Special

MmuINT0039666 @ mm9

Intron Retention

Gene
Description
collagen, type XXV, alpha 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1924268]
Coordinates
chr3:130142231-130178582:+
Coord C1 exon
chr3:130142231-130142257
Coord A exon
chr3:130142258-130178510
Coord C2 exon
chr3:130178511-130178582
Length
36253 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAGC
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
GACCTCACCTGACTGATCAGATG
3' ss Score
3.78
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAGAACAAGGTGATCAGGGACCTCGG
Seq A exon
GTAAGCCATATACTTCTTGTCCTGGGTGGGAAATGAATTTCCAGATCAAAATCTACTGAGTACCACTACCATCTGTGCTGCATGACTCAGTAACAGCTGACAAAACTGACAAACCACCCATAAGCAAAAATATAGCTTCCTAGTGAATATGTGTACCTTGTGTAGTAATCATACCTTGATGATTACAAATAGGATATTCTACAATTAATGTACCTACTGAAGCTGTACAACAGCCATATTCCCAGTGACCACTAGGGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTAGATGCACACATACTGTTTTGCAACATAAAGGCCATGTGGTGTTCTCTGGAATTTGGCATTTCCCTCTGATGAAACTTCACGTGTTATTGCATAAATATGTTCTAGCATAGATAAAATATTAATGCATCTTACATATTTATCCTTCCTCGGACGTCTGAATAACACTTGTTTGGATTTCTTGTTTTTCCAGATTTGCAAGGCAGATAAAAGGTGTAACACTTTGAGCACGGTGGGAGGAGGGCTGTTTCTTCTCTGCTCATATGTGGCCCCTTTGACCATCATATCCAATGGTGAATGCTTTGTTGTTGCCTTGGTAGTGCCAAGTCCTCTGCTTCGCATCTGTGCCTCATTACTCAAATGTTCAGACATACTGTTCCAATGATGTAGTGGCTCTGTTCAGACATACCTCTCAATTTTCTCATGTCACTACGCACAAAAGCGAGTATTTGGTTGAAGAGAGTTTTTTGGTTTTTTTGTTTTTTTTTAACAGTGGAAACACACATTTAAAATGTTCAGGTTGAAAGGAGAAACTATGGAGGTCTGTCTGTAAAATAGACTGCAGTTGGTTAATTATTTAATTTATGAATACTGTGGACAGATTTTTATTTCAAACTGTAGAGTTGATGCAGATGGGAAAGGTTCGTTCATGCTTTCGTTGCACCTCATGCTCTTTAGAGCCCGCTAAAGGCTATATTCCGATTTGCTTTCCTTCCTACTCTTCAGCTCCTTCCTGTTGAAATAATGGTGTCTCAGAGTAGGCAGGCTTCTCTTGACAGCCATCCTAGTTGATGACTGCCTCCAAGCTAAAAGCTCATCACTGGTGCAGGAGATTGAGCATCGTGATAGCTACTGTCATGGGTGGGAATGGAATGGAACGTGGAGCCTTTAATGACGGGCTGAGAACCCCTTGATCCGTGGGTGGTGGTGACATTTCACATGGCGTGTCTCCTGCATGGAGTATCATGTCTTTCTACACCCAGTCTCACAATTCCTCAGCCTGGCCCCTCCAGGTAAGCTGGAGAGTCCCCGTTCTTTTCTGAGGAGTATTCTTTTGGCAGCGGAAGTGCAGGGGCGGTTCCCAGCCTAGCCTGTCATCAGCCAGTCCTCAGTGTTTTTTCCCAGAAAGGTGTGTTGGCTTTCATCGTTACTAACGGTTACTAACGGTGATGATTGATTAGAAAGCTAGGCCAAATTTCCAAGGTGAAACCTGACACCATCTGAAATCCACGTGGTTTCACGTTGCATTACAAACTAAGACTTGGACCAGGAGCCGAGAAAGTTTGGCCAAAGTTCACGAACTACTTTGACAAACCCAGACAGCCTTTCATGCAGATTTCAGCCAGTTTTCACACCGACTGGGGCCAAGTTTCACACAATTCGGGGGCCAGTTAGCGTTTTTCGGGGTGGAAAGTGGTAAGAGCTGGTCTTGCTTTCTCTTGAATATTTCTTTCTATTGCATGAGTTTAGGTGGAATTCCTCAAGGTGGGGTGGGGGTGGAGTGAGTGTGCAGGGGCAGCACGTGAGGTGTCCTGGAAGTCGCATGCAAAGACAATGGGAACCCTTGCTTAGCTCATCTACTCTCAGAGACCTACCTTAAAATCAAACCAGTCATTTATATTGATAGTTCTAGGATTATGTAATCATTCCTTCCTAGTCAGATAGTATTAGCTCACTGATCAAGATGTTTATCATATAAAAAGGAGCAAAGGAAGAGCCCATAGTTTCTGAGAAGAGTAAGTCAAAACTGGAGAAGTATTCAATTGTAATGAAAATTAATTGTCATGTCTTCTATGTAGGCATAGTATTCCAGCCAATATTTATTGAAGACTTATTTTTATTTACTTAACTACTTACCTAGTATTAGCTAAAATAAGCATTTTACACTATGTTGGCTCAAACTTATGGTGATTATTGTTTTCTTTAAATAATATAGTTCTCTGTATTCAGTCCATAGTGCTCTGTCCATTCTATGTTGTCACAGACTGAAAATGCTGTATTGTTCCATTTGTTTTAAATTCCCCAGTGCTTGCATCCTTTATTGGTTGCCTATACATTACAGCATCAGCAGTGTTTCCTCGGGGTGCCATCCTCTGCTACCCCTGCTTTGTTTCTCCAAAGATAAAGCAGACGAGCCAAAGCGGGAAGAAATGCCAACTAGAAATGGAAACTAGAAGGCAAAGCTGGTTCTGAGGTCTTGAACACACATCAAGGCACACACACCAGGCATTGTCATGTTCAAAGCATTATGCTTAAAGTGATGGAGACTGTAAATGGCTCCACCCCTTTCTCTTAAGCTACTCTTATCTCGTGTTGCCTTCCAATTCATCTTGTCTTCACTCTTGACCTTGATCCATTTTCTGCCACACAGCAAGAGATATCATTTTCCTTTGTAAATTAAAGCATGCTGCTCTTGGTCTAGGACTTTACAGTGAGGTGCACAACTGTTGTGCTCGGCCCCCTTGGACCGTCACGTTGACCTTTGCCTCCTCGCCTCTCACAGTTCTCCTCCATCCACCACCTTCTTGCCACAGCTTCCCCAGTGTTCCCAGGCTTCCACACCTCCTCCGTGCACAGCTCGATGGCATTTCTAATTGTCCCTTCTTCTCTGAGTTTCCTGTCCAGAGCTCTCCGCTAACTGAGACCTCACCTCAGATATCACCACCCAAGGAAAGCTTACCTCACTGCCCAGTCAGAGGTTGAGGTGATCCTGGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTCACTTACTTGCTCAATGTCTATAAAGTTTGTCCTTTATCCCATGGAATATAAGAAGCAGGCCTTGATGCTCATACAAGAGTAAGGACTTGATAAGTTTTGCTGGTTGTCATGCAGTCCTATCACTGCCCTGCTTCCCTCAAGAAGCACGTACTCTCAGCGGTCTCACTAAGAGCGCTGTGTTACTGGGCAGCCGTGGCTATATAGCAAGTTCAAGATCAGCCTAGGACACATGAGACACTGCCCCCAAACAAACACAAGACACTTTGGTGAGGTAATTTGATCTCTGGCTTAGTAAGTGACCTCTCTTTTGAAAACACACTAAACGCAAAATATTACACCTCTCAGGGAGTTAAATGCTATAAAAGTTATACACAAAGAAAATGAAAGGATTTATTTCAAGAACAGCAACATTTCATTTGCTAAGAGGATGCTAAAGATTGCGAAGTATCAGACCGATTTCTTTGACTGAAGCTCCGTTATGGGGCATGATGAATGTCTAGCATGCTTGGCAGTGGGAAGCCACTGAGGAGTTCTGAGTCCCTCAGTTGATGTGTGTCATTCCTGGAGTGTTGAGTGATAATCCCAAATGTCCTTCATAAGCATCTATGGCCAGTAGTGTCCTTCCACGGGATGGAATCGAAAGAAGCTGACAATTGAGCGAGCAAACAGACAGGAAAATTCTGTCAGTCATCTCAGACCATGAGAATTTCAGTGGCAAAGATGTGTGTTCTTGATGGAGAGGTCAGCATAGAAACAAACCACACACACACACACACATACACACCACATATACACACACCACACACATACACCATACACACATCACACACATGCAAACACAGCACAATCATACAACAAACTGTACATACCATACACACACACACACACACAAACATACCACAGTCATACACACACACATGCAAACACACTATAACACACAACACACACAACACACATACAAACACAGAACACCACACACCACACACACCACACACACACACACACACACACACACACACACACACATACCACAACACCAGAGGCATACACATTGCTAAGTAAGTTAAGTATAGGCTTTTATGTTCCAAAAGCAGCAGTCTAGGATTAAATTAAAAGACAGGATTATAAAAGTTCAACACAGGAATTGGAGCTGATTGAATATAGAAGCTGGAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGGAAGGAAGGAAGGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAAAGGGAAAGGGAAAGAAGGAAGAAAAAAGAAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAGGAAAGAAAGAGAAGAGAAAAAAGGCTGAACTTTCTGATTTGAGACTTAGTTCATTTAAGTGCAGGTTAGATTTTTACCTCTGTTGGATTTATGATCTCAGTGAGAAAATCCACTGGAATAGTATAACAAAGAGAACATTACACCAGACTCGTGAGGTCAGGCCCCAGCTGGAGATGACAGCCTGACCCCTGAGCCATCCAGGTAGGAAGTAAGGTCATTCATTCAGGAAATTGGCAAAAAACTAAAGGGAAGCCATCTCTCAGGTCGAGCCTTTAGAAGCAGCCATACTGAAGGGATGGGATGAGAGGAAGTGCCAGAACATTCAAAGGGGGAGCCAGGGCAGTGCAGTGCGTGGACACCCACCAAGGGTGGTCTATATTAAAACAGCAAAGGAGGGAAGGCTAACACTGTATTGTTAATGAAAAAAAACCACAAGGAGCGGCTGTCAAAAGCTTCCAGAGTCGCTGTTTTGAATTCACGGACATGAAGGGAATGCTTTGTGTTAAGCAGTAGAAATGGAAGGCAGATTTCAAGACATTACAGTAGAAATGGGAGGAAAATGGGCTGGGGCTGGATCCTGTTGATGGCGTGTGATTTCAAGGTGGGCTACTTGGCACTGGGTTTATCTCAGT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Seq C2 exon
ATGGTGTTTCCTAAAATCAATCACGGCTTTCTCTCTGCTGATCAGCAGCTCATTAAACGCCGGCTGATTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000058897-Col25a1:NM_029838:7
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=1.000 A=NA C2=0.975
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0139113=Collagen=PD(0.1=0.0),PF0139113=Collagen=PU(1.0=4.2)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=FE(34.7=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types