HsaINT0029090 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000170160 | CCDC144A
Description
coiled-coil domain containing 144A [Source:HGNC Symbol;Acc:29072]
Coordinates
chr17:16667279-16675333:+
Coord C1 exon
chr17:16667279-16667489
Coord A exon
chr17:16667490-16675290
Coord C2 exon
chr17:16675291-16675333
Length
7801 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTAGC
5' ss Score
5.61
3' ss Seq
TAATATTTGACTTATTTCAGATG
3' ss Score
7.27
Exon sequences
Seq C1 exon
AACTAATGAGATGATAGCAGAGGTCAGTACGCAACTTACTGTGGAGAAAGAGCAGACCAGATCCAGATCTCTATTCACTGCTTATGCTACAAGGCCAGTCCTAGAGTCACCTTGCGTTGGAAATCTTAATGATAGTGAAGGTCTCAACAGAAAACATATTCCAAGAAAAAAGAGGTCTGCTCTTAAGGACATGGAGAGCTACTTGTTGAAG
Seq A exon
GTTAGCTATCTTTTTTCCTTCGGCGTTCAGATTTCTGATAGAATTCTTGTATGTTATTTGGTAAAATAGTTACTTAATTGTCTTGTGTATGGTAAGTAAAAGTAATAATTACCTGTGTTAATAAAGAGAGGAGACAGAAATTTTACCGTTATTTTTAAGTCTCTGGAGCTCTCATTGATAAGAGATTACTCCTTTGTTAACTTTATTTAATAAATGTAACCAAACTGACACATTTTAAATTTTTTTAAAAACTGCATTTAAGTTAGATTTTAACCAAAGGTTTACTTTGATGTGCTTTGTCTTACTAATTGATTTTAGTTTGTCTGGGGTTCACTTTTAATGGGTTTAGTGTGCCTGGGGTCACTTTTAAAGTTTTTCTGCGTCATCTCAGGTTTTCTACCTGTCATCATATGTGAATGATTGGTGTCCAAACACTAACCACCCATGGATGTTTATTATTTAAAAGGACCCAAGGTGAATACTTTTATATGTTATATAAACCTGCAACACTTGATTAATCTGTTCTTTAAGTTAAAAGTTTTGTGATTTTCTTATATGAGTACATCTGTAATTGCTATTGCACTTAATAGTGTTTTAATCCCAATTTTAGTAAAATGTGTCTATTGCTATGCAATAGCACAGTGGTTTTGAAATAGTTAAATCAAATAAATATTTGAATTTTTAAAGTAAAGCTCACATAAGTTTTGTCTCTCTACCTGGCCATAACTTTAGTAATTGATGACTAAGATGGCAATGGTATCTAGAGTCCTTCAATAGCAAATGTGACCAAACAGAATCAGTTCTATTCTTAATACCCCAAATTCCATGTAAAGCTGCACATGGACATCTCCCCTGGACATGTAACAGGAACCTTTTAGTTCAACCGTGTGGTTTCACTCAGAGTAAGAGTCTATTTCTGGGGATTTCAAAATGGATCCAAAAATGACGAGCTGTATCAACTATAGAGTTGGTAAGGAAAAAAAAAACAAAACGTAGTTCAACTATGCTTGACCCAGATTAAGGTATTTGTCTAACATTTGTCCATTTTTCAACTGAGGGAAAATTACAAAAACTGGGCACAGTGGCACACACCTGTAGTCCCAGCTGCTCCTGAGGCTGAGGCAGGAAGATCACTTGAACCCAGGAGTTCAAATCTGCAGTGCGCAATGATTATTCCTGTGAGTAGCTACGGCACTGCAGCATTCCAATCTGGGCAACATAGCAAGATTCTGTCTCTTAAAAAAATTACAAAATCCATAAAACATTTGTTTGAACAACAATAGATAAATAGTTTTCTTTGTGTATATTGTTGTTTTTAAAATTTTCAATCGATGCACATTGGCTTATAGTTTTGATGTTTTTATGATCTCCTTAGCGCACAGAAAAGTAGCGCAGGCCCACATGGAATGAACCTCAACCTTGTTGTGTTTACCTGGCTATTTCGTGTCCTAACAAATCATAGAAGAGCAAATCTAAGGTTTCTTAGATAGCATTGTGGCCAAATAGCTTAAAAGGGAATGCATTAAATGATTGTTTTAATACATAGATTACAAGAGCCCAGCTAGCTGATATTTTTAATCATATTGTTCGCTTAGGTTTTATTTTTCTGAAAAAAATGAGATGATCAGCGTCCAAATGCCTCAGTCATGAAATTGTACCACTGGGTACTAATGGGAAATGAATGTTAAATACGTCTGTAAATGGTTAAGCAAGATGCAAATATAATGTTCTCATTAGTACTATGAACCCCCAAAATTTGAGACAAGTCTCAATTAATTTAGAAAGTTTATTTTGCCGAGGTTGAGGACACACATCCATGACACAGCCTCAGGAAGTCCTGATGACATGTGTCCAAGGTGGTTGGGGCACAGCTTGGTTTTATACATTTTAGGGGGAGACATGAGACATCAATCAATATATTTAAGAAGTACATTGGTTCACTCTGGAAAGGCGGGACAATTTGAAGCAAAGGGAGGAAGACTGGTAGCGGGGAGGGGGCTTCCAGGTCACAGATAGGTGAGAGACAAACAGTTGCACTCTTTTGAGTTTCTGATTAGCTTTTCCAAAGGAGACAGTCAGATCTGCATTTATCTTAGTGAGCAGAGAGGTAACTTTGAATAGAATGGGAGGCAGGTTTGCCCTAAGCAGTTTCCAGCCTGAGTTTTCCTTTTAGCTTAGTGATTTTGGAGGCCCAAGATATTTTCCTTTCACAGTACTTACCAGAAAAACAAGGTAATGTATCATTTTACAAGATAGTGCTGAGAGAGTATAAAAAGCAGATGTAGGCCGGGCACTGTAGCTCAAACCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAACCTCCAACATGGTGAAACCCCGTCCCTAATAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGTGTGCGCCTGCAGTCCCAGTTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGCAAAGGTTGCAGTGAGCTGAGATTGCGCTGCTGCACTCCAACCTGGGCGACAGAGCAAGACTCCATCTCATGGGTGGGGGAAAAAAAATAAATAAAATAAATAAAAGCAGATGTGATGCAAGGGAAGATTTTTGAGGATCTTTTTTTTTTAATTTCTGTTTTGTGGGGAAGGGGGTGTTCATTTTTTAGTATTTCTAGATAAGTAGAAAATTTGTTTGTTTTAAAGTTAATGTTAATGTAGTAGTTCCAAGGCATACCTAGTTTCCTTGTGGGGCATTTTTTGCCCAATCATGTTAGATTTACTAAAAGAGATTTAAAAGCATGATTATATCAAGATATGAGTGCTGGGTACGGAGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGAGTGGGTCACTTGAGGTCAGGAATTCAAGACCAGCCTGGACAACATGGTGAAACCCTGTCTCTGCTAAAAATACAAAAATTAGCCTGGCATGGTGGCGGGCGCCTATAATCCTAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGTGCCACTGCACTGCAGCCCAGGTGACAGAGCAAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATACAAAGGCATGTCTCCATAATCACACCTTGGAAGAGTTCTTATACAGCTGTTGTCTACAGAATTTTGAGAGTTACAGAAAGAAGGTGCCTTCTAGAGTTGCTAGGAACTTAAGTATTTCCTATAGGAAAACATCAGCTAATACAAGGAGGAGGAGGTAACATACCATCTAAACTGAGATTTACAAAAAAAGGTAGGGGGTGGGGTGGGTTTCTGGGTGGGGTGGGTTTCTGGGTGGGGCATTACAAAACAGGATATTTAGAAATTTTTAGCTACGATTTTCAAAAGCAAAATGTTAAAAATAGCACTAATATTGGATCTGTTTATACATCTCCTTTATTTGCAAGATTTTAACACTTTGGACTATTCCTACTGTGAAGTGCTATCATACTCAGCATTTTCTCTAACCTCAAGAAAAATGGTTATAATTTTGTATGAAATCACACACCAGAGAAATAATATATTATAACTGGTTGTTGAAACAAGTTTTCTCTACATTCATGACAGTTAGCATTTATTGCATCTCTCACCCCATTATATGAAGTCTAGAGTCTGACTGTTCCCAGACCAAACTGAGAGTCGGGCTGCTATTTATCATGGTCCAGTAATGAGATGCAGATGAATTGGGAAGAGAGGTTTTATTTTCTGCAACCGGTTACGGGGTTACAAGGAAGGCCTGGAAATTATTACCACACCAATTCAAAATTACAAAGTTTTCCAGAGCTTATATACCTTCTAAGCTATATATCTACATGTAAGTGTGCATTCGTCTATAGACATAAGTTTAATCTATAACGTTAAAGATCTAAGTCCTGCAGACCTTCCTCTGGAGCTTCAGTAAATTTATTTAATCTAAATGGGTCCAGGTGCTGGGGTGATTACCCTTATCTTGTCTCCTGCTAAATCATGGAGGTTTGGGAGTTCCATTAGACCCCCAATAAACTTATTTGTGGAGGCCTGGGGAGTTTCTTGAGATCCCCAATAAAACTTGTTTAATACCAAACAGGTCCTATTAAGAATTCCTTCATTATTTTGTCATACTTTAAGGCCCAGGGAAGGCCTAGGCAAGATTCTTGGTGGGCTTTTGTTACATTCCAGCCTGTATAAGGGCACTGGCTCTTTCAGCTTTTAATGTTTAACTTAACTACTCAGTCAGTGCCAAAGCAGTTGTTATGGAGGCCTGCGTTAGTGAGACCTGGCCTGCCACATAGCCTTGCCACTTAACACCATTGTAGTGATAATAGATTGCTATGCCTGTGTTTTACTGATTTTTACTTATAGGTTTCACATTCTAGATTAACCCTGGGATCCTTTGTCCTATATATCAGAAGTACTTTTTATAGTTTTATTGGCTCCTTATTTTCCAGCCTGTAATCTCAAGTATAATTTAGCAGTAGCCTGTCAATAAGTTATTGCTGAAGAGTGAACTTTGTATTTATTGGACTTTGCCTTTGGTACTGATTTCACTATATTTCTTTAAAAAAATTTTCTAACTACTCCCCTCTTTAAAGTGGAGGTAGTTGTGAAGAATGTATGGTAAGATTAGAAAAGTCAAGGAAGAAGAAACTATTTCTATAAGTGTTATACAGTCATCTTTCTTGTTCAGGCTGTGGTGGATAGGCAGCAAATGGTGCTCCTCCTTCCCTTCTGAGTTCAGAACACAGGAGTCAGATAGATGGACATCAACACACTAGCTCTATTGCAGACTCATGATAACTAATGGGAGGATGTGGCTCAGATGTGCAGCCACAGTATTTTATCCCAGATTAGGCACTAATCCACAGAGTTTTAAGTGGAGAAAACAAATGCTTGACACCCATCGCAGGTGCATGCTGCTTACTGCAGAGATGACAGCAGACCTGAACTCATGTCACTGTGGGCAGACACATCTTTTGAAAGAGACCCTGAGCCAAGCAAGCACACTGTGTGCTTTGCCCAAATTCACCCATTAGGTAGATCTGATATCCTCTCAAGAGGAAGCTGTAGGTAGAGAGAGTCTAAGTCCTCATTTGAAACCTGAGGCCAGGAAAATGAAGGTTCTCCTATCATTTATGGCTGGATTTAAGTGATAATTGAAATTAATCCCATGTCTTTGTATGTACAAATTAATGATGAGAAGTTGGACAGGCGTATGGTAGATGGTAAAGAGAAATCTGTTTTGTGTTTTCAGTTTTTCTATAAATAACTCACAACATGGATAATTGACTTGATTGATTTTCCTAAACCACGTCTTATTTGGAGGAGAATGAATAGTTCTTTTAAGGAACAGTTTTCTTAATTTCTGCTTGCTTGGTTCAACTAAAGATTTTCTCCTTCAAGTTTTCTGTTCTGCGGTTTGAAAAATGGGTTCTTTATAAATTGAGTGTCTTGACTGGTACTAGCCAGAAGTTATGATATTAATTGTTCTTTAAATTTGATTCATAACTTACAATTTGGAGAGCTACTATTTTTTGTCTCATGCTTAAACATTATAGAGCATCATGACAGTTTATAGATGCATTTTCTCTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTGAGGCAGAGTCTCACTCTGTCTCCCAGGCTGGAGAGCAGTGGCGTGATCTCTGCTCACTGCAACCTCTGCCTGCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCACACCACCACGCCTGGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTGTCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTAACCTTGTGATCCACCCAATTCAGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGCGTGAGCCACCACACCTGGACTGTCTGAGTTATTTTTTTATTTTTATTATTATTATTATTTTTGATGCGGAGTCTGACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCAGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCTGGGTTCACACCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCATGCCCGGCTAATTTTGTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCATTGTGTTAGCCAGGATGGTCTTGATCTTCTGACCTTGTGATCCTCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTGAGTTATTTTTAAAAATCTGTATTTCTTTTCTGAATATGAAGGAAGGTGCTGGCATAGAATAACTCCAGGCTCAGTGAAAGATCTGAAGCCCACTCCTACCTTGTAACTAATTGGTTTTGTGACCTCAGGCAAGCTGCAGTCTCTCCGAGCCTGTTTTGTTTCTTATGTAAAATTAAGGACTTTGACTAAATCAGTGACATTCATACGTTTAAGTAAATCTCTTTTTTTTTTAAGAATGGAACTTTTTTAAATTGCATAAAACCACATTATAGAAAACAGAAGTAGTGCTGCCTGACTAAAGGAAGGATCAGTGCTCTGAAGCTGTGACTTTCTTATCCCTTAATCCTTCAGCATCCTCTGTGGAACCTTAGATTTCTGTGGGACATAGCTTGAAAAGGATCATTTCTTGAATTATTACTTTTATAAGGCCTGGATGGTAATGCTGTTGTCATGTTACCTACTCTATAAAGCCTATCTATAATGTTTTTGTCACAGAAATGTTATGGAAAGGAGTCTCAAAATATTGGTAAACCTGTTAGTAAAAAAAAAAATTGACTTGACACCTAAAATTTCTAAAGGCATTAGATATCATTATCTTTATCACCACAAACTATCTCAGACCCCGTTCTAGGCATTTAGTGAGAGAATACCTATTCTAAAAAAAAATTAAATAAGAGCACTCTAGATAGGGACACTGGCAATAAGTTTGAAATATTCTGACACCTTTCATAATTAAGTAGATAACTATAACTTGTCAGATGCTTAAAAAATGGGTACTAATTTCTGAAAAGAAATCAAAGTTGCAGTTAAATAACTCTAAATTGTTTTCCTAGTTTTTAATTCTAGACACTCATGAATCAAAGAAACTAAGATTGAAAACTGGCTCTAACCTGTATTTATCCTTGTTTTTATGTAAATTTTCTGAAATCTTTGTGTCCGTATGAATGAAGAAATGTTAATCATAATAGCATAATATTTTTAATCTTTTGCCAGTGGAACTTTCACATGGCATCACAACAATACTGCTTTCTTCAAGTATGTATTAAAGATTCTGTGCTGAATTAATAGCAAAGAACATACTTTGAAATTATTATTTTCTAAAAGTGGAGAATGGGGAGTTCATTGTAAGGAACTATTCATTAAAGTGAAAAACTGGTTAGACCTTGATAAAGGGCAGAGTTTTGATAAGAATGGGAAAGTAATGCATTCATTGCAGAATATGACTTGAATTGTGTAACCTCTGTACTAATAAGGGAAAACATCACACTTTTGAAATGACATAGCTCCAACAGACCAATATTAATTGTACTTTTGTGAGATTAATCTAAACAGCATAACACATATATGTTCTCCATTATCTAAACTTAAAATAGGTAGGAATTTATATGATATTTTTAATTTAAGCAATCTTCAAGTTAGGTCTAGTCTGTAAAAGTATTATTTAAAGGCCGCATTTTGTAATTAATGCTCCTTACCATGATAATGTATCTTCTTAAACGTTATAAATAATATTTGACTTATTTCAG
Seq C2 exon
ATGCAGCAGAAGTTGCAAAATGATCTAACTGCAGAAGTAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000170160-CCDC144A:NM_014695:15
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.229 A=NA C2=0.100
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF120013=DUF3496=PD(53.0=85.9)
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)