HsaINT0036325 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000169504 | CLIC4
Description
chloride intracellular channel 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:13518]
Coordinates
chr1:25153501-25166532:+
Coord C1 exon
chr1:25153501-25153607
Coord A exon
chr1:25153608-25166350
Coord C2 exon
chr1:25166351-25166532
Length
12743 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
CTCTTTTTTTCCCCCCCAAGCAC
3' ss Score
6.21
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CACTGGAGAGGGGTCTCCTGAAAACCCTGCAGAAACTGGATGAATATCTGAATTCTCCTCTCCCTGATGAAATTGATGAAAATAGTATGGAGGACATAAAGTTTTCTACACGTAAATTTCTGGATGGCAATGAAATGACATTAGCTGATTGCAACCTGCTGCCCAAACTGCATATTGTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000169504-CLIC4:NM_013943:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.054 A=NA C2=0.082
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134171=GST_N_3=PD(0.1=0.0),PF134101=GST_C_2=PU(7.6=18.9)
A:
NA
C2:
PF134101=GST_C_2=FE(65.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)