HsaINT0038712 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000188517 | COL25A1
Description
collagen, type XXV, alpha 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:18603]
Coordinates
chr4:109862522-109895549:-
Coord C1 exon
chr4:109895523-109895549
Coord A exon
chr4:109862594-109895522
Coord C2 exon
chr4:109862522-109862593
Length
32929 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
3' ss Seq
GACCTCAACTGACTGATCAGATG
3' ss Score
2.5
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAGAACAAGGTGATCAGGGACCTAGG
Seq A exon
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Vast-tools module Information
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Protein Impact
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Features
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Other Inclusion Isoforms:
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Associated events
Other assemblies
Conservation
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No conservation detected
Chicken
(galGal3)
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Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)