HsaINT0039150 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000188153 | COL4A5
Description
collagen, type IV, alpha 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:2207]
Coordinates
chrX:107849972-107858254:+
Coord C1 exon
chrX:107849972-107850122
Coord A exon
chrX:107850123-107858140
Coord C2 exon
chrX:107858141-107858254
Length
8018 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGG
5' ss Score
9.26
3' ss Seq
ACTGTATTTATTTCTTAAAGGTG
3' ss Score
7.87
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGAACCAGGATTTGCATTACCTGGGCCACCTGGGCCACCAGGACTTCCAGGTTTCAAAGGAGCACTTGGTCCAAAAGGTGATCGTGGTTTCCCAGGACCTCCGGGTCCTCCAGGACGCACTGGCTTAGATGGGCTCCCTGGACCAAAAG
Seq A exon
GTATGGAGGCTGTCACTGCATCTCAACTTGCTTTTAACTTTTATAGAAATTGACACCTTTGGGAAAGTTTATGGGTGATAAGCCCAATTAACTGGAAACCCTATGCTGCCATTCTGTTACTGCTACACATTTTTTTCAATCCTTCATTGATTATTTTTGTCTTTTATTTCATTGAATAGATAATAAAATCATGGCCCGGCACGGTGGCTCACTCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCGGATCACCTGAGGTCTGGAATTCAAGACCATCCTGGCCAACATGGCGAAACCCCGTCTCTACCAAAAATAGAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCACATGTTTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACTTGGGAGGTGAAGGTTGCAGTAAGCCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTTTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAACAATCATATATGTTATAAAAGTAACACTGAGAAGTCTTCCTTCCAACCCATCTTCATCCACTTTGTTCCTCTCCATCCTCCTGCTTAACTATTTTTTATTCTCCTTTCTTCCCCCCACCCTCCCCCCATACCCCAAGACAGAGTCTTGCTCTGTCTCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCAGGTTCAAGCAACTCTCCTGCCTCAGCCTCCTCAGTAGCTAGGATTACAGATGCATGCCACCAGGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTAACTTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCTCAAAGTGTTGGGATCCTTCTGGTGTTTCTTATATAAATACCAGCCAAGAATTTGTTTTATTTTCTCTGTTCTTAAAGGAGAAGGTATTTTCTTTTGACTTTATTTGCACTTTATTTTTTTACTGAAATTTGTATCCTGAAGATCACTCCATATCAGTAGATGGAGATCTTAACTTTTTGAAAATAGGTGCCTAGTGTTAAATTGCGTGGATATACCATAGTTCATCCCAGTTGCTAGTTGCTAGATTGGATTTTTGCCAATCATTTATTACAAATAATGCCATAGTGAATAATCTTTCATGCATATTATTTCAGATGTGTTCAGGTATAATAGTAAAATAAAGTGATGAAAAAGGATTTTCTGAATTAAAGGGTAAATGCATCTCTGGATATTGTCAGATTCCTCTCAATTTGCACCATTTACACTCCACCCACAATGTATGAGTGTGTTTCCCCACAGCCTTGATAAGTGAGTATGCTGACAAACTCTTGGATTTTTGCTAACCTGATGAAGTAAGTAGGTTTCTAAGTATATTTTTAAACATTTTATTGTTAAAAAATTTTAAGTACTGTGAAAAATAATAGTACAGTTAACAGCTGTATATCTACCACCCAGATTCTACAATGAACCTTTTATCTCCCTGCCAACGTTTTGTTTTTTAAAATTTTAAATATAACAAAGTAGACAGAACTTTATTGGGACTACTATATACCCATCACTGATATTTTACTGTCAACATTTTACTATATGTTGACAAATACTATATACTATTTGTCACATATCTATCCATCCCTGTCTCCATCCATTCATCTATTTTTGATGCATATCAAAATAAATTACAACAACAATATACTTCTCTCTAAATACTTCAGCATGCATACCATAACTAAAATTCCATAGCTGTATATTACTTTTCTTCTGATATGTAATTCACATTAAATGAGATACATAAATCTTAAGGGTACATTTACTGGATTTTGACAAATGCATACACTTGTATAACACAAAATCTTTATCAAGATATTGTTTTAGAAATTTTCCTTATGCCCCTTTCCAGTCAGTCCCTATCCCATCATCCACAGTGGCAACTATACTGTTGATTTTTTCATCATAAGTTATTTCGCCTGTTAACTCCTTATAAATGGAACTCCTTATAAATGGAAACATACGGTATGTACTTTCTTTCTGAGGCTTCTTTCACTCAACATAATGTTTTGGAGATCCATCCATGTTGTTGTGTTTATCAATAGTTCTTTTCTTTCAGTGAAATCATTGAGTATTTTATTATGTGACTGTATCATGGATACCTGGGTTGTGTCAAGTTTTTGGCTACTATGAGTGAAGCTGTTAAAGACATTTTTTACAATTCTTTTTTATGGATATGTGATTTCATTTTGCTTCAGTAAACAACTAAGAGCAGATTTGTTGGATCATAAGTGGATGCTTAGTTGTACTAGAAACTACTAGACCTTTTTCCAAAATGGTGATACCATTTTAAATTTACACCAAAGTGGTTCAGAAATTTGCATTGTTCCACATTTTCTCAAAGTTTGGAATGTTGGTAGGTGTGTGGTAGCATCATATTGTGATTTTAATTTACGTTTCCCTGATGACTAATGATGTTGAGTTCTTTTTTATGTACTTGTGAGCTACTTACATATTCAAATATTTTGTCTATTTTGAAAGATGGTTTGTTTCTCACTTTATTATTAAGTTGGAAGTGTTATTTCTATGTCCTGCATACTGGCCCTTTCCTAGATATATGTTTATTAGCATTTTAGCCCTGGCTGGCTGACCTGTTCATTTCCTTACTGTATTTTGATGGATAAAAGTTTTAATTTTATTGAAGTTTCATTTATCAATTTTTTCTTATATGATTATAATTTTCTGTGTCTTGTCTAAGAAACATTTGCCTGCCCCAAAGTTGCCAAGGTATTCTATGTTTTATTTTATAAGCTTTATAGTTTTAGTTTCTATGTTTAAAACTATTACACATGTCAAATAATTTTTGTTCAGCATCATTTGTTTAAAATAATCCCCTCTCTATTGGATTACTTTGGGATCTGTGTCAGATCAAATAATAATATATGTGTTGATCTACTTCTGTGCTGTCAATCCTGTTTTATTTATTTATTTTGCTGTCATTAAGCCAGTACCACACTGTTTATATTACTGTAGCTTTATAGTAAGACTCGAAGTCAGGTAATGTAACCCACCAACTTTATTCTTAAAAAAAAAAAAAACACATTTCTTTGGCTATATTAGGTCCTTTGCCTTTACTCTCAGAGTGGTTTAAATTGTATGTCTCTTACTGTGAGTGAGATTGGCCATCCTTTTATGTGTTAAGGGCCATATTTTTTTTTCTTGTTAACTGCCAATATCCTTTACCCACTTCTCTGTTGTTTCTTCTACTCCCTTGATTTTGAGTTATCTAATAATGAGAAGGAATAGAATTAGTAAAGCTGACTTGCATTTTTTTTCCTTTGATTTGGAAGGAACCCGACTTCCCTCGTCAATGTTTTGGCTCCTAGTGAGTAATCTGAACAGGGCCATGCTTCTGGAACATGTTGGATTGATTTCTATTAAAGCAGTAAGACAGCCCAATCCAATTTTAACCAGGCTAGATTGTATTCTGCCAGCAAAAGCCCCAGACTAGCTCAATACAAACTCTTCTTAGATAAGCTCTTAAAAAAATACCTTTCTGTTTTTGACTAAACAATTCAGGCCAGCTGTAAACTGTAACACTCAAAGTTACAAGTTGTGTTTCCCACCAGTTATCTCCCCTAGCTGTAGACCTGTAGCAACAAAAATTGCAGATAAAGATATTTGAAATATGTGGCAAACAGTCTTCCTGTGGAAGTTACCCACTTACTGTATTTTGTTTGTATATATTCTTGAGACACAGTGGTAGTGAAGAAATGCATTGAAGGCTATTTAAACATGAATTTAACAGGTATTTGCCTAATCTTTGGAAGGAAATTAGGATATGGCATTCCCATATCCTCACAGGAGTAATTCTCAATTATTAAAAGCCGAGTACAGTTCTTTAGGTGCTAGAAAAATAAGTGTTTGGGATATTCTGCCATGTAACTCCTTCATTCTTCAAACATTTATTATGTTCTATGCCAGCTAGTACCTGAATCAGTAGAAGCTCAAATGCATAGTTTCTGATCTTGAAGATCTCAAGGATTGCTCTCTACTGTGAGAAAATCTAGGTAGCATCACCATGAAAGTGATTATCTCAATGGGAACTTCTATGAAAATGTATCACTAATATTTTGGATCAGTAGACTACACTCAAAACTCAGCAAGCAGATCACAATAAAAGTTCACCTACCAAACACACACAACACACCAATGAATGGGTATTAGAACTCAGTTACTAAACTGTAGGAAAGGTTGATGCAACACTTTCAAAACAATGTAGTGACCAATAATAAATTAATAAGGCTAATACTCATCATGATATATCTATATGAGGAAGAAAATGTGCTTAAGGTTGAACGTTAGAATCAGATTATACAAAAGAGAAAAAAAGATGATTTTGGAAGCATTCAGTTTACCTCATATATTACTTTTGTTCAGGGCCTTATCTAAGGTACCTGGAGAGGTTTTATATAGATGGTGACAGTTGAATTTAGACTTAAGGGAAAGGTGTTCCGGGCAGCAAGAATAACATCCAAAGGTATTATTGTGACAAATATTGTGTGCTTGGAAATGTTGAAAGAAATACAAAAGTATATAATTTATGCTAACAACAAATCTATATCAAACAAATATGACAAACAACTGCATGCCCATACATTTGACAACTTAGATTAAATGGACTAATTTCTTGAAAGACATAAATTGTTGAAGCTCACTAAAGAAGAAATAGGCAATCCAGGAATCTATTTTTTTAAAAATTGAGTTGTAGTTAGAAACCCACCAACAAAGAAAACTACAAATCCAGATGGCATCACTGGTAAATTCTAACAAACATTTAAAGAAGCAGTAACACCAATTCTACACAATCTCTTCCCAAAAACAGAAGTAGAGGGATCACTTTCCAACCATTACATGAGGCCAGCATTATTTTGATATCAAAGCCAAGCAAAGACATATGAGAAAAGAAAGCTGTAGACCAATATCTCTCATGAACATAGACATAAA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Seq C2 exon
GTGATGTTGGACCAAATGGACAACCTGGACCAATGGGACCTCCTGGGCTGCCAGGAATAGGTGTTCAGGGACCACCAGGACCACCAGGGATTCCTGGGCCAATAGGTCAACCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000188153-COL4A5:NM_000495:29
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=PD(27.9=33.3),PF0139113=Collagen=PU(69.2=88.2),PF0139113=Collagen=PU(9.4=11.8)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=PD(29.2=48.7),PF0139113=Collagen=FE(62.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)