BtaINT0039288 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000009470 | CLIC4
Description
Bos taurus chloride intracellular channel 4 (CLIC4), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001080218]
Coordinates
chr2:128712195-128727639:-
Coord C1 exon
chr2:128727533-128727639
Coord A exon
chr2:128712377-128727532
Coord C2 exon
chr2:128712195-128712376
Length
15156 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
CATTTCCATCTTTCTTTCAGCTT
3' ss Score
9.36
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
GTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGTGGTTGAATTAGCAATGTAGAACCAGTCCCTCCTACCTACACCCCAAAAAACCTCCAAAACAAAACAAAACAAAAACAGGAACAAAGATCAGAAAACCCTATTATGACAGTGATTATAAATGATTACTTTGGAGGCCATTCCTTAAAGTATTAAAAACTAGCTTTCAGAGTTGATCAGAGATTTGATGATAAACCAGAGTAAGTCCTTAAATTGTTCTTTTTCTGTTTCTTTTTGATAACTGTGCCTAGCATAAAGTGGGTGTGTGATTAAATATTTATTGAATGGATTTGTTCTTATATTCTTCTGAGAAGTTACCATGAAGGGAGCTATACAGAAAATTACAGTGTCTCAGAAACAATGGATTGGGTGGTTGTAGTGGTTGGAATAGATTGATATAGCTTAATTTAAACTATTGTTGGGTGCCAGGAACCTAAAGTCAGCCTGGGTGGATTTTTGTGCTAATTACCCTTATGGTTAATTGGAGTTTTTGGAGTTCCTCTAAGAGAGCATTTGGACACACCAGCCTTGCAAAGGTCTCTGTATGCTAAAACTAAGGTTTTCACTTCAAGTCCTATTTTCCTGGTGAGAATGGTTTGTGTAGTGCAGATGCTACCTCCTTCTTTTATTTATTAAAGGACACTGTCTTATTTCATTTAGCAAACTTACATATAGTAAAAGGAAAGTCTCTTTAAAAGAGGTCCCATTGAATGAACCTTGTCCTAACAACACCGTTCAGTCACTTCGCCTTTTCTTTGGGATGTTAAGCATTGTTCTTTCTGCCAAAAACTATATAGAGAGAGCATTAGTGTTTAATTAAAAGTAACAGTAATTACCAAAGCGCCAATTCCTAAAGACACTATATATAATCCATCATAATTTTAGACTGTTTGGTAGCTTCGGTGGGGTTCTTTGGGTGGAGTTTATGGCCCCAAATGAGCAAGAATACCAAAGGGAAAAAATATCAGTGCCAGTTGAGCAAGAATAAACATCTTTTAAAAAGTTGACACATTTGCCGATTTCCTTCTGTTATTTCGGTGGGTAGATTGCCAAGCTATTCAGGCTTTTAAAAATTACTATTAAATTTTTAAATTGCAGCATTTCACAATTTAGTATTGAATTTCAGTGGTTTCTGGAATGATATTCACTGCATGAAATCGTGTTTCTATAGGGAAAGGAAAAACTTTAGTGCTCAGGCCTGTCTTACATCTATTAAATGTGTTTGAGTAGCTGCCGTAGCTAGGGAGCAATTTTCCTTAGTAATTGTCTTTTTTTTTTTGACTAATGGTTCTGCATGAGTCTTTTATACACTCAGTAAACAGTTCACTGGGGCCCCTCCTATCCAGAGACAGTATCTCTCCTCTGTTCTACCTTCCTTCCTGCAGGTGACTGTTCTCTGTACACCCAGATGTTCTTGCTGAACATCTTCTATGAACTTGTTCTATGAACTCTCTTAAAGTCATAATGTTTTTATTTCTCAGTGTGGTTCTTGGAAACTAGAGGGTGGTTGAAATTTCTTTTGATGCTTGGTAAAGAGGAGAGGGAAATAAAATGTGTCTGCTTTAAAAAAAAAATTGCTTTGAGGGCTGGGAATGGGGGAGGAGACGAGGGGAGACAGTGACTCACTTAAGTATAACTTTGTATTCTATTTTTTCCTATCAATTTGTTCCTGTCTTAAGTAGCCACCTACATTTACTGTCCTTTGAATGCTGTAACCAATAAGAACAAACAACATAGTGGATTATACCGTGCATAACTTAGAAGGCTTTTTATATTAAATTACCTATTGGTAAATAAGAATTCCAGTTGCCAAGCAACTTCCCCCCACACTGCCATGAGACTTTAGAAAACAGTATTCCAAATCACTTTGGAGCTTACTGGGTCTCCCTTGTGTATGTTTGTTGCAGGTCTTTTATCTGTCTGTTTAGTACAATTAAATACCTTAAATAAGCCTTAATGATCTACCTCCTTATTCCTCCAAATAATAAACAGCCTACATACACATTGATAGATTTTTTATTTTACATGGTAAATTAAAGTAGGCAAGTCTTTGATTGGTTTTTAAAACCTATTAAATATTTCACAAAATTCAGTGTGTTCGGACAGTTTTAAGGCCTTTGAGGACCTACTTCTATCTATGTAAGGGATTAGATGTTTGGATACTTTAGCAGTTGGGCTAGTGAAACAAAAGGGCCAATGCTTATATCAGGGTACAGAGTAAATAAAAAAGATTTAGAGAATAAAATAAAGGAAACATAGATAGATAAAACATATAATTCTTTAGTAACATGTAAAGGTGACCGAGAGTAACTGTGTTTTCTTTTGAAACATTAAAGGAGAAATTAATGGGTAATTACTTTTATGGGATGGGTTAGGTATGACCTGTCCCAGATCTCACACTTTTTTTTTCCAATTCTGTGATGTCCTTAATTTATATAATTTATTAAGCTCCCAAATGTAACCCATAGATAATTTGTTAGTCTGTTGATGTTTATAATATTCTTAAGAGGTCAGTGAATTTAGCAATGATGAATCTGCCATTATATCCTCAGAGGCATATTCCATAATGTCTCAATTCCCATTTTTAGATGGAGGCAAGGAATCTTTAGGTTCTGATTAGTTCCTTTTTATTCAAAGTTTATTCTCCCTCCCTGTTTACCTCCTCTCTTGTGCTGCCTGCCCTCCGCCAAAAAGTGTGTGAAATAGAGGATGATTGTTCATCATTGTAGCAGTGAAACTGTATTGGGTATTTAATCGTTTTTAAGTACCTAATACCTCTCTCTGTTTTCTGCCAACATGTTACCAGATCTTTAAAAATTGCTTGTGTAAGATTACCTCTTTATTAAAACTAGCAGTAGCTTTAAAATAGTTTTATTGATGTAAGTGCACATAATTTTTTTCTTCACTATAAATTATATTCTTTTTCTGTAACAGAAATTGTCTTGTTATAGTTAATGCCTTCTGCCTTGTTCTTACTCATTCAAATTACACAATTCATAGAGTAATTCATGCTTATTGAAGAAGTTAAAATAGTACAGAAATTAATAAAACTTCAGTGTCCTTTTTGAGTCAATCATATAACCTGTTCCCCAACAGTTAGGATGTCTCCTTCTTTTTTCTGTGCACACATATTGTACTTAAATGTGTATTTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTACACACACAGCAGTTGTCTTTATCATGTATTATATGGTAGAAATACTTCCATTTCAAAGTGTAGATCTCCCTCACTTTAAGAAATGCTGCTTAATATTCCATAATATGGATATTTTTGGTTAACTATTTCACTACTGACATTTAGAGTGCCTCAAGTTTTTTCATTATGACAAACTGTGCTGCCTCTGATGTCCTTGTGCTAGATTTCAAATAGGTCAAAAGATTTTGTTCTCCATAGACTATACCAGTTTATCATCCCACCGTGAAGGTATTCATATCCCCACACTTCTGATCCTGGTGTGTTTGTGTGTTTGTGAGAGTGTTTGTTAATATTTTTATTTTTCACAATTAAATTTAAAAATGGTTTGTATAGCCTCTGTTGCACTTCGTAATTTTTTTTTGAGAACTTTTGAAATACCTTCTTAGAGATACAGCATTAATACAGTAGGGGTATTAGAGAATAATAGTGCTTGTTATTAGTTACAAAAGACAAGGAGCTTAAAAAAGGAGTTACTTTCTTTTTTTTAATATAAATTTATTGATTTTAATTGGAGGCTAATCACTTTACAATATTGTATTGGTGTTGCCGTACAGCAACATGAAAGGAGCTACTTTCTATTACTTTACAATATTGTATTGTTTCGCCATATAGCAGCACGAAAGGAATTACTTTCTGATGGCCTGCTACTGCCTCCTAGTGGTTACCCTTGAGATTTTCATCTTAACCAACTTCAAATTCCTCTGTGATGGTGTCTTCAAAACTTTATTATGTTTATTAAGTGATGTTCTTTAGTTCTTGTTACCTCATTTTTTAGTTCTCGTTACCTCATTTTTCATTTTTATCCATTCCTTATATTGTTACATAAAAATTGTATCAAACTAATTCATCCTTCTTTGTTTTCTTTAATACACCCTTTATTCCAGCATTCTTAACTATGAAAAATCACTAACACTGGCCGAGTACAGCAAGTCGACTTCATTGCAGGTATTTTGCTAAGTCCAAAATTACAGGGCAGCAATTGTAATGTTCTGTTAGCCTCTGAATTTTAGTGCCTTACAGCTACAAATGTAAACACTGTACATTAGAGACCTTGTAAATTTAGGATATTTTATTTTTCTTTTGGATACTTTTGAGAATTAATTCAGGAAAAGGATTTATTTAGAGCAGATCAGAGATCGTAAACTTGCTTAGACTGGTCATGCCACTCAAGTGCCGTTTGAGACATTATTTCAGTGTTTGAATTCCTTATTATCTTTCCTTGTAGGCCACTATCCTGTTCATTGTAATCTGATCAAAGAACAAGTCCTTGTATCTAATGTGTATTTATTCTGTATTCAGTGCTTTTGACAGAAGCATATTGAATCTTCAAAAGTGAAAGCAAGCACTTCCAAGTATTTTATTTTTGCCTCAAGATCTGACACATATTTACAGCCCTGGAGCCATATAAGGGCTTCCCTGATAGCTAAGTTGGTAAAGAATCTGCTTGCTATGCAGGAGACCCTGGTTCTATTCCTGGGTCAGGAAGATCCTCTGGATCCATATACTTGCTAACTAGTCAGCTTTTTCTTACTTCCTCCTCTATGAGCCTCTGAAATTTACAGTTCACTTTATAATATTCAGGGAGTTGTAACAAGTCAAATTCCAAGATGTCAGATGTCTCCTTTCTTTGATGTTGAGAAAGGGCAAATTCTCTTCTCCTTTATCTCAGTATCTATAAGATAGGATAATATCTACTTTATGTCCTGTGGCTGCTCTGAGAATCAGTTCTCTTAACATATGTTCATCAAGTTTTTCAACTGAACA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Seq C2 exon
CTTTGGAGCGAGGTCTCTTGAAAACACTGCAGAAACTAGATGAATATCTGAATTCTCCCCTCCCTGATGAAATTGATGAGAATAGTATGGAGGACATTAAGTTTTCCACACGTAAATTTCTGGATGGCAATGAAATGACACTAGCTGACTGCAACCTGCTGCCCAAGCTGCACATTGTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000009470:ENSBTAT00000054397:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.054 A=NA C2=0.082
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134171=GST_N_3=PD(0.1=0.0),PF134101=GST_C_2=PU(17.5=48.6)
A:
NA
C2:
PF134101=GST_C_2=FE(58.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]