HsaINT0039178 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000188153 | COL4A5
Description
collagen, type IV, alpha 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:2207]
Coordinates
chrX:107911549-107920863:+
Coord C1 exon
chrX:107911549-107911736
Coord A exon
chrX:107911737-107920726
Coord C2 exon
chrX:107920727-107920863
Length
8990 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGTATGTCC
5' ss Score
-18.37
3' ss Seq
GTCATTTGCTGTGGATTATTAAG
3' ss Score
-18.37
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCAAAAGGGTGATGGAGGATTACCTGGGATTCCAGGAAATCCTGGCCTTCCAGGTCCAAAGGGCGAACCAGGCTTTCACGGTTTCCCTGGTGTGCAGGGTCCCCCAGGCCCTCCTGGTTCTCCGGGTCCAGCTCTGGAAGGACCTAAAGGCAACCCTGGGCCCCAAGGTCCTCCTGGGAGACCAGGT
Seq A exon
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Seq C2 exon
AAGGTCTACCAGGTCCAGAAGGTCCTCCAGGTCTCCCTGGAAATGGAGGTATTAAAGGAGAGAAGGGAAATCCAGGCCAACCTGGGCTACCTGGCTTGCCTGGTTTGAAAGGAGATCAAGGACCACCAGGACTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000188153-COL4A5:NM_033380:41
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=PD(78.0=73.0),PF0139113=Collagen=PU(30.5=28.6)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=PD(57.6=75.6),PF0139113=Collagen=PU(42.3=73.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)