DreINT0147679 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000095339 | si:dkeyp-44a8.4
Description
si:dkeyp-44a8.4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070705-543]
Coordinates
chr14:6376993-6383607:-
Coord C1 exon
chr14:6383581-6383607
Coord A exon
chr14:6377065-6383580
Coord C2 exon
chr14:6376993-6377064
Length
6516 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTCAGT
5' ss Score
5.85
3' ss Seq
CTGGGTCTTTTTCTGCACAGATG
3' ss Score
8.75
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGACCAAGGAGACACCGGACCAAGG
Seq A exon
GTCAGTACTTGATTTCTTCTGTCATTTATACTACAGATGTTTACAGTCATGATCCATGATAAATTAGGATTGAACTGTGTGGGACAGAGGGCTGAAATCTGAAATATATACAATATTCTCTCTCTTTCTCATGTTCTCTTTAACCTCCTTGTGATTTTTGTCACATAAATCCAAATAGTACAACTGTATAATATGCCATAATATGGAATATGGAATATTTTGACATTATTAGCATAATTATGCCTATAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGGTGTACATCCAATTTCAAATAATTGTGTCTGCATTAATTTTGGCTTTGAATATGATTTAAAATAAGTGTTTAGACCATATATATTACCATTATTTATATTAGTAAATACTATGGTGTTTTTTTTTTAACTATACTATAGTGAATAACTGAAATCAATATGTTGTGCTAATTCTATAGTTCCTATAGTAATACAAAAATTATAGTTACATAAATAAATGACTCAATACTGTAGTTGTCTGAAAACTTAGGGTAAAATATACCACAATACACCACAGTTTACTGTAGTAAAAGGTAAAGTATGCTACAGTATTTGTTACAGTATTAATTTACTTAGTACTCTACAATATGTAGTAGCCTACTACTGCTTATACAGTAATATTATATATGCAGTATGATACACTTTAATATATAATATGGGTCAAAAACACTATAGTATTTGCTATAAATGACTAAAGTTTTTTTTAATGTGTGTGCTGAACATGCATGTACACTGACCGGCCACTTTATTAGGTACACCTGTCCAACTGCTTGCTAACACAAATTTCTAAACAGCCGATCACATGGCAGCAGCCTAATGCATTTAGGCTTGTAGGCGATCTGCTGCAGTTCAAACTGAGCATCAGAATAGGGAAGGAAGGTGATTAAGGTGACTTTAAAAATGGCATGGATGTTTGTGCCAGACGATCGAGCTGATAGAAAGCCAGCAGTAACTCAAATAAGCGTTCGTTACAACTGAGGTATGCAGAAGAGCATCTATGAATGCACAACACATCCAACCTTGAGGCGGATGGGCTACAGCAGCCGAAGACCACATCAGGTGCCACTCCTGTCAGCTAAGAACAGGGAACTGAAGCTACAATTCACACAGGCTAACTAAAATTGGACAATAAAAGATTGGAAAAAAGTTGCCAGGTCTGATGAGTCTCGATTTCTGCTGCGACATTTGGATGGTAGGGTCAGAATTTGGCGTCCACAACATGAAAGCATGGATCCATTCTATGCTTGGATCCATGTAATGATGTTGGGGGTATTTTCTTGGCTTATTTTGGGCTAATTAGTACCAATTGAGCATCATGTCAACGGCACAGCCTACCTGAGTATTGTTGCTGACCATGTCTATCCTTTTCTGAACACAGTGTACCCATCTTCTGATGGTTACTTCCAGCAGGATAACACATCATGTCATAAAGCACAAATCATCTCTGGTTTCTTGAACATGACAATGAGTTCACTGTACTCAAATGGCCTCCACAGTCCCCAGAACTCAACCCAATAGAGCACCTTTTGGATGTGGTGGAATGGGAGATTCACATCATCAAAGTGCAGCTGACAAATCTGCAGCAACTGCATGATGCTGTCATGTCAATATGGACCAAACTCTCTAAGGAATATTTCCAGTACCTTCTTGGATCTATATCACGAAGAATTAAGGCAGTTCTGCAGGCAAAAGGGTGTCCAACCTGGTACTAATAAGGTGTACCTAATAAAGTGGCCAGTGAGTGTATGTACTGCATATGCAAATTTTGCCCAGTAGTTTAGTGCCTTAAAGCTTGGAATGTTTTATAATGACCCTGGAATTGACTTTACATATAAATTAATTAAATGATGATGAAATACTTATTTGACAATTTGAAGACGCTTTCTTGTTTAGTTTATAAAATAGATACTCATTATATAAATAACTACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCAGAATTTTTAGACCACTTGTTTATTTTTTCCCCAATTTCTGTTTAACGGAGAGCAAATTTTTTCAACACATTTCTAAACATAATAGTTTTAATAACTCATTTCTAATAACCATGATGACTGTAAATAATATTTTACTAGATATTTATAAAGACACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGCAGGTTAGAATAATTAGGCAAGTTATTGTATAATGATGGTTTGTTCTGTGGATTATCGAGAAAAAATATAGCTTAAAGGGGCTAATAATTTTGTCCCTAAAATTGTGCTTAAAAAATTAAAAACTGCTTTTATTCTTGCCAAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAGAAAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAATTTCCTTGCTCTGTTAAACATCATTTGGAAAATATTTAAAAAAGAAGAAATAAAATTGAAGGGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATATGATAATTAATGCGGACACATTCCACAAGTTCACATGGACTTCTTGACTTCTTCTGATCCAAATTATTATTTTTCGAATGACTAAAACAGTGCTCTGATACATGCTTCTATACAGTAGTTTCTACAGAAGATAAAACAATGGAGTTTATTGATAATTCAATCCACCAAAGAGTGTCTATTGTCTATTTATGTGTGTGAGACAGCGTGATCCACAGCACAAACACAATAAAAGATAAAAAGTACCCAGACGTAAGCAAAATCTGAACAAACCACCCTGCGGGGAAGCCCTCAAAAGAGAAAAACACAGGGTAAATAATGTCTTTATTCTCTTCTAAAAATGCCACAAGTCTTATTTTAGGCTTGGGGTTTAGTCTGCAGCAAATATAATCAGTGTAATTTATATAGCATCAGAAGAATAGAGGTGAATGGAGAGCTGAGCGTGTGGAGTGCTGAGTAAAGCAGCAGTGTGGGAAACCTCAAGCCTCCCTCAGGCCTCCACATCCCTGCTAACTCAACCCTCATGCTAACGCTGGCATCAACACTGTGCCACTCGCTCACTTTCTCCCACTTCTCTCTTTCTCTTTAGTTCTCAAAGTTGTCAGTTGTGCTCATAGTTAGCATACCCTGGGAGAAATTGTGATTTGTATGTACACAAATAATGCAATTACTTCTAATAATCAGAGTTAAGACTTAAAAGAAAACTCCACTTTTTATGGGGGGGAAATAGGCTCATCTTAAAACTCACCTATCAGTTGAGTTTTACCATTTTTGAGTCTGGCAGGAGCATTCCTAGCTTAGCATAAATAATTGAATCGGATTAGACATCTCACTCAAAAAAACTCTAAAAATTGCTTTGATAATATTCGTATTTAAAGCTTGACTCTTCTGTAATTACAATGTGTACTAAGACTGACAATAAATGAAAAGCTATTTTTAACACAAGGCTCATTGGGGATTTGTGCTTAGGGCTACATATTTGGCAAACTTCCAATTTGTGCCCTGGCATGCACATAGCTGCATTTTATGTGTAAAACGAAAGCTACGTTGTGGTATGCCGCCAACAACTTCTATTCCGTTCCACATTATACCACTGACCGATTACCTCCGGATGGACAGCTTTTCCAGTTTGGTCAGTTTGCTCTGTAGCTCACCTTGTATGACATTGGACTTGGGGCATGCAGCGGACTAGGGTTTGACTTTGGTAAAGGACAATTCCAGAAACCAGGTAAAAAACACTATTGGTATAGTATTTAGTATTAATAGTACAATAGTATTTGAATAGTACAATAGTATTTGAAAACAATATTGGTTGGGTTTAGGAAAGAGGGTGGGTGAGTCAGTCAATAGAAAGCTAATATATGATGCATGACAAGCTGTTCAGCTTCTCGCAGACAGCTGAGAAATGTGTATAAATGGCAAGTATGATTAGCGAACGTGACCCAGTAATGTATGGGACTTTGTCAAAAATGTAAATGGCAAATTCTAGTGGATTTTTGAAAATAAAAACCACAAGCTGATGTAGCCCTGAACACTTATTTCACAGTTTCCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTCTTAGCACATATCTCTATGTGATATGCACAATAAGCTGACTGATTACCTTCATATGGACAGCTTTTCCAGTGCGGTCAATTAGCTCGGTAGCTTACCTTGTATGAAATTGGATTTGGGACATGCAGTGGACTAGGGTTAGAGTCTAGTAAAGGACAGTTCTAGAAACCAGGTAAAACAAAAACAAACAAAAAAGCAAACCACTGTAAAAGCATACAGCCAAATATGTGACCCAGTAATTTAATTAAGATTGTCAAAAATGTAAACGTCCGCCTCTAGTGGATTTGAGAAAATAAAAACTACAAGCAGACATAGCCTGTATTTCACAGTTGCCAAAAATATAACTCTGAGCACATATCTCTATGTGCTATATGTGTTATACATGGACAATTACCTCCGTATGGATAGCTTTTAGTGTGGTCAGTTTGCTCTGTAGCTTACCTTGTATGACATTGGACTTGGAACATGCTATGGACAGCTTTCAGTGTGGTCAGTTTGCTCTTTAGCTTACCTTGTATGACATTGGACTTGGAACATGCAGTGGACTAGGGTTCGAGTCTGGTAAAAGACAGTTCCATAAATCAGGTAAAATGAAAAGCAAACCACTGTAAAAGCATACAGCTGGATATGTGGCCCAGTAATGTAATAAAGATTGTTAAAAATTCTAACGTCGACCTCTAGTGGGTTTGTAAAAACAAAAACTACAAGCAAATGTAGCCTTGGACATATTTTTCATAGTTCCCAAAAATATAGCCCTGGGCACGTAGCTCTATGTGATATATGCATCTGCTGACCCCAGTGCCGTCAATTTGCTCGGTAGCTCACCTTGTTTGACATTGGACTTGGTACAGTGGGCTAGGGTTTGAGTCTTGTAATGGACAGTTCCAGAAACCAGATAAAACAAACAAACAAACAAACAAAAA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Seq C2 exon
ATGGTCTTTCCTCGCTACGATCATGGCTACATCTCGGCCGATCAGCCCAGTTTCCAGAGGCGTATGCTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000095339:ENSDART00000166979:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.970
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=FE(16.0=100)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=PD(0.1=0.0),PF0139113=Collagen=PU(1.8=4.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]