RnoINT0039880 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000018951 | Col4a5
Description
collagen type IV alpha 5 chain [Source:RGD Symbol;Acc:1565499]
Coordinates
chrX:112924748-112932161:+
Coord C1 exon
chrX:112924748-112924898
Coord A exon
chrX:112924899-112932047
Coord C2 exon
chrX:112932048-112932161
Length
7149 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
AACTGTGCTTTTTTAAAAAGGTG
3' ss Score
7.44
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAGAGCCAGGATTTGGGTTACCTGGGCCACCTGGGCCACCAGGATTCCCAGGTTTCAAAGGAACACCTGGTCCAAAAGGTGATCGTGGTTTACCAGGACCTCCAGGTCCTCCAGGACACACTGGCTTGGATGGGCTACCTGGACCAAAAG
Seq A exon
GTAAGGAGGCTCTTGTTACTTTTCAATTTGTTTTAAACTTTTATTTATGTTGAAACCTTTGGAAAAGGTTATGGGTAATAAGCAAGCTAATTGGAAATTCCATGATGCCTGTCGGCCACTGTTTTAATTTTGTTCATATTCTACTAGTTTTTTTTTTCATTTGTCAAAACAGAGGATATAATTGTCTCTTGCCTTTTGATTTATTCATTTTGTATAATTTCATAATTTAAGAATTACTCCATATAATTTAAATTTAACCTAATTCAGTGGCCTCGTATTAAATTGCATGGGTATACTATCAGTGACTACATAATATCTGATTGCAAATAATGTCACACATGTAATTTAGATATGTGCAGGTACAATAGTAGACTAGAAGAGCAAAAATTAATTTTCTTAGTAAAAGGTAAGAGTATAGGGCTGGAGGGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACCCGACTAATCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAAAGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTATCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTATATATAATAAATGAATAAATCTTTAAAAAAAGGTAAGAGTATAAATAGTGTGAAATGTCTCTCTGTCTGAGCCATTGTACACTCCTAGCAACAATGAACAAAGAACTTGTTTCTTCCAACCCCTACCCAATAATGGATAAAACAAAACAAAACAAAAACACAAATATCTCCTGGCTTTTTCTAACCTGATGGAAATAAGTAGATTTTTCAGTAGACTTTAAAGCATTCCATTGTAAAGTTTTCAAATACACAGGAACAGTAAAAAGAACTGTACATCAAATGTCTATCGGCCTGCTGCTTAGGTCCTAATTATAAAATTTTGTCTCATTCAAAATTATTTTTAAATGAAATACTACAGATGTAATAGCTAGAGATAGAGTTGCACATCAGGGAACTTGCCTAGTATGTGAAAGGATCTGGATTCATTCCTCAACCCCAGAAATGGAAATGTTATATATAATACAGTGTAGAAAAGACAATACCATGCCTGCTATATACACCCACCACTGATGGTCTATAGTGAATGTTTTTTATACATATTTTCTCATATATCTGTCCATCTATACATCTCTATATATAATCATCAATTTCTTTTTGATGAATATCAAAACAAGTTGCAGACGTTGTGCTCATCTCCCTAAATATTCAGCAGGTATATAAAAGGTTTCTATGTGTTTTGTTTCTATAAAAAATCCATGGATGTATTGACAAACACAATCTAATATCATATATTCCAGGGCTGGGGATGCAGCTCATTGTATCTGCGTTTTCCTGCCTGGTACACACACCCACACCCACACACACACCCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATCCAGAAACTGGCCTTATTCAAGGTTCCAATTAGTTTGTAACAACCATACCAATATTGTTATGAAGCTTTTTAGAACTAGTATTCTTTTGTCTGTCCTAGAAACCTTAAATATAGAATCATGCAATAAGGACATTCTTATGAAATATCTTTCACTGTGCATATTTTTAGAAAAAATATCATTGCTAGTTCTTATTTCTACTAAATTTTTGGAGATGCCATTGTTAGAATCTCTGGGTTTTGTCAAGTTCCTGAGTATTATGAAGAAGCTGTTAGAAGACTTCTGAGTCTTTTGGTGGATACATGTTTTGAGTATGCTTATACATGTAGCTAAGATTAGAACTGTGCTCATATGTGTGTGCTCACTTGTATAAGAGACTATTAGATCTTTCTCTAAAATGGTAGCCACATTAAAATTCACACTAGTATAATATTTTCAGTTAATCATGATTCTATCTGATATTAAAGTTTTACTTCTTTGTGGTAGTATCATAAATTACATATTCAATTTAATTTCTCTGATGATATAGGATGGCCAGCTTTTTACCTGCTCTTGTGGATTTTTTAGACAAACACTTGTAGTTTGAATTGATGGACTGTGCTGTGTCTTAAGTTGAAGGCGTTCTGAGTATACCCTGAATACTTGTCATTTTTTAGAGTAAACTCAGGAGTATTTTATTCCTGTGTTGGTTACCTATTTGAATTTCTATAGTGTTTTGTTACAAAGTTTTGGTTTATTGTTTTATTTATGTTTTCTATTATTTTAATTTTGTGTTTATCTAAGACATATGTACCTGCCAGGCACTGCCTAGACATTCAGACTTATAGTGTCATTAATCTCAAATACTTTGTATTTATATCACTTATTTAAAATAGAAGCCCAACAGTAGATTATTTGGCCATATCTATCACATCAATTACTGTATATGGATGGGTCCTTTCTGTGCTGCCAATCCTGTTTCCCTCATCTGTTTAACTATCCTTTAGTATCATGTTGTTTACATGGATATATATTTTTTCTTGTTAAAATTTTAAACTGTACTAAGTATTTTGCCTTTCTTCTCAACATAGTTCAAATGTACATGTCCCCTACTGTGAATTAACTATCATTTAAGAGACTCATTTTCCCTCTTTACCGTTGATATCATATCCCCATTTCTCTACTAATTTAACCATCTTGAACTTGATATCCTTAAATATAAAATGCAAAAGTTTTAACATAATTAGCTTGGCTAATTTTATTTCATTGTTCATTTTGCAAAGAATAGAATTCTCATGATAAATATTTTGGAGAATTGTCTAAATTAAATTTATATTCCCAAATCATGCTGAATTGATTTTCATTAAATCAATATATAGCTCAGCTTAATTTTAGCCAGAATGGGTTTTATTGTGAAAATCCCCAAAATAGTGTGAGACAACTTCTTAAGAGAATTCTTTTATTAATACCGATATATCTTTGACCACCTAATTTTGAATGGATGTAAATCACTCAAAGTTGTAGTGTTTCCCAACACTTTATCTTTCTCAGCTCATGAGAAAAATTACAAATCAAATATTCTGAATGATAATCTACTGATAGTCTTTTTAAGAAAGATACCTACTAAGTGTTTTGAAACATAATTTTATGAAAAAAAATGAAATGGGAGCCTATTTGAAACATGAACATTTTTTACCATTGTATCTGTTTGATATTTTGAAGGAATTTTAGAATTTCTATATTTTTCCTAGTAGAGTTTGGAATGTTTTGCTTGATTGGCAATGTCAGGGCGGGAAGGCAGGAAGAGTTAGGTGGATGGGTGGGGGAGCACCCTCATAGAAGAAGGGATGGCATAGAGGGCTTATGGACAGGAAACTGGGAAAGGGGATAACGTTTGAAATGTAAATAAAAATATCCAATAAAAGAAAGAAAAGTTTTTCCAAACAACAGTAACACATCAAATATTACAATATATAAAAAGAAACTCTAGCATGACCTTCATGACCATCACGATCTTCAGAATGCAAGCTGCTTTGATGTCTGAAAGGTATTCAGCATAATTTGCTATTTGGACAGTCCAAACAATTACATCTATGCTATTACCTGAAATATTGCTAAAATTATTTGATAAAATTCAGCATGCATTTCTAAAAAAATTCTTTTAGAAAATTACAAACTGAAGAAACCCTGTTAGCCAGCCTCTAGACTCAGCCTATGGTGGGTTGAGGCAGATGGATTGCATCAAGTTCAAGGAAGACTTGATTTTAGGCCACTCAGAAGAGCAGTGGGAAGCTCTGTTTCAGAAAAAAAAATTGTCATCAACATTGAGATACCAAAGGTCCTTTTTTTATGATATAGTCCTTTATGATAAGCCTTATATAATTTATAAAAAGCTTAATCCAGTATGGTTGATTGTGAATTACTGATGCTTTTCTCCAAAAATAGGATACAACAAAGAGTTGTTTCCTAAAAAAAAATTCATTATTATACTGAAAATATTTAGCTATTGTATAAGACAAATAAAAGCATACAGATTGGAAAGGAAGAAATGATCTATTTGTACATGATATGACTTTAAATTTAGAAAACCATCTTACATAAAACCTTTGGAACAGAAAGTCAATTTTGTAATATGAGTATTAGGGCCACTATATAAAACAAAATGAAGTTTTACAAATTAGAATTAGACAAAAAGTATTATTTAAAATAGCAGCAAATATCATAATGTTCTGATATATATATATGACATAACAATTTAAATATATGTTATATACATATATGTATATATAACAATAAGTGCAGTATTTATATGGTAATAAATTGCTACAAAAATAACACTGACATAAGCCAAATATAAAAAAGATAAAATGATATATTATGCCAGTGTACTGGCAGGCCCAATTTTCTTAAGATAGCAAGTCTGCCCAAATTAATGTATAGACTAGTCGTACCATTAAGGAAAACAAAGCAGAAGTTTGTAATTATCCAAACATTTATGTGGAAAAGTGAACACCTCACAGTAGCCAAAACAAATTAAGAATGTCCTATGTTAGAGAGTTCAAAGAATTTGATTTGAAAACTTGATACAGTCTTAAAGTGACTAATATTTCTTATAATATATGACTTGCTGATACATGGGTCTAGAAATAAAATTGTCTTTGATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGTGCTGAAGATAAAAACAAAGTGCTCTTGTATCCTAAGCATACACTGAGGTAAATTCTATCTTCACAAAAATGTTTTTCGCAAATTAAAATTTCAATAGAAAAAGAAACGTCTAACAAATACTGCAAAAACTATTGTATATGTACACAAGAAACAAGCAAATGAAACATATGTGCCTCCATTTCTACAAATTTTAATGGAACTGTAAAAAATGATTAAAGAATAAAATTATAAAAAGAAATTTAAAAAAATTTTCACCTCATAAACAGAGTAAACACCAGTGTATATTCAAATTTAGTTTTAAGTGAAAGCACAGAACAAAACTCTTTATGATCATAATCTAGACAGAAACTGTTGGATAAGACACTAAAAAAAATAATG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Seq C2 exon
GTGATGCTGGACCAAATGGACAACCTGGCCCAATAGGGCCACCAGGGCTGCCAGGAATTGGTCTTCAGGGACCACCAGGACCACCAGGGACTCCAGGGCCAATAGGCCAACCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000018951:ENSRNOT00000064478:29
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=PD(24.1=27.5),PF0139113=Collagen=PU(70.1=92.2),PF0139113=Collagen=PU(9.5=11.8)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=PD(28.4=48.7),PF0139113=Collagen=FE(60.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]