MmuINT0039302 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026141 | Col19a1
Description
collagen, type XIX, alpha 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1095415]
Coordinates
chr1:24374583-24410249:-
Coord C1 exon
chr1:24410196-24410249
Coord A exon
chr1:24374637-24410195
Coord C2 exon
chr1:24374583-24374636
Length
35559 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGT
5' ss Score
9.25
3' ss Seq
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3' ss Score
8.43
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGAAGACGAGGGAAAACAGGACCCCCAGGAAATCCAGGACCTCCAGGACCACCC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026141:ENSMUST00000115244:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=PD(4.8=16.7),PF0139113=Collagen=FE(25.4=100)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=FE(25.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types