HsaINT0030811 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000177575 | CD163
Description
CD163 molecule [Source:HGNC Symbol;Acc:1631]
Coordinates
chr12:7640369-7647997:-
Coord C1 exon
chr12:7647677-7647997
Coord A exon
chr12:7640684-7647676
Coord C2 exon
chr12:7640369-7640683
Length
6993 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGA
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
AAATAATATTTATTTTTCAGCCC
3' ss Score
6.14
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGATCAGATCTGGAGCTAAGACTTAGAGGTGGAGGCAGCCGCTGTGCTGGGACAGTTGAGGTGGAGATTCAGAGACTGTTAGGGAAGGTGTGTGACAGAGGCTGGGGACTGAAAGAAGCTGATGTGGTTTGCAGGCAGCTGGGATGTGGATCTGCACTCAAAACATCTTATCAAGTGTACTCCAAAATCCAGGCAACAAACACATGGCTGTTTCTAAGTAGCTGTAACGGAAATGAAACTTCTCTTTGGGACTGCAAGAACTGGCAATGGGGTGGACTTACCTGTGATCACTATGAAGAAGCCAAAATTACCTGCTCAG
Seq A exon
GTATGACTTTCAATCAACTTGTTAAGAAGAAGGGTGTAAATTTCCAGTACTACCTTTGAAATTGAAAAGAAACATTGGTCCTTATGACTAGATCACTCTCAAGAAACCAGGAAATATCTACACAAATTCCACTGGGAGAGTCAGATAAGTTTACAATTCATGTTGCACTTTAGATAGAAGTGTTTGGGTTTTGCTCACTTTGGTTTTTGAGTAATTTTTAGATCAATAGAGGTATAAGATTAAGGAGGATTAAAATTTAAAAAATAGAATTCAATATTTCTTTCACAGGATGTCACCAAAAGATTTAAAAAATAACCATGTTAGATAAACTGACATAACCTTCAGCTCCCTCTATTGTACTGTGAAAGAATTTTCTTTTTTTTTGGAAAACCTGTGAATATTTCACTGCAACCTCTTTAAAAAGCTCAAAAATGAGTTGTAAACTGGTTAGGTTTGTGGATAATCTTTAGTATTTTATGCTAATTATATTTATACAAATGTTAACTTTGTTGAAAAGTGATGCTTTTTAAATAACTCTAAAGTAAATGTAACTTTTACTCATGCAACAAAAAGGCTTTAGAAAACACAGTGTACAAGAAAACCATTAAACATGTAGAGACCTCACAGAATGGAAACTTGTACGTGCTGCATGTCCTCTAACCAACAATATGGCTCCAGATACCTCCCAACCTAGGCATGCAGTGAGGGGCATTTCCCTGATGTTACAAATGGTGCTTACCTCTAGTTAAGTAGAAATTATCCTCCGATTGAAAAAAGGCAATCATTTAAGATATAAATTTGAATTTCTATATTACTTTTTAAAAAATATTCTGGACCAGGCAATATAATCACATGGTTTAAACTTCAAAATAAAAAAGTGTAAACTCTTCCCCCACTACTATCCAATTCTTTTCCTCACAGACAACTTATGTGGTTGGAATATTTATATATTATTTGAGATATTTCATGTAAATACAAGAAAATACAAACAAATCTATATATAGCTATCATTTGCTTTCATTATCCAAATGGTGGCATGTTGTATAAATTGTTTTGTACCTGAAGTATTCACTTAGTAAAATTTCTTGATCAAATTTCACATCAGTATTTAAAGAGCTGTCTGAAATTACTTCCATATCTATAACATTTCTTATAATTTATTACCGTGTGTATTCATTTATTCTTTTAATTTTTTACCTGACAAGGTTAGCCATTCTTTTACCTAAATTTTTTTTTAAAAAACCATTATTTGGATTTTAAAAAATTAATGTTACTTTTATTTCCTTTCTAATTCATTAAAATTTACTTTTCTTTCTAATAATTCTCTTCAGATTTCCTAAAGTTTGATTTCTTTTTGGCCCCCAACTTCTTGAGTTGAATCTTAAGTTTTATTTCTTCTGATTTACTAATATAAATATTTTAGGTTATAGATTTTCCTTCTAAATTTATAATGGTTTGTATATTTTCTTATTAATTGTATTTTACATTGATTAGCATTAAGTTCTGCTGTATCTAAAAGAGAAACAAATAATAGTGACTGAAGAAAGACAGTGTTCACTTTTTCTCATTTAAAATTAGTCAAATAGATAAGCAGTTTAAGGCTGTTTTGGTGTCTCTGTTGTCACCAAGAAACATCCAGAATAGATTTGCTGCAGTAAGTATCAAATCCTACCGGACAGGAAGGATAAGCCACCCCGCAGCTCAGTGAGTTCCTTGGAAAGCCAATCTGGTAGACGAAGTGCTGGCCTCTGAGAAGGTGTCTTCTGTCCGCTGTCCTTCATGGGCCCCAGTGTTGCTCTCAGGGCAGTTCTTCCTGGCACATTATTCTTCACAGTTACATCCAAGTTTGGTTTGGAGAGTATCTCTATCTAAGGACAGCACACCTTTCACAACCCACTTTCTGCTAATATTGGTTTAGGGACCTTTGGATTAAAGATTGACTAATCAAGGGCTGATGTCAGCTGCCCTCAAATTCAACAAAAAAGTTCTTTCCAAGGTTACTAAGCTTCTAGTCTACTTGCTTTATAACCCAATGCCATCTGAAAGTAACTATAGTCCAAGAGCATATAAATATACTTTGATCTATGCTGTGACCAGCCCTTCTCTTTAATTATTGACCACTGCCTTAAGGCCGTTTGAAACTGTGGGTTTGGGAGGAAGGACAAGACCTAAATTCCGTCTTTGCCGGTAGACTCATTGCCTTTGTATCTGGAGTATCAATTTTATCTTCTGACAAGGCTACAGTTTTACCACCACCTCAATTTGGGGGGACAGGATACTTAGAGTTTTTTCTTCAATTCTTCAATTCCAAATTATAGGACTCTTGATTAACAATATACAACACCTGCAGGCAGACCATACCCCCTTATAAAATTGATATTTCTCCTCCCATTTCTGCTTGCATTCTGACTGCTTGTAGTCTGAATTCATCTTTCTTGTAAATGCTAAAAGTGGCAAGGAGAATCCACGTCATGCAAATATTCTGATTTTTTGTAGTTTTGTTTCTTGTACTTTGCCCAATAAATTCTGCATTTTTTAAGCATCAGTGAGCACACGGTTTTCTTTTCAAAGTGAGGCTTACCCAAATATTTTACCATGTGTAAGACTCCTTAGGTTTTTAGCCTCTCACACCTGAGTCATTAATGCATTCTGCCCATCAACTCCATTCAACCACACCCATATTTTAGGTTGCATTACTAGAATACCTTACTTATGGTAACATGTTCTAAATTATTCAGGATTCTATTCAGATGTGTATAATAGAAATCATGAATAACATAAATTTGCAACTTAAGGTGGGCTCCGTACTTCACAGAGCTGTATTTTTGTTTGCTATTTGCCATGTGCACTTTTTGTTTCCTTTTACAAACTCTTTTGTTATATTGCTGTAGGTTTTGGAAGTTCTTCTACTTATGTTGGGGGCCTTGGTTTTTAGCTTTTTACATGTTTTGTTAGTAATATAGTTTGTACTTTTGTTTCTTTATTTACTTGATACTTTCAATGATGACATACTGTCTCTGTCAATGATGATATGCTGTCTCTGTGCCTGCCAAATTCAAGCTACGAATTTGATCATCTGTTTAAATTGTTTAACTTTTATATAGTACAGGGCTATACAGCTTAAAAGAACCAGGAGAATTCAACTAAGCAGGAGAATTGGAAACAATTTAAGATAAATTGTTGACAGAAAAAGGTCTAGGAAATTTTGGCCACAAAATTACTTTGAATCTCAGACATTTTGTTTGTGATGTCTGTGTATGTACTGTAGAGGACATCTGACCTTAAGAAACAGTTCATTTGAGCTATGCTGTCTTTTAACTTAGGATGGAGAAATAATTCTGAGATTATGATGATCTATACTTCTTCAGAGTCTGAAAAGCATTAAATGTTGAAAATACATTAAAGCTTCTTTAAATCATAATTGTATATTTTATTTATCACTAAACAAAAGGAAGTAATTCTAGTTAATTATGTCTCTAATTATGTTAAAGCTCTTTGTAGATCTATTTATTTTTCTAGAAAAAGAAAGAAAAACAGATTCAGTTACTTATGCCAGGGGAAAACTGTAGTTGTTGATCAATGGTGCTAAATCCAGGTGCAAAAATTTACTTAATGGTTTTTATGTAAAAACACAGTCAGAGACTTAGCAGAAAAAAATCCATTAAAGGGATACATTTCCAATATTCTATCCATGTCTAAAGAGTAACGATATAAGCAAAGCGACCCATAGGATAGATTAACATGTTACTAGCAGATTCACGAAATAAAGGCTGAGGATGGAGTCTCCAAGTCACTTTCTGAGTTGGAGAATTTGTCCTCTGCCTTGACTCAAATATGTTAGTACAAAGAAAACAAGAGGATACTTATAGAAGGGACTTTTTCTCAATTGCTTAATGAGTTTTCACAATGGAAAAGAAAATATTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTCACTGGTTTTCTTTTGGTTTATTTTGTTCAAGATGGGTCCAAATGAAAGAGTAAGAAGTTACAAGAAACCAGAATTTGGCTTGATCTAGGAGACTGCCTTTACTTAAAGATTTAGGGCTGTCCAAAAGAGGTTGGGATCATATGAATACTAGTTAATGATATCTTAGAGAAATTTCATGCTTGAATAAAGATTCAAAAAGAAGAAATGAAAGACCATCCCACTCAAGGGTCATTAATTATTTGTATTGTAGAGGTGTTATTTGCTTTAAACTCTGAGCTATGTTTAGAAAGCAACATGTTTTTCATTTCAAATTTGGATAGGAATTTGCTTTGCGCAGATTTAATGGATAATGGGTGAAATTTTGACATGTTGAGGTATTCTATATTGCTGTAGTACAGAACATGGTCATATTCGAAACATTTTCTAAGACATTTTTGTATCAGGTGAAAGGTTTATGAGAGATGAAAGGAAATCAGAGTATGTAGATTGGCAAGGGCTGATGGTGTATCTATATCATTGTGATAGTAACATCAAGAGATTACAAAAATTGTTGATATTTGATAGCAGGTATCTATAAAGGACTTAAGACCTTCAGAAGGTCTAATTTTCAACTGCATTTTCTTTATTTCTCTTAAAGAACAAGTTAAAAGAAATAGTTTGTATCTCTTAAGTACTTTATATTGCCTCTGAGTATTTTCAAAGAAACTCACTTATCTTGATGATTGTGTTTCTTAACTTGACAAAGAGCATCTTCATAATATAAATTCCATTTATTATTTCTGGTGTGTCTTTTCTTTATATTTTAAATTTCAGCTACAGTAAGTTACTTATAATTCTTCAATGACACCATGCATTTCGTGACCATATTCCTTAAAGATTGTTTCACACACTGTGTATTTGGCAAACTCCTCATCTTTTTTCAAGATCCAGTTTAGATCTATGTTATTCTCTCCCCCATAGTCTAAAACAGAGTGAATGACTCCTTTATTTGTTAGTTTTATGTCTAATACATATTTCTATTTTTGGGTTCATCACTATTAAAATATGTATA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Seq C2 exon
CCCACAGGGAACCCAGACTGGTTGGAGGGGACATTCCCTGTTCTGGACGTGTTGAAGTGAAGCATGGTGACACGTGGGGCTCCATCTGTGATTCGGACTTCTCTCTGGAAGCTGCCAGCGTTCTATGCAGGGAATTACAGTGTGGCACAGTTGTCTCTATCCTGGGGGGAGCTCACTTTGGAGAGGGAAATGGACAGATCTGGGCTGAAGAATTCCAGTGTGAGGGACATGAGTCCCATCTTTCACTCTGCCCAGTAGCACCCCGCCCAGAAGGAACTTGTAGCCACAGCAGGGATGTTGGAGTAGTCTGCTCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000177575-CD163:NM_203416:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0053013=SRCR=WD(100=90.7)
A:
NA
C2:
PF0053013=SRCR=WD(100=92.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)