MmuINT0040110 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000031274 | Col4a5
Description
collagen, type IV, alpha 5 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:88456]
Coordinates
chrX:138052661-138061487:+
Coord C1 exon
chrX:138052661-138052811
Coord A exon
chrX:138052812-138061373
Coord C2 exon
chrX:138061374-138061487
Length
8562 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGG
5' ss Score
9.26
3' ss Seq
AACTGTGCTTTTTTAAAAAGGTG
3' ss Score
7.44
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAGAGCCAGGATTTGGGTTACCTGGGCCACCTGGGCCACCAGGATTCCCAGGTTTCAAAGGAACACCTGGTCCAAAAGGTGATCGTGGTTTCCCAGGACCTTCAGGTCCTCCAGGACGCACTGGCTTGGATGGGCTACCTGGACCAAAAG
Seq A exon
GTATGGAGGCTCTTGCTACTTCTCAATTTGTTTTAAACTTTCATTGATGTTGAAACCTTTGGAAAAGGTTATGGGTAATAAGCAAGCTCACTGGAAAGCCCATGATGCCTGTCTGCCACTGTTTTAATTTTGTTTATATTCCACTAGTTTGTTTGTTTTTTTCATTTGTCAAAACAGAGGATATAATTGCCTCTTGTCTTTTGATTTACTTGCTTTGTGTACTTTTTTAATTTAATAATTACTCCATGTAATTTAAATTTGAAAGAATTCACTGACTTAGTATTGAATTACATGTGTATACTATCAGTTACTACTTGTAGGAATGGATTTTTGCCAACCTTTTCTTAACACCAATAATACCACACATGTTATTTAGATGTGTGCAGGTACAATAGCAGATTAGAGTAGCAAAACTTAATATTCTCAGTAAAAGGTAAGAACGTCTATGGGTAGTATGAAATGTCTCTCTGTCTGAGCTATTTTATACTCCTACCAACAATGAATGAAGCACTTGTTTCATCCAACCCCTTCCCAACTGTAGTTAAAACAAAAACAAAAACAAAAACAAAACAAAACAAAAAGACAAACAAAAAAATTCCTGACTTTTTCTAGCCTGGTAGAAGTCACTTTATCAGTATACTTTAAAAACATTTCCAAGCTAGGTGTGGTGGCACATGCCTTTAATCCCAGCACTCCGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAACGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAACAAAAAAAACTAAAAACAACAACAACAAAATTTCCATTGCAAAGTTTTCAAATGCACAGAAAGATTACAAAGAATTATACATTGAATGGCTATCTGCCTGCTGCTTAGACCCTATATATGATATTTTGTCTCATTCAAAAGGATTTTTAAATAAAATACTGTAGATGCAATAGCTAGAGATGGAGCTCTCCAATTGAAAACTTGCCTAGTATATGAAAGGACCTGGATTCATTCCTCAATGCCAGAAATGGAAATGTTATATGTAATATAAGGTAGAAAAGGCAATACCATGACTGCTATATGCACCCATCACTGATGTTCTATGGTGAATGTTTTTTTTTTCATTTTTTATTAGGTATTTAGCTCATTTACATTTCCAATGCTATACCAAAAGTCCCCCATACCCACCCACCCCCACTCCCCTACCCACCCACTCCCCCTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGGGCCTCTCTTTCAAGTGATGGCCTACTAGGCCATCTTATGGTGAATGTTTTATGCATACTTTCTCATTTATCTGTCCATTTATATATCTCTTTATATAATCATCAATTTCCTTTTGATGAATATCAAAAAAGTTGCAAAAGTGGTAATCTTTTCCCTAATACTCTTACAATCCCAAAGCTGCCTATGTGTTTTATTTCTATATAAAATCCACAGATGTATTGACAAACAAAATCTAATATGATATATTATGATATATTCCAGGGCTTGGGATGCAGCTCATTGGAAATGCATTTTCTTGCCATGCTCAAAGTCCTGGTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGTCCTTATTCCAGTTTCCAATTAGTGTGCAATAACCATACCAATATCATTATGAAGCTTTTGTCTGTCCTTTAATCCTTGTATGTGGAATCATGCAATATGCATGTTTTTAGAAAAATATCCTCATTAGTACTTATTTCTAGTAAATTCTTGAAGATGCCATTGTTAGGATCCCTGGGCTGTGTCAAGTTGCTGAGTATTATGAGAGAAGCTGTTAGAAGAGATCTCTGAGTCTTTTGATGGATATATGCTTTGAGTATGCTTGTACATATAGCTAAGACTAGAATTGTGCTCATAAGTGTGTTCACTTGTTTAGACCTTTCTCCAACATATATTGACACTTTAAAATTCACACTGATATAACATTTTTAGTTATTCATGATTCTCCCCAATATTAACATTTTACTTGCTTTGTGGTTGTGTCATAATTACAAATTTAATTTAATTTCTCTGATGACATAGGATGGCCAGATTTTTATCCGCTCTTGTGGATTATTTAGACATTCAAATATTTGCCAGTTTAAATTGATGGATTGTGTTGTGTCTTAAGTTGAAGGTGTTCCTAGTACACCCTGAATACTTGTGTTTTTTTAGAGCAAACTCAGGAGTATTTTATTCCTGTGTTGGTTACCTATTTGTATTTCTAGAGTATTTCGATATAGAGTTTTGATTTTATTGTTTTATTTATGTTACCCATTATCATAATTTTGTGTCTTCTCTAAGAAATAATTACCTGCTAGGCACTATCAAGACATTCTGACCCATAGTGTCATTAATCTCTAATACTTTGTATTTATATCATTTATTAAAAATAAAAGTCGAACAGTAGATTATTTGGACATTTCTATCACATCAAATACTATGTATAGATGGGCTATTTTCTGTTCACTCATTTGATTCACTATCCTTTAACTAGTATCACATTGTTTACATGGATATATATACATATGTATATATATATGACCCAAAAAATACTTTTCTTGTTAAAAATTTTAAACTATATTATGTACTTTGCCTTTCTTCTCAACATAGTTCAAATGTATGTGTCCCTACTCTGAGTGAATTAACTATGTATCATTTTAGAGCCTTATTTTCCCTGCTTACAGTTGATATCCCAATTTCTCTACTACTTTAACCTTCTTAAACTTGATATCTTTTTTTTTGTTGTTGTTCTTTTTTGGGTTTTGGTTTTTGGTTTTTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGACTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATTCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATACACCACCACTACCCAGTGATGTCTTTAAATATATAAAGGAATAGGCTTAAAATAACTAGCTTGGCTGATTTGATTTCACTGTTTAATTTGCAAAGAATAGAATTCTCAGGATAAATATTTTGGAGAATTGTCTAAATTAAATTTATATTCACAAATCGTATTGAGTTGATTTTCATTAAATATATATATATATATAATTATAAGGAAACTATAAACTATTATTAATAACATGACATTTTAAAATTGTTTTTAAAAATTCCTACATATTAGTGAGAAGGCTGGGTGTTGTCAATTATCCCCATTTATAAATATGAATCATTTCAATGAGAATTTAAGTAATAATTCAGAAGCATTTCATGTAACTGATTTAAAACCTTAGTATTTACCAAATACACATTAATGCAGGTTAAAATGCCACTGATATTATAAGACTGGAAACCTGTACAGGAATAAGTTTATAGAATTTCAGCAATTCTTTTTTTTAATATTTTTTATTACGTATTTTCCTCAATTACATTTCTAATGCTATCCCAAAGTCCCCCATACCCTCCCCCCCACTTCCCTACCCACTCACTCCCACTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCGTGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCTGACTAGGCCATCTTTTGATACATATGCAGTTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTACTGGTTAGTTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGTCCTGTGATCCATCCAATAGCTGACTGTGAGCAAAATTTCAGATAGAAAATTGTGATGCTATAATGTCCATCATTAGGTGGTTTTTACTTCCAATCCTCATCTAATTAGTACATACAGTTGACATTATGTTGATGGGTACAAAAATAATTCTAGGAGACATCTCTGGGAATTTGTATAAAACATTCTAAAAAGCAGTAATATAATCTCTACACAGCTTCTTCCCTGGAAGAATACTGTTGATTGTTCACTTCCCAATGGTTATGAGGGTAGAATTCCTCTAATATCAAAACCAGGCAGAAAAACAAACAAATAGACAAAAAATACAATGAAAAATATCTAAGTTATAGGCCAAAATCTCTGAAGAACAAATAGGTAAGAATTTTTCCAAACATTAGCACATCAAATGTTACAATATATAAAAAGAAACTCTAGCATGACTTTAATGACCATCAAGGTCTTCAGAATACAAGCTGCTTTGACATCTGAGAAGTATTCAGCATAATTTGCTATTTCAACAGTCCAAACAATTACATCTATGCACCTGAAATACTGTTCAAATTATTTGATATAATTCAACATCCATTTCTGAAAAAAATACTTTTAGAAAATTATGAATTAAAGAAAACCTGTTAGCCAGCCTATAGACTCATCATATGGTGGGTTGAGGCAGATGGATTTCAGGCTACTCAGAAGGGCAGTGAAAAGCCCTGTTTCAGAAAAGCAAAAAAGCCTTGTCATCAATATTGAAATTCCAAAGCTCCTTTTTATAATCTACTCTTTTATTGTAAGTCTTATATCATTTATTAAAAGCTTAATCAAGTATGGTTGATGGTGAAATACTGAATACTTTCCTCCAAAAAATAGGCTACAACAAAGAGTTGTTTGCCAGAAAATTTATCATTATACTAGAAATATTTAGCCATTGTTGTAAGTTAAGACAAATAAATTAAAAGCATAGAGATTGAAAAGGAAGAAATTATCTATTCATACATGATTTGACTTTGCATTTAGAAAATCATCTTACATAAAACCTTTGGAACAGAAAGTTAATTTTACAATATAAGTATTAGGGCCACTATACAAAACAAAGTGAAGGTTTACCAATTAGAATTAGATAAAAAATAATATTTAAAATAGTACCAAGTATCATAATGTTCTGACATATGTATAGTTCTAACAATAAGTGTAGTATTTATATTTTAA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Seq C2 exon
GTGATGTTGGACCAAATGGACAACCTGGCCCAGTAGGGCCTCCAGGGCTGCCAGGAATTGGTCTTCAGGGACCACCAGGACCACCAGGGACTCCAGGGCCAATAGGCCAACCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000031274-Col4a5:NM_007736:30
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=PD(24.1=27.5),PF0139113=Collagen=PU(69.7=90.2),PF0139113=Collagen=PU(9.5=11.8)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=PD(23.0=51.3),PF0139113=Collagen=FE(45.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: