HsaINT0038323 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000082293 | COL19A1
Description
collagen type XIX alpha 1 chain [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2196]
Coordinates
chr6:70068423-70102222:+
Coord C1 exon
chr6:70068423-70068476
Coord A exon
chr6:70068477-70102168
Coord C2 exon
chr6:70102169-70102222
Length
33692 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
3' ss Seq
TATTCTTCTTTGGTTTCAAGGGA
3' ss Score
6.94
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTTCCCTGGGGATACAAGGCCCCCAAGGTCCACCTGGAAAAGAGGGTCAGAGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development