HsaINT0037907 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000060718 | COL11A1
Description
collagen type XI alpha 1 chain [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2186]
Coordinates
chr1:102974830-102978752:-
Coord C1 exon
chr1:102978708-102978752
Coord A exon
chr1:102974884-102978707
Coord C2 exon
chr1:102974830-102974883
Length
3824 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTACGT
5' ss Score
6.58
3' ss Seq
CCACTGCTTTTTATTTCCAGGGT
3' ss Score
9.37
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCACTTCAGGTGGCGATGGCCCTCCTGGCCCTCCAGGTGAAAGA
Seq A exon
GTACGTATGATACAGCCACATAATATAAAATGAAAATTAGTATTTCTGCAAGTATTTAGATTTCAGAGAAAAGATATATGTCTGCTAATACATGTGCATGTCTATCCACAAAATCTAGTCTGAATTTAAAAACGCTTATTTTTTAATTTATTCCTCTTCACCAATAAAAAAGCTTAATCAATATGTTCTACTAATTTTGTTATAGAAATGAGAAAAATGTGTGTAACTGGACTAAGATATCACTCTTATAGTCAAGACAAAAATAGATATTTTTTAAATTTTAAATACACTTGAAACATCTTTGCCCTCTTCTCCAATCAGCTTGCTTTCCATATTGATACTCATTTTGTTCACAGAGCTGGCAGCAAAATTATGCTGGTAAAAAACAAGCTACTAGTAGCCATTAAGCCAGAATCAATATACATTCAACTCAAGATAAAACATCTATTCCAGTAAATAGAATAGCTATTTAGTAAATTGATTTTTAATTGATGTAAGATGTAGCCAAATACATATGAACAAGCATGCCCTTTGTTTGGATTTTTTGGCAAAATATAACATTTTTGTAGCCAGATTTTTAAAAAAGCTATCCTCCTGATATAAGTTTAAGTATTATAATCTGTATTCCTTTAAAAAATTAGAATCATTTCTTCATATTCTATAATAATTTTCAGTATTATGGAGTCAGGTTAATATATTTTTGTATATTATGATTTGAAATGTATAATAGGCATTTTACACAAGACAGAAATACCTTGCAATGCATAACCTAAAATTGAAAATGAATAATTTTTATTTGAGTAGGAGCAATGAGCAAAACTTGAGTTTTTATTTGTGACGAAAATGGGAGTAGATAACACACAAGAATAAACATTTAATTAGAGTTGTGTTAAGTCTTTGGCTCATATTTAATTAATTTTCCGCTAAATGTTTCTCACTCTCGATGAACTGTTCCCAAATTAAGTCTATCCTGTAATTTTTGAGCTCATAAATAATACATTCATTTGAAGTATTTTATGGTCAGTCATTTTAATAAGGGACATTTAAATTAATTAAAAAGGCTAAATAATTAAATGGAGTAGAACAATTTAACAAAAATTAGCACAACTGTGAGTTTTGTTTTTAGAGCACCACTGATTCTCTCATGCATTTGGTTTTGTCTTCCAAAATGTTATGATCAATAATATTTCCTTACAAGTGAATATGCTTTTGCTGATACTGCATTTTAATTTGAAAAACAGCAATACTGTCATCCAACAGTATGATTACTTTTAAAAACACTTTGAGAGTGAGACAAGTACCTCTTGGGAATTTTTGTTTTGTTTTGTTGTTTTAGTAATCTAGGTGGATTCATTTTCAATAACTATTCATATATGTTTTCAATGTCTATACAGGAAGAACATATTTCCTATGTTCCTTGTGGTTGATGAGACATTTCATCCCAAGTATGCCTTCATTTTCTGCCAAGAATTTTTAATTATCTTAAACTATTTAGTTCACGTCTTGAGCACACAGTTGAAAAATGGCAAAAGTAATGCCATAAAATATTTTCCTCAAAATATATGAGTTGGGGAAAGTTCAGGGAATTAGTTCTGTAGTACCATTGGATTAGAAAATGAAATAACTATTTTTGCCCATTTCAAAGGACTCTCTCATGATCATTATATTTATATTTAACTATACAGTTATACATGGCATGCATATATATATGTATACATAAACTTTTATTAAAGTATTCTACAAATTAAATGTAATCCCTCATAATCATAATTTGCAGATCATGGATGCTGGTTATTAAAGGTTAAATATATCTTTTAGTTAGGTCTAAGGTTACCAAATTAAGTGAAAACAAAACAAAAATGGAACAACAGAACCAAGACACCTGGATAAATTTGAATTTTATATAAAGAATAAGTCATTTTTGTCACAACTATGTCTCATGATATTTAGGACATATTAAAATTATTCATTATTTATTTAAAGCTCAAATTTAGGCACTGGATATTTTATCTAGTCATCTGGTTTCAACACCATCTGTACACTGAGTCATTATGGATTTCTTAAAATCCCACCTGGAAACTATTTTGATTATTAGGAAAAGAATACGCCAGCCAGGCGCGATGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCAGAGGTGGGCAGATTACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGCCTCTACTAAAAGCACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGTGGGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAAGCAGGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCGTGCCACCGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCAACGTTTTCTGTGAAATTTTATAAAGACTCAATTTTTCATTTTTATTTTAAAGTAATGATTTTTGGAATGTTTCTTTCTTAAAAGATTTTAAATTCAAATTGCATTTGAAAGGCAGCAAAATTTTAGGAAGCAAAAACATGACATTTTAATAAATCAGGAAAATAGTTTGCTACATAACCAAAAGAATACTATTTTTAAAAATTTGTACTTAAAATGGATTTTTATTTAGGAATCATAGTGTCATAGTTTAATAAGAGTTTAAAATTTTGTAAGTTCCTAAGATTTGCCCAGTAGTTTTGGTAGTTTCATGTGAAATCTATTTTTGTTAACTTTATATATAACTTTGAAGTTACTTTTTAAATATAAGATGCTGGTAATAATAAAAACTTGTGATGATTTCTGAACTAACATTGGCTTATGAATGGTAATGAGATTTTTCTTGGGAAGGCTAGATTGATAAATAGAAAGAGTAAATTCTATTGAAGGCCAACTTCAGTAAACTCTATTTTTGATTAGAAAAATACATAAATCCTACCCTAAATGTATTACTTAAGACATTTTACTTATGTTATCTTTCATAAATCTTCTTAAATAAATGTAACTATTACGTTCTGGGCATATAGAGGATTATCTCTTACCAATTACTTTTTCTGCCAACAATGGAGTCACTGTAATGGGACTTTATGCACTTTTTAAAAATAGGTAAATTTGAGAGATGAATAATATAGTTAATTAAAAATCAAGCCAAGAATGATATTATAATTTTTATTTGGACTGAACGTTAATAACTACACAATAAAGTTATTTTTACCTTATCTACAAAAGAAATTTATACATGAGTAAAAAATATATTGACATCATCCAAAATAAATATATTTTAGATATGGAGAATAAAGGCATCTTCTGTGGTCTTTTTGAGATAGTCACATACTTTCTCTTTTAGTTTTGGAATATACGGCTAGATACAGAACAGGGATAGAAGATAGAATAAGTTTTAAAACAGTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGCGGGGCTGTGGAATTGAATTGAATCAAAATATCTTCCTTGTATGAATGTTTCTAGCCAATGTTAAAAGTAAAGACACTGCAGAACTTCTCAATACTTACATGTTCTATTCACTTTTAATTGATATGAATTCTAAATATTTACAGTGTTCCTGAGGTAACATTGATGTGATGTGTAGTTTTGAGTAGAAATAGTGTGAAAATGTATCCATTTTACTTTTAGATTAGCACTTACTATCGTGTTGTATTACCATAGTTCTGTCACTGTGATGAAGAAGCTGTATGATACATTGTATTTTGTCTATGTAAATAAACCTCAAAGTATAAAGATGCATCTTCTAAGGCATATTGTTAACTTCTCCCCACTGCTTTTTATTTCCAG
Seq C2 exon
GGTCCTCAAGGACCTCAGGGTCCAGTTGGATTCCCTGGACCAAAAGGCCCTCCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000060718:ENST00000370096:35
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.912 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=PU(12.5=53.3)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=FE(25.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development