HsaINT0036281 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000172243 | CLEC7A
Description
C-type lectin domain family 7 member A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:14558]
Coordinates
chr12:10116777-10123363:-
Coord C1 exon
chr12:10123245-10123363
Coord A exon
chr12:10118591-10123244
Coord C2 exon
chr12:10116777-10118590
Length
4654 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTTGTAAGT
5' ss Score
8
3' ss Seq
ACTGTATTCTATTTTAACAGATT
3' ss Score
8.61
Exon sequences
Seq C1 exon
GGATTTATAGTAAAACAAGTGTCTTCCCAACCTGATAATTCATTTTGGATAGGCCTTTCTCGGCCCCAGACTGAGGTACCATGGCTCTGGGAGGATGGATCAACATTCTCTTCTAACTT
Seq A exon
GTAAGTGTTTGGAGAGACAATGCTTCATCCTTTTTCTCAGAGAGGTTTCCATCTCATCTATGAAAACCTCTGTCGAGCAGCTAAGAACCTGATTTGCTCACCATATATGAGAAAGAGAGGGAGAAAGATATAGAAGAAGAGAAAGAGTGAACTAGGACAAGAGGAGAAAGATGAGGAGGACCTTAGAGTGAAAAAGAGTGAGGCCATCTAGTAGCATCAACACAGATATTCTTCTGGTTTTCTTACTAGGGAGGCATCGACATGTTTGAAGTTGTCCAGGCAAGGAGCAGTCACTGTCAGTCAGTGTAACTCCCCGGTTAAGAGCATGGGTTTTGAAGCCAGGCCTCAGTTTGGGTTAATGATTACCCCACTCACTGATTGTGTGACACTGGGGATAAGTCACTTTTCCTCTCTGAGTCCCATTTTCCATAAACAAGAATAGAAAGGTGCTCTTGGCCAGGTGTGGTGGCTCACACCCGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCCAGGTGGGCGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCCACCTCCACTAAAAATTTAGCCGGGTGTGGTGGCATTGCCTGAAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGGACCTGGGAGACAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATTGCACCATTGCACTCCAGCCTGGATGACAGAGTGAGACTCCAGTGAGACTCCAACTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAGAGTGCTTTCCTCTTAGAATTGTGAGATGGGTATAAAAGTAAAATAATTTAGCACAGTGTCTTGTACATAGTTAATGTGTGAGACTTATTATTAAGTTAAAAAGCAACCACATTTTCACATTTTGCATTTTAGAAAGATATTTTAAACGTATTTCACATTTGCCTGATGATACATTATTCCTTATTATGTGGTTTCTGTCACTGCTGTTGTCATTCATTTGCTTTTTAATATCTGCAGAATATGAAATATGTCTCTTTTAAGTTCTTATTATTAGTGTGTGTGTGCACACCTGTGTGTGTTTTTTCATCTGTCTCAGTAGGAGTACCGTTCAATTTGGTTTTTCAAAGAAAGTAACTTTTGACTTTGTTGACTCTGTCTTTTTATTATTTCTTTCATTAACTTTTATTCTAATCTGTATTACTTCCTTCCATCTAATTTATTTTTATTTTATTTTGTTTTATTTTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGATCTCGGCTCACTGCCAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCTCACCACCATGCCCGGCTAATTTTTTGTATATTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTAATTTATTTGTTTTAAATTTGCTATTCCATCTCAAACTTCTCGTATTGGGTGCTTGCCTCATGAATTTAAGCCTTCCTTTATCTCAAGTATGTAGACTTAAGGCTATAATTTTAATGTATTTTCATTGTCTTTCAGTTCAAAATACTTTCTGATTTCCACTGTGAGCTGCTCTTTGACCCAGGAGTTATTTAGAAATGCATTTCTTAATTTACAAACATATGTGTTTCTGGTTATCTCTTTGTTTTAGGTTTCAGGCTTAGTTCCACTGTGATCAGAGAACATGCTCCACGTGCTTGTAGTTCTGTGATTTTTACGTGCTTCTTCCTCTTTCCATATGAAAAGAATTGTGTTGAAATCTTCCGCTGCGATTCTACTTACAGTTCTGTAAACATTTTATTCGATGTGTTGAAGCCGTGTTATCAGGCACATAAAGATTTAGAATTGTTACTTTTTTTCCCCTTTCTTTCCTCCTTTTTGGACGATTTAACACTTTTTCTTATTCTGTTTTTTTTTTCTGTTCATTTGGAATGTGCTCTTTCATGTCTTTTACATCTCTTTTACTAATCTTTTAGTAGTTGTTCTAGGAATTACACATGTATACTTCACTCATCAAAGACTAACATTAACTGACATTTTTATGTTCTTCCTGACCAATATAAAAATCATAGAGCATTCCTTTACTCTGTTGACTCTCTCCTCAATTTATATGCTATTATATTAATGTATTTATTTTTATTTATTTATTTTTATTTTATCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGGGCAATCTTGGCCTACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCCACCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGCTATGCGTCACCAGCTGGGTGTGGTGGTGGACGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGAGGTTGAGGCACCAGAATTGCTTCAACCCGGGAGACGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACTGAGCCAGACTCAGTATTAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAAGAAAAAACTAGCCCTTGGGCCGGGCGCGGGGACTCACGCCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCGGATCACTTGATCTCTGGAGTTCGATACCAGCCTGGCCAAAATGGTGAAACCCCATCTCTACAAAAAAAAAAAAAAGATATAAAAATTAGACAGACAAGGTGGCGCACAGATTTATGCAGTTAGTATTCATTTCAATTTGCCCACATATTTATGATTTTAGTTGTTTATTTCTTTCTTCCTTTCCAACTGTACATTACAGGTATTTTTTCTTAAGACTGATATTTCCAGTAAGTATAGAATTAGAGGTTTGTTGTTTTTCCTCTCAGCCACTCAAATATATTATTCCACTGTTTTCTATTTTTTACTGTTGTTTTTGAGAGGTCATCTGTTTGAAGGTAATATATGTTTTAAAACTAATGTGTTTACTCAGCACTGAAAAATTCTCAGCCATACTTGCTTCATATTTTGCTTTTCCCCATCTTTTTTCCCTTCTCCTGGAATCCCAGTTACATTCATTACAGACCCATTGACACCATCCTATATGTTTCTTTTGCTTTTTCCTGTGTTTTCATTCTTTTTTAGCTTTTTGCTCCAATCTATGTAATAACCTTTCACATATCTTCCGGTCATCTATTTTTTCTCATCTGTGGCTAATCTACCATTAAAAGCCTCTATTAAGTCTTTTATTTTGTTTGGTGACATTTTCAGTTTTATAATTTTAGTTTAGTTCTTTCTCAAATCTATTATTTCAACACGTATACTTCTACTTTTTCTTCCAACATTCTTAGTATTGTCTTCTAACTTTCAGAATACACTAACCATAGTTGTTTTAGCTTGTGTCTGATAATTCCAATTTTCTATATGTATCTGTTTCTGTTTGTTTTTTTTTTTACTATTTTTCTTTTGTGTTGATTAGTTTTCTCTTATGTCAGATTGCTTTTTATAGTGTTGTTAACATTTTATCTTAAAATCTTTGTAGAATTAATTTGAAGTGTTTTTTCATTTGCCTCTGTTCTCACCACCAGGTCTGTTCACCCAATAGTGTGAACAGTACAAACTGCTGAGCATAATCACTTAACTGTTTTACTTCTACTAGGCTAAGTACAGTGAATTTATTATCAGCCAAATGTATTTTCTACTTTCTTATAGTACTTGTTTGTCTTGAGTTTTCTCTTGCTATTTTAAATGTATGACTAGAGGACTCTTTCTATAATCACAAGTGGGCCCAAGTTAACATTTTGATATGTTACTACTTTTTTGTTTTCCGGGTGGCATTTATTTAATCTAGCTGTGTCTATGCCCCCAAAACACTTATAGGTCAAGGAAAATTTTTAAGGAATAATGCTGGTCAGAGTTCTCCCTGAGGTCTGAATCTAAGTAGTTAATCTTAGCCTTAGTCATCGCTAAAGCAAAGTTTTCTCAATCTTCCAACCTCAGGGTCAAGAGGGAGAGATACATAACCAGGACAAAGAGTGCCAAGTCATAGCTTTTGCACTGACGGTCAGTGATGCTCTTTGAGCTTGACTCATTAACACTGCTACTTAAGGAGATTGAAGACCAAACTGAACAGGACCATGCCTGCATTTAGCAGTGTTGATTTCCATAACTGTCAAGCATTGTATTGTAATATAATTCTGCTTCCAGGATACATTAAAATATACAGAGTTGTTTGCCCTGCCTTTAAATGGCCTGGGCATCTCTGATTCTCTTTTTAGTTCTAGATCTGTTTTAGCATTAATGCTTCTGCTTGGTCTACTCATTAAGTATATCCAGTAATAATTTAATTAAACTGTTACTTGATTTGATAAAGAAACATTTAAGTAATAGGCTGAAAGATATATAAAGAACTTTTTATAGAATATTAAATGATTTTTCTTCTTTGTCAGGAACTTTTTTTTTAGTTTATGCAGCTAGTAGCAGTTCTTGAAAAAAAATTAAGTCGTTTTTCTGCCTTAATAATGGAGACTATTCATTTAACCACTTGAGATTCACAACAATTTAGATTTAAGCCTCCTTTTCCAATAATAGAAACACTTCAGAACTCTTTTCACCAATATCCTTACTAATTTATTTGTGCGCCATGTAGACAGTATTCCTTAACATTTGTTCTAATTACCTCACTGTATTCTATTTTAACAG
Seq C2 exon
ATTTCAGATCAGAACCACAGCTACCCAAGAAAACCCATCTCCAAATTGTGTATGGATTCACGTGTCAGTCATTTATGACCAACTGTGTAGTGTGCCCTCATATAGTATTTGTGAGAAGAAGTTTTCAATGTAAGAGGAAGGGTGGAGAAGGAGAGAGAAATATGTGAGGTAGTAAGGAGGACAGAAAACAGAACAGAAAAGAGTAACAGCTGAGGTCAAGATAAATGCAGAAAATGTTTAGAGAGCTTGGCCAACTGTAATCTTAACCAAGAAATTGAAGGGAGAGGCTGTGATTTCTGTATTTGTCGACCTACAGGTAGGCTAGTATTATTTTTCTAGTTAGTAGATCCCTAGACATGGAATCAGGGCAGCCAAGCTTGAGTTTTTATTTTTTATTTATTTATTTTTTTGAGATAGGGTCTCACTTTGTTACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCGACTCACTGCAGCTATCTCTCGCCTCAGCCCCTCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCACCATGCCAGGCTAATTTTTGGTGTTTTTTGTAGAGACTGGGTTTTGCCATGTTGACCAAGCTGGTCTCTAACTCCTGGGCTTAAGTGATCTGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGATGTGAGCCACCACACCTGGCCCCAAGCTTGAATTTTCATTCTGCCATTGACTTGGCATTTACCTTGGGTAAGCCATAAGCGAATCTTAATTTCTGGCTCTATCAGAGTTGTTTCATGCTCAACAATGCCATTGAAGTGCACGGTGTGTTGCCACGATTTGACCCTCAACTTCTAGCAGTATATCAGTTATGAACTGAGGGTGAAATATATTTCTGAATAGCTAAATGAAGAAATGGGAAAAAATCTTCACCACAGTCAGAGCAATTTTATTATTTTCATCAGTATGATCATAATTATGATTATCATCTTAGTAAAAAGCAGGAACTCCTACTTTTTCTTTATCAATTAAATAGCTCAGAGAGTACATCTGCCATATCTCTAATAGAATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAACGGCACGATCTCGGCTCACCGCAACCTCCGCCCCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGTCAGGCACCACCACACCCGGCTAATTTTGTATTTTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCTCCATGTCGGTCAGGGTAGTCCCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCCAGCCTAGAATCTTGTATAATATGTAATTGTAGGGAAACTGCTCTCATAGGAAAGTTTTCTGCTTTTTAAATACAAAAATACATAAAAATACATAAAATCTGATGATGAATATAAAAAAGTAACCAACCTCATTGGAACAAGTATTAACATTTTGGAATATGTTTTATTAGTTTTGTGATGTACTGTTTTACAATTTTTACCATTTTTTTCAGTAATTACTGTAAAATGGTATTATTGGAATGAAACTATATTTCCTCATGTGCTGATTTGTCTTATTTTTTTCATACTTTCCCACTGGTGCTATTTTTATTTCCAATGGATATTTCTGTATTACTAGGGAGGCATTTACAGTCCTCTAATGTTGATTAATATGTGAAAAGAAATTGTACCAATTTTACTAAATTATGCAGTTTAAAATGGATGATTTTATGTTATGTGGATTTCATTTCAATAAAAAAAAACTCTTATCAAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000172243:ENST00000353231:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.003
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0033515=Tetraspannin=PD(2.1=7.5),PF0005916=Lectin_C=FE(36.4=100)
A:
NA
C2:
PF0005916=Lectin_C=PD(36.4=86.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development