GgaINT1010021 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000010521 | COL25A1
Description
collagen, type XXV, alpha 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18603]
Coordinates
chr4:36999083-37010789:+
Coord C1 exon
chr4:36999083-36999109
Coord A exon
chr4:36999110-37010717
Coord C2 exon
chr4:37010718-37010789
Length
11608 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAGC
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
GACCTCACCTGCCTGATCAGATG
3' ss Score
5.22
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAGATCAAGGTGATCAGGGCCCTCGG
Seq A exon
GTAAGCATTTTAAAAAAACATGTTACACTTCCCCTTCGCTGAGTAGGCAATTAGTCCTTAGCGCAAAACTAAATTAAATACACTGTCTGAGCTAATTATGCTTATTAGCTGCATTTACCCTGCATGTTGAAGTCAGTGTCTGCAGGACAGTAATACTGAACGTGATCAGATAGAGTCTCAGAAGACCTGAGTAACAACAGTAAGTAATGCATTAAAATGTTAAACTTCCCTTATGAGTGGAAGAAGGTTTCAGTGATTTTGCTCTGCTATGAAAATGTTGGCTTTCCTAACCAAACTTTCAGTTTCCCCAGCAATGTTTTCACGGCTTGCATGGGCTCCCACAATGCAGAGGGTCAGTGGAGTTATAGTAAATGTAGTTCCTGATTTCATATTTATTATTTAGTGAATTGTAAACAAATACCTATGCATGTACTAGCTCATTTTCCTGAAATGTATGTATTTAATATTGTTAATGATAGTGATATTATCACCTCTTAAACACATCTAGACACTTTAACAGAACACTGCTTAGTTATATTTATATAAATTTTCTTTTAATTTTTAAACATCATGTTTATTTTAACAGAGAACTAAAGAAGAATACAGGGGTAAATGTTCTGATAGGTTGGCTGTGCCAGTTCATTCTTCTTTACATCTGTGCTTCATTAGAAGATGTTTGGTTATGTTGTTCTAATATACAGTGATTTCCTTCTTTAGTTGCATTTTTGTGAAGATTTACATAATAGTAATCTTTTTTTTCTGTGAAGTATGCAGAATATTTTGAAATTGTAATTTTATTTTACTCTGTTCTTTTTATTTTTTGGAGTTAGTATGATTATGTAAAGTCATAATATATTTATCTGAATTTGTTGTTGGTGTTGTCTGCGTTGTGTTACCTACAGGGTTCAATTACTATTGTCATACAATCATAGAATGGCTGGGGTTGAAAGGGACCTCAAAGATCATCTGGTTTCACCCACCCCTGCCATGTGCAGGGTCACCAACCACTAGACCAGGATGCCCAGAGCCACATCCAGCCTGGCCTTGAATGCCTCCAGCGATGGGGCATCCACAACCTCCTTGGGCAGCCTGTTCCAGTGCATCACCACCACTGTGTGTGAAAAAATTTCTCCTAATATCTAACCTAAAGCTCTCATGTCTTAGTTTAAAACTTTCCCCCTTGTTTTATCGCTATCAGCCCATGTAAACAGTCATTCTCCCTCCTGTTTGTTTATACACTCCCTTCAAATACTGGAAGGCCACAATGACGTCTCCTTGGAGCCTTCTCCAAGCTAAACAATCCCAGTTCCCTCAACCTTTCCTCACAGGAGAGGTGCTCCAGCCCTCTGATCATCTCAGTGGCCCTCCTCTGGACCTATTCCAAGAGCTCTGCATCTTTCTTGTTCTGTGTCCTGCTTAACCAAATCACACCCCTCTATTGGAGAGCAGAGGAGTCCTTTCTGGGTTACTAATGAATCAAGTGCTGATAACTACCAAAAAAACTTTCCAACCTAAGAAGTTTGGGTTTAAGGACATCATAAAGGCATAGGTCCAGAAGTGTGTGCCAATTGAGGCTGTCTGAATATAGGAGAGGAATCAAGTGAGGTCAGCTGTAGGGGAAAGAAGTGGTGAATAACACCTTGTGAGCTAGCAGCAGCTTGCTCACTGTTTTCATAGTCAGTGCATGCTGTAGTAAAGTACCTGTTTCTGAAACATGCATATAGCTTAATTTGCCCAGTCATCTTGTTCGTTTATTTGTTTGGTTGGCTGTTTTGCTTTTTTTTTTGTTTTTTGGAGTGGCTTTTTGTGTGTTCCACTAGTAGCTTCTCCTTTTTCTTCCCTCTCTGTATATTTCAGGAGTAGTAAGTACTACGATGCCTCTGACCACTTATTGTTTCATGGTACAGCAGTTATCTCTTCTGATAACTGTCTTCAGGGTGAGCCTGCTTGGGCTACTGTGCCAAGAGATTTACAGTATAATTAATGGAAATTATATGTGTCATCCAGTCATGCTCCAAATGAAACTAAATACATTTAAAACTGGTTGGCTACCTTTGCACATAGTATTTCACCACTGCCTCAGTCAGATAAATGTTTTTGGTGGTGACTCCATACCGTAGTATTTTAGAGGAGTGTTGCACCTGTAGGTGAATGTGGAATGATATCAGCATTTGGACTTGATAAGTATGCAAATGAATTGGATATAATGTCTGGATGTGATGGACATCTTAGGGCTGATCCATCTTTTAGAGATAAGGAGCTTGAAGTTTATTCGTTTTATGACATTTTTTACATATTGTTTGAATCCAGCTCTTAATGTAGTAAAGATTTCATTGTTTCAAACCATTCTGCAAAATTTTAAAATGATCCTTCAGTTTTTTTAAAAGCTGCTTTCTTTTCTCCAAGTATTTTTCATTAGCAAAAGAAACCCAAACAAAATGTGGAGACTCTCCATGTCAGAGTGGAACTGTAAGCTCTTAAAATTCTTCTGAAAGAAAAGCATTTAAGAAACAAAAAAATACTGCTTTTTATCCTTAAGAATACCACTACGAGTTTTGAGCAGTGGTCGTTAGGTATGAAAGATCCTTCCTTTTGAAATATTCTCAAAAGTGCAAAACCAGTCATCATGTGTTCCAAAACTTCTTTCTTGTGATCCCTGGAAACACTAACTGTATGCTGAACTTTTTTGAAATTCAAATGTTCTTGAAAATATTTTCCATATATTAAAAAAAATAGTAGAAAATTGACCCTCCAAATACTGCACAGAAGTCAGAAATGTATATTCTTAGAACAAAAGAGCTTTTTTTTTTTTTTTTCTCTTGGGGAGGAGAGGGTGGGCTTTTTCAGAAGAAGAATCTGAAAGGTTTTCTTAGGTATTCGGACTGCTGACCAGTCTTTATCTTACAGAAATGGTGGAAGGGCTGTGGTTCCTAATAGCAGATGGCGTAATCCACTTATGTCCATATGTAAGCAAAACCAGCATTCCAGTAGTGTGGATGATGTAGAAGTTCATGCTCTGACTGTGAATTTGAACATCAGGCTTCGATCTCATGAGACCACAGATAAGGTAGTGGTGGGTACATTCAAAAGTCATGATCTTTGAAGAACTTTAAAAAAAGAAAAGAAAAAAGGTTAAATATTTGTATATCAGATCTCTACTTGTTACCTTAATATTCTGGCAGACTAAACATTTAGGTCAAATGAAAAACCAGCAGTCTTTTTCTATGCTTTTCTTTTTGCAGAGGACATGGCCCAGTGATACGTCATGCAGATTTGCATTACCGTACCGGGCCACAGCAAAATTAAAAAGGGTGATTTTTAGGTTTTGGGCTGTTAGAATAAATGCTGATGTCAATCAGCAACCTCTTGGTTCCAGTTGATGAGCTCTACACCAGTTTAAAAAAGCCTTTGAAGATTTCATATGGTGTGTACACAGAAGAGATTGTACCCTGATTAATGGAAGCAGACCAGAGATGAATGTCTGGGAGTGGATTGGCTAGTACTGTTTGTCTTGATCAGCCTATTGTTGTCCTTCTCTAATTGATGTAACAAGTATCTTCTGTCCCTTAGATGCACTACTGATTCCTTCTTTATCAGGTCTAGAAATCAGTGGCTAGCAGTTGCTTTAAATTGGTTGTAGTACAGTAAGAAGTCACACTAAAAGATTGTCATGAAATCATTCTCTCCTTTTGTTCTATTTAAGTAAACTTTCCCAGCTGCTGGCTTTGCACAGAATTGATAAAATCTCTCAAACTTCTGCAACAGAAGAGATTAAGTTGAGGGGGAAAAAAAAAAGTATTCAGAAGTTTATTTTACTGTGATAACCTTTATTGTCTTGAGGGTTAAACAGGTTCTTTATATACTGTTAAAGCAGATAGGCTCAGATAGTGATATAATGCGCTTTTCTATTTAACCCTTTTGATCCCTCTTGTTTAATATATTAACTCTTTACTTACTGCCTGCTGAAGAGAAATCACTGCTTTGCAATAGAAATTTTGCAGGTTCTACTCTTATGTGCTGGAAAACTATTTAAAATTTGTCTACCATTGACAACATGGGCCTGGAGGCAGTCTATTTACTGAAATATATACGTACATATTTGGATTTATAAAAGAGCTGCTCCAAAAGTAACACCTCTTATTTTGGTGGCCCATGATGTCAGAGGGTGGGTGGTGCATTTCAGCAGTGGTGATAGTGATGTGAAAGATAAGCCATGTTCTAGATGGCTGTGAGCAGCTGTCATACCACAAAATGAAGAGCATCTCAATTAGCTCATCTGCACTAATAGGCTGATGGTGGTGTCTATGTTGAAGAATAGTTTTTTGTTGGTGGGAATTTGCTCTATCAAACAGTCTTATTGTGCGCTTTGTATCTGTCATAGTTTCCATGGAAATAATTAGAAGACAGTGCTTTCAGAGCAACCCGTGGTGATATAAGTGTAGGCTATAAATATAAACTTAAGTATTGCTTCACTTCTTACATTATAGATACTGCGTTTATAAACTGTCTCATTTTAAAGGGAAATTGAAGATATCTAAGGAATGCGTTCTGACCTGTCATTTTTCAAAGGAAAATAAATAAAGCCTCTATTTAATGTGTGTATATTATCCTTAATATGTCTCTAAGGAATATATTAAAAAAAACTACTTTGAGCCTTTTCCTGCTCCTTCAGACAACAAATGGAAAATCTGTATTGTCATCATTAGAATTAGTATTTCATTCATAAATCAAAAAGTACTAATTGCTCACTGATGAATAACCCACGATCAATAACTCTTTGCCTTCTTCTAAAACTTAGTCTTATTTTTTCATTTGAGGATTAGCACTTTTTTTTTAAGAAAGGAACAGGTTTACTTCATAAAATAGGTAGTAGTTATGTAAATTAATCTGATTCCTTGCCCTTACCAAAGGCAAGACTCCAGTTTTTGAGGTACTACTAATTGTAGCAAATGCACATAAATCAGCAATGTGACAAGCAGTTTTGTTCCCAAACAGAGACA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Seq C2 exon
ATGGTGTTTCCTAAAATCAATCATGGGTTTCTCTCTGCTGATCAGCAGCTCATTAAACGCCGCCTCATTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000010521:ENSGALT00000017084:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]