HsaINT0033801 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000135837 | CEP350
Description
centrosomal protein 350kDa [Source:HGNC Symbol;Acc:24238]
Coordinates
chr1:180023550-180031501:+
Coord C1 exon
chr1:180023550-180023637
Coord A exon
chr1:180023638-180031354
Coord C2 exon
chr1:180031355-180031501
Length
7717 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
CTTAACTCTTTAAACCTTAGGCA
3' ss Score
7.02
Exon sequences
Seq C1 exon
ACATCTACGAGACAAAGGAGAGGATGATAAAATGCCCCCGCTCCGGAAGAAACAGCGTGGTTTGCTTTTAAGGTTGCAGCAAGAAAAG
Seq A exon
GTATGTTAGGGAAGGCACCCCTTTAGGACAGCTTATAAGGCAAGTTAGTTTGTGGAATCTATTATTTTGCCTGATTTCTTTTCCTTATCATTGCCTTAAATGAGATTTAGTTGATACTTCCACTGTTTATGTTCATACTACTATAATTATAGGGGTTGCTTGGTAATCTACTGTATTTCTCCTAAATGAGGATTGTGTGTCACTCCTAAATTAATAAAATACACAGGCAAACTTTCTACCTTCATGTAGTAAGTAGAAGAAAATACTCTTTTGAAATACAAATTTTAAAAATTAAGATATGTGTAAAAGAATCTATTTGGATTAAATTTTAAATTATTGTTTCCCTAGACTTTCATGACATATTAATTACATATTGATAAATATTTTGGCTTAATGGACTTAGAAAGACCTCAGTTTTGAATTCTGGAGAGGCAGCATGGTGGTGTAGTGGTAAAGAATTCAGGCTCTGGAGTTAGATTTCCTAGGCTAAAATCCCAACTTTACCAGTTGCTGGTTTCATAACCTTGAACAAGTTACTTAACTTCTCTGTGTCTCAGTTTCCTCATCTGTAAACTGAAGATAATAATAGTAACATACTTTATAGGGTTGTTTTAAGAAATAAGTGAGTTAATACATAAAATAAACTTAGAGCAGACTGTGGCACAATGGTAAGTGCTCAATAAATATTAGTTGCTATTATTTGAATTCCAGCGTTGTCACTTGAAACTGTGTAATCATGGTCAAAGTTTAAGTAACTCTCTGAGACTTAATTTCCTCATCTGTAGGAGTGGGATTATACTTCATATAGTGGTTGTGAGGATTAAATGAGGTAACATATGTAAAGTGGGTTTCACTGTGCCTGGTAAGTATTCAATAGATTCCAGTTTTTTTCCCCATATTAACCTGTTGTCAGGTGCTAGCTACTGTGTTAGATGATTTAGGAAGCTAATTATCTGAATTATATATTGGCTTATTACTTAGTTGTATGTTTATCCCAGGAAACATTACAGATAATATGAATTTGAATAAATTCTGAATTCCATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGTCTCGCTCTTTTACCCAGGCTGGACTGCAGTGGCGCTATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCAGGCGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGCCCCCACCACCGCGCCTGGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGATTTCACCATGTCAGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCGCGATCCGCCATCCTCAGCCTCCCAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCTTACCCGGCCTGAATTCTATTTTTTAAAAAATAAGTTGTGTCTTTTTAATCCAAAAAATTGGTTTTAAAATAAATTAAAATTTTTTCTTAGTTAAAATAAGTAAATAACTTTCTATAATGTTACACAATAGCTTTCTGTTATAAAATAGAATAAAAATAAGATTTATAAATTTATCCCTCATTCTGTGGGGTTTCTTTTCACTTTCTTGATAGTATCCTTTGAAGTATAAAATTTTTCATTTTGATACATCTGGTATTTTATTGCATGCCTGCTAATAACATGTTTTTTGTTTTGATTAGTTTGAAAATGTATTTGTTTCACCTTTATTTTTGAAGGATATTTTTAATAGGCATAAAATTATTTTCTTTCAGCACTTCTAAAGATATTTTCCATTATTTACTGCTTTCCATTGTTTATGTGGAGAGGTCAGTTATCTTAATCTTGTTCTTTTGAAGGTTCCTCTTAAGATTATTTAAAAATTACCCAGTTTTTCAGTAGTTTTACTATGATGCATGTAGGCGTGGTTTCCTTTGTATCTATCCTATTTAGGATTTGCTGAGCTTCTTGTATTGGTTTTTTTATTTAATCAGTTTTTCAGAAACTCTCTCTTCATGTATTGCTTCTGCCCCTCCCCCCCCCCCTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTCCCACTCTGTTTCCCAGGCTGGAGTACAGTGGCACGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCTAGGGCTCAAGCAATCCTCTCACCTAAGCCTCCCCTGTAGCTGGGACCACAGGTGTGCGCCACCAGTGCCAGGTAATTTTTTGTAGAGATGGGGTTTCGCCATGTTACCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGACTCAAGTGATCCCCCCACGTTGGCCTCCCAGAGTACTAGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCTGGTCACTTCTACCTCATTCTTTTTCTCCTTTCCTTCAGGGACTTCAATTAGACATAGGTTAGACCTTTTGACCATTTGCCACATCCCTCTCTTCTGTCTTGTTTGTATTTCATTCCTTAAAACAAATTAAAAACTAAAAACACTGTGCTTCAGTTTGGAAAGTTTTTATTGACCTGTCTTTGAGTTCATTAGTATGTCCTCTACTTTGCCCAGTGTGCTGCTAAGTCTATCCAGTGAGTTCTTAATTCGATTTGTTTTCGTTCTATAATACCCAATTTTATTCTTTTTAAAATAGATTTTGACTCTGTTGAAATTCTCTACCCTTTAATCTACTTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTGGAGATGGAGTTTCACTCTTCCTGCCCAGGCCAGAGTGCAATGGCGCGATCTTGGCTCACTGCAACCCCTGCCTCTCGGGTACAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGTCTGCCACCACACCCAGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAGCCCCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTTGGCTTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGGCCTACTTTTCTTTTTCTACTTATTATCCATAGTTATTTTAATGTTCTTGACTGCTGTTTCTTCCCTGTCTGCTTGTATGTGGCCATGTGTGCCTCTATTATTACTATTGTCTGTTTTCTTTTTTTTTTTTTAAACTATCGTATGGCCCCTTTTCTTTGCATGCCTAGTAATTTTTTTGTTGAATACTAGTCACAGTTATATAAATAACTGCAAAGGCTCCAGCTGATGGTCTCTTCCCCCAGAGAGGATTTATCCTTTCTTTTGCTATTTTATGAGAGTTTTCTTTTGCTATTTTATTAGAGTTATCAACTGTTCATCTTAATTCATTCAAAGATTGTGCTGGGTTAGGGTTAGGTTGTAGAGTTGGTAAGCCTCAGTCTACTTCTGGTCTGCATTATCCCTAGGTTGGGGCTCTCCAGGGATTCACTGGAAACCCAGATAATACTTTTTACTCAGCACAAGAGACTGGGGATTTCTGCCCTGCTTTTGAGACTTTTCTGGGTTAACTCCTTAGCCCTCTATGTGCTACTTCAGAACTTGACAACTGCTTTGAGGAGAATGTGAGTTTGAGATCTCCTGAGTCTCCTAGTTTTGTCACTGTGGCTCTGTGTGGATGGTTAGAGTGTTGACTGGTGTAACCACTTTGAGTTGAGAGCAATTGCCACTACCTGGTTCAGTTGAGGACATATATAATATATGACTCAGCAGTTCTGTCTTGGTATATATCCTAAAAAAGCTTTCACATATGTTCAAGGGAAAATGAAAACAACTTAATTTCTTCAATAAAAGAATAGATGAAATAAAACATATTCTTGCAAGAAAGTATAATACTGCAGGAAACTGAATGTGTTAGATATCAACACTGTCTGTAGAGATTTCTGAAATGATAGTAATTTTCTTTATCTGTGTTGTCCAATACTGTAGCTACTAGCCACATGTAGCTAGAAGCTGTCATATTGGACAGTGTAGCATGAGATCTTCATTTATCAAAAACCATAATGTTCTTTTTAATAGAAAAGCAAGATGCAAAGAATATATACAGTATTATACCAGTCATATAAATTTTTTTAAAGTAACCAATTAGTAGTATATGTTCTGTGGAACCACTCATGCATCAAAAGCAAAAAACCACATATAGAAATGATACACTTCTGGGGAAGAGAGGAAGGAGGAAGAGATTGGCATGGAGTTTGGTTTCATCTGTATTTATCTATTTATAGATAATAACATATTTGAAACAAATGTGCAAACTGTTAAATATGTTTAATGCCAGTCGTAGGGATATGAGTGACTACTTTTTCTTTTTGTAATACTTAAGAATTTTTTAAGTAAATATGCAAAATATACTCTTTGATCCAATTGGTTACCCCTGAAAAGTTGCCTTATATGTTGAAAAAACCAAAGTGTAAGAATATATGTGCTAAGATATTTCTTGCAACTGTAGCAGTAAGAATTCTTTTGACTGATAGTGAAATGGCTGGCTCTAAGCAATTTGGTACAACCGTATCCAAAAAAGAGAGACCATATTTTCCTATGTCTTATTCGTTTTACCCTCCCTGAAGTGACATTCATAACACATAAAAATAACCATTTTAATAAAGTGAATAATTCACTTACACCATTCACCATTTTAAAGTGAACAGTTCATTTGTACAACTTCATGAATTATTCTTACAAGAGGGACAAACCTGTTTCCCAAGTATTCCTTAGAAGTTGTCTCTTTTTTCTTCTAGGCTTGAATTGGGTGAATTTATACATTATTTAGTTCAGAAACTCAGGCCTAAGTTAGTGGAAGTTTCAAAACGTACTCTGTGAAACTCTGGCCTCTAAGACCCTTTCACAGGTCTGGAAGGTCAAAACTATTTTCTTAATGATACTCTGTTATGAATTTGCCCTTTTCACTGTGTTGACATTTGTACTAAATAGTAGAAAACAATGCTGAGTAAAACTGCTGGTGCTTTATCACAAGTCAGTGGCACCAAACTGTATTGGTAATTTTCTTATTCTTCATGCCACTTACTTGCAGTTAAAAAAAGCAAGTTTCATTTAGAATGTCCTGATTGAGTAGTAAGAATTATTAATTTTATTGTCTTGAACTCTTGAG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Seq C2 exon
GCAGAAATAAAACGTCTTCAAGAAGCCAATAAGGCAGCTCGGAAGGAAAGACAGCTGATTCTTAAACAGCAGGAGGAGATAGAAAAGATCCGACAGACCACCATAAAACTACAGGAGAAATTGAAGTCTGCAGGGGAGAGTAAATTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000135837-CEP350:NM_014810:25
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.954 A=NA C2=0.837
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)