
5' ss Score
5.61
3' ss Seq
TAATATTTGACTTATTTCAGATG
3' ss Score
7.27
Exon sequences
Seq C1 exon
AACTAATGAGATGATAGCAGAGGTCAGTACGCAACTTACTGTGGAGAAAGAGCAGACCAGATCCAGATCTCTATTCACTGCTTATGCTACAAGGCCAGTCCTAGAGTCACCTTGCGTTGGAAATCTTAATGATAGTGAAGGTCTCAACAGAAAACATATTCCAAGAAAAAAGAGGTCTGCTCTTAAGGACATGGAGAGCTACTTGTTGAAG
Seq A exon
GTTAGCTATCTTTTTTCCTTCGGCGTTCAGATTTCTGATAGAATTCTTGTATGTTATTTGGTAAAATAGTTACTTAATTGTCTTGTGTATGGTAAGTAAAAGTAATAATTACCTGTGTTAATAAAGAGAGGAGACAGAAATTTTACCGTTATTTTTAAGTCTCTGGAGCTCTCATTGATAAGAGATTACTCCTTTGTTAACTTTATTTAATAAATGTAACCAAACTGACACATTTTAAATTTTTTTAAAAACTGCATTTAAGTTAGATTTTAACCAAAGGTTTACTTTGATGTGCTTTGTCTTACTAATTGATTTTAGTTTGTCTGGGGTTCACTTTTAATGGGTTTAGTGTGCCTGGGGTCACTTTTAAAGTTTTTCTGCGTCATCTCAGGTTTTCTACCTGTCATCATATGTGAATGATTGGTGTCCAAACACTAACCACCCATGGATGTTTATTATTTAAAAGGACCCAAGGTGAATACTTTTATATGTTATATAAACCTGCAACACTTGATTAATCTGTTCTTTAAGTTAAAAGTTTTGTGATTTTCTTATATGAGTACATCTGTAATTGCTATTGCACTTAATAGTGTTTTAATCCCAATTTTAGTAAAATGTGTCTATTGCTATGCAATAGCACAGTGGTTTTGAAATAGTTAAATCAAATAAATATTTGAATTTTTAAAGTAAAGCTCACATAAGTTTTGTCTCTCTACCTGGCCATAACTTTAGTAATTGATGACTAAGATGGCAATGGTATCTAGAGTCCTTCAATAGCAAATGTGACCAAACAGAATCAGTTCTATTCTTAATACCCCAAATTCCATGTAAAGCTGCACATGGACATCTCCCCTGGACATGTAACAGGAACCTTTTAGTTCAACCGTGTGGTTTCACTCAGAGTAAGAGTCTATTTCTGGGGATTTCAAAATGGATCCAAAAATGACGAGCTGTATCAACTATAGAGTTGGTAAGGAAAAAAAAAACAAAACGTAGTTCAACTATGCTTGACCCAGATTAAGGTATTTGTCTAACATTTGTCCATTTTTCAACTGAGGGAAAATTACAAAAACTGGGCACAGTGGCACACACCTGTAGTCCCAGCTGCTCCTGAGGCTGAGGCAGGAAGATCACTTGAACCCAGGAGTTCAAATCTGCAGTGCGCAATGATTATTCCTGTGAGTAGCTACGGCACTGCAGCATTCCAATCTGGGCAACATAGCAAGATTCTGTCTCTTAAAAAAATTACAAAATCCATAAAACATTTGTTTGAACAACAATAGATAAATAGTTTTCTTTGTGTATATTGTTGTTTTTAAAATTTTCAATCGATGCACATTGGCTTATAGTTTTGATGTTTTTATGATCTCCTTAGCGCACAGAAAAGTAGCGCAGGCCCACATGGAATGAACCTCAACCTTGTTGTGTTTACCTGGCTATTTCGTGTCCTAACAAATCATAGAAGAGCAAATCTAAGGTTTCTTAGATAGCATTGTGGCCAAATAGCTTAAAAGGGAATGCATTAAATGATTGTTTTAATACATAGATTACAAGAGCCCAGCTAGCTGATATTTTTAATCATATTGTTCGCTTAGGTTTTATTTTTCTGAAAAAAATGAGATGATCAGCGTCCAAATGCCTCAGTCATGAAATTGTACCACTGGGTACTAATGGGAAATGAATGTTAAATACGTCTGTAAATGGTTAAGCAAGATGCAAATATAATGTTCTCATTAGTACTATGAACCCCCAAAATTTGAGACAAGTCTCAATTAATTTAGAAAGTTTATTTTGCCGAGGTTGAGGACACACATCCATGACACAGCCTCAGGAAGTCCTGATGACATGTGTCCAAGGTGGTTGGGGCACAGCTTGGTTTTATACATTTTAGGGGGAGACATGAGACATCAATCAATATATTTAAGAAGTACATTGGTTCACTCTGGAAAGGCGGGACAATTTGAAGCAAAGGGAGGAAGACTGGTAGCGGGGAGGGGGCTTCCAGGTCACAGATAGGTGAGAGACAAACAGTTGCACTCTTTTGAGTTTCTGATTAGCTTTTCCAAAGGAGACAGTCAGATCTGCATTTATCTTAGTGAGCAGAGAGGTAACTTTGAATAGAATGGGAGGCAGGTTTGCCCTAAGCAGTTTCCAGCCTGAGTTTTCCTTTTAGCTTAGTGATTTTGGAGGCCCAAGATATTTTCCTTTCACAGTACTTACCAGAAAAACAAGGTAATGTATCATTTTACAAGATAGTGCTGAGAGAGTATAAAAAGCAGATGTAGGCCGGGCACTGTAGCTCAAACCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAACCTCCAACATGGTGAAACCCCGTCCCTAATAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGTGTGCGCCTGCAGTCCCAGTTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGCAAAGGTTGCAGTGAGCTGAGATTGCGCTGCTGCACTCCAACCTGGGCGACAGAGCAAGACTCCATCTCATGGGTGGGGGAAAAAAAATAAATAAAATAAATAAAAGCAGATGTGATGCAAGGGAAGATTTTTGAGGATCTTTTTTTTTTAATTTCTGTTTTGTGGGGAAGGGGGTGTTCATTTTTTAGTATTTCTAGATAAGTAGAAAATTTGTTTGTTTTAAAGTTAATGTTAATGTAGTAGTTCCAAGGCATACCTAGTTTCCTTGTGGGGCATTTTTTGCCCAATCATGTTAGATTTACTAAAAGAGATTTAAAAGCATGATTATATCAAGATATGAGTGCTGGGTACGGAGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGAGTGGGTCACTTGAGGTCAGGAATTCAAGACCAGCCTGGACAACATGGTGAAACCCTGTCTCTGCTAAAAATACAAAAATTAGCCTGGCATGGTGGCGGGCGCCTATAATCCTAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGTGCCACTGCACTGCAGCCCAGGTGACAGAGCAAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATACAAAGGCATGTCTCCATAATCACACCTTGGAAGAGTTCTTATACAGCTGTTGTCTACAGAATTTTGAGAGTTACAGAAAGAAGGTGCCTTCTAGAGTTGCTAGGAACTTAAGTATTTCCTATAGGAAAACATCAGCTAATACAAGGAGGAGGAGGTAACATACCATCTAAACTGAGATTTACAAAAAAAGGTAGGGGGTGGGGTGGGTTTCTGGGTGGGGTGGGTTTCTGGGTGGGGCATTACAAAACAGGATATTTAGAAATTTTTAGCTACGATTTTCAAAAGCAAAATGTTAAAAATAGCACTAATATTGGATCTGTTTATACATCTCCTTTATTTGCAAGATTTTAACACTTTGGACTATTCCTACTGTGAAGTGCTATCATACTCAGCATTTTCTCTAACCTCAAGAAAAATGGTTATAATTTTGTATGAAATCACACACCAGAGAAATAATATATTATAACTGGTTGTTGAAACAAGTTTTCTCTACATTCATGACAGTTAGCATTTATTGCATCTCTCACCCCATTATATGAAGTCTAGAGTCTGACTGTTCCCAGACCAAACTGAGAGTCGGGCTGCTATTTATCATGGTCCAGTAATGAGATGCAGATGAATTGGGAAGAGAGGTTTTATTTTCTGCAACCGGTTACGGGGTTACAAGGAAGGCCTGGAAATTATTACCACACCAATTCAAAATTACAAAGTTTTCCAGAGCTTATATACCTTCTAAGCTATATATCTACATGTAAGTGTGCATTCGTCTATAGACATAAGTTTAATCTATAACGTTAAAGATCTAAGTCCTGCAGACCTTCCTCTGGAGCTTCAGTAAATTTATTTAATCTAAATGGGTCCAGGTGCTGGGGTGATTACCCTTATCTTGTCTCCTGCTAAATCATGGAGGTTTGGGAGTTCCATTAGACCCCCAATAAACTTATTTGTGGAGGCCTGGGGAGTTTCTTGAGATCCCCAATAAAACTTGTTTAATACCAAACAGGTCCTATTAAGAATTCCTTCATTATTTTGTCATACTTTAAGGCCCAGGGAAGGCCTAGGCAAGATTCTTGGTGGGCTTTTGTTACATTCCAGCCTGTATAAGGGCACTGGCTCTTTCAGCTTTTAATGTTTAACTTAACTACTCAGTCAGTGCCAAAGCAGTTGTTATGGAGGCCTGCGTTAGTGAGACCTGGCCTGCCACATAGCCTTGCCACTTAACACCATTGTAGTGATAATAGATTGCTATGCCTGTGTTTTACTGATTTTTACTTATAGGTTTCACATTCTAGATTAACCCTGGGATCCTTTGTCCTATATATCAGAAGTACTTTTTATAGTTTTATTGGCTCCTTATTTTCCAGCCTGTAATCTCAAGTATAATTTAGCAGTAGCCTGTCAATAAGTTATTGCTGAAGAGTGAACTTTGTATTTATTGGACTTTGCCTTTGGTACTGATTTCACTATATTTCTTTAAAAAAATTTTCTAACTACTCCCCTCTTTAAAGTGGAGGTAGTTGTGAAGAATGTATGGTAAGATTAGAAAAGTCAAGGAAGAAGAAACTATTTCTATAAGTGTTATACAGTCATCTTTCTTGTTCAGGCTGTGGTGGATAGGCAGCAAATGGTGCTCCTCCTTCCCTTCTGAGTTCAGAACACAGGAGTCAGATAGATGGACATCAACACACTAGCTCTATTGCAGACTCATGATAACTAATGGGAGGATGTGGCTCAGATGTGCAGCCACAGTATTTTATCCCAGATTAGGCACTAATCCACAGAGTTTTAAGTGGAGAAAACAAATGCTTGACACCCATCGCAGGTGCATGCTGCTTACTGCAGAGATGACAGCAGACC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Seq C2 exon
ATGCAGCAGAAGTTGCAAAATGATCTAACTGCAGAAGTAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000170160:ENST00000399273:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.272 A=NA C2=0.089
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF120013=DUF3496=PD(53.0=85.9)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains