MmuINT0040123 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000031274 | Col4a5
Description
collagen, type IV, alpha 5 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:88456]
Coordinates
chrX:138091228-138101518:+
Coord C1 exon
chrX:138091228-138091415
Coord A exon
chrX:138091416-138101380
Coord C2 exon
chrX:138101381-138101518
Length
9965 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGTATGATC
5' ss Score
-17.64
3' ss Seq
GGTCATTTGTTGTGCATTACCAA
3' ss Score
-6.77
Exon sequences
Seq C1 exon
GACAAAAGGGTGATGGAGGATCACCTGGACTTCCAGGAAATCCTGGCCTTCCAGGTTCAAAGGGTGAGCCAGGCTTTCAGGGATTCCCTGGTATGCCAGGTCCCCCAGGTCCTCCTGGTTCTCCTGGTCAAGCTTTGGAAGGTCCCAAAGGAAACCCTGGGCCTCAAGGCCCTCCTGGGAGACCAGGT
Seq A exon
ATGATCGTGTGTGGTATGAAAAATGCCCTGTTTACCAGTTCAGTTAGTTGATTTTGCTGGCAGGTTATTCAGTCTTCAAGATTTTAGAATTTGTCATGTGAGAACTTCTTTTAAGAAAATAGCTAGGTTCATACCTAGCTTGTTGCAATATATACATTCATTTCAATAATGCATGTATTATTTACCTAAAGTTCATCTTGAATGGAAAAAAGAGAAAATGGTAAGGTTTTGTTAGTATTGTTATTAAAGATAACCTGGCATCAAAATGCAACCTGCACCTTTTTTAATGTCTGCTTCTTAGCATGTCATCACAGAAATCATTCTAGTGATCACCAAGTACATGCTTGTGTTCCATATCAGAAGCTGTTGCTATGGTTCCGTCACATGATCAGCAAATGTCACCAGGCACAATAAAAACTTAATCTCTAGGAACTAGGCAATCACATTTATCTTCAGCAGCACAGCATGGTCAAATTGACTCATAATCTCTTCATACCTCATGTCTGTCCCTCTCTTTCCTGTGCTCACTCTTTAGTAGATCAATTTTGCATCCAAGGGCCAGATTCTCATTTTTGTGTCTCTGCTGCGTCATTCCATTCTATTAATTGGGAAATGCTCATTCTAACCCCAGGTTAATGTTGCTGAGCTCAATAGCTCAATCACTGTTGATAGCCTATTAAAACATTTGAGGTACTTACTATTCATTTTGGGCGGGTAACTGAAAATTTTGCCTTTATTATTTTTTAAAGAAGAGAAATTTGAGATAGAAAGAAACAAAACAATTGTCTTTTCATTGCTCAAATATTCTTAATTCATTTCTAAAGTATATCATAAAACTAAAAGTTATATTTATATTGCAAGAATTGAACTTGATTTTACTAATATGTGCCCTAAAACATGAATTAAGCAGTATAATGTACTGAATTCGGGACATCATTTTCAAAGTCAGCTGTAATGTGATCTGACTTGATTGTTTCTGAAGAGAGTTGCTTTTTCCTTTGTTTACCACTGAAGAAAGACAGAGGAAATATTCTCAGCCACATTAACTGTCTTGCATGCAATATAAAGAACTGAAGCCAGTGTCTTGCTTTGTTTGCCTGTCATAATTCAAATAAACCAAACTATTATCCCCTTATATTCTAATTAGCGCTGCACTTATTTGTAACTAGGAGTGGAGCTCTCAGTTGAACATTTCTGTAATAATAGTAATAGAAAAGCAGTAGCCACAAACATGATTTTGCAATCACTGTTTCTAAAGACTAATCAACCTTCTCCAAAGAAGAATGCACATCTAATGAATGTTTGATTTCTTGATTTGTTTATAAACTACAGATCTAAAATAAAGTGTTAAATCAATTTCTCTTAGAATTAAATGTTCCAAATTTGAGCTCATAACAATGAACATCATAATATGATTTTTTTGAACTTTCAAACTTTATTACGTGTAGTTTTCCTTTTAACATTAATGCTTAATAGAGATAGTTTGGTTTATATAAGATGCATGAATATGAACTTTCAGAGAGTTCTATTATTAAATTCAACTTTAACTTGAGAGTATTTAGTATAATGCTATAGTTTCTTGATGTTTCTAACAGTTTTGATATTTTCCTTTTTGTTAATGATGACATTGGGCTTTGGTGAACTTCCATCCCTACCCAGGTCCTCCAGGTTAGCTCCTTAACTCCAAAGTAGTAATTGCATGAAATTTGAAACTTTATCAATGTATTTATGTACTTATATACGTGTATATACACATATGTGCCTGCTTATATATGTATGTGTGTAATGCCTTCAAGGTTCTAAATATATTTTAAGAGCATATGCCAATTCAGTTTTGAAATGGTGGCCTGGGCCTAAGTTGTCAGAATATTGTAGCGCCAAGTATTTCCCTTGGAATGGTTCCAAATTATCCAATCATGGAGATGGACTAAATTAAATACTTCAAAATTCATACTTCTGTGTCATTTTTAATTGAGATTTTATAGTACTCAATTTTGTCAAAGTATGCTTTTCCTTTGTTAGAAAGTATTTTATTGCATTATAAACTTTTAATGCAATAAAATTAAACTCATTCAGAAAAGCATCTTTAATAATAATAATAATAATAATAATAATGTAGGTAATGAAATCCTTGATTTGATACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAACACACCTCTATAAGGTTTTCAAACAGCTTCATATTTTGGCTTGTCACATATTTTCAAAGGTTTACACATTTTTTAACTTCTGAGCATATTTGTGTGTATATATATGGGCTGCAGGTGCCCACTAATATCAGAGGCATAAGACTCACCTGGAGTTCTTTGTATATATTGAATAATAGCCCTCTATCAGATTTAGGATTGGTAAATATCTTTTCCCAATCTCTTGGTTGCCTTTTTGTCATATTGACAGAGTCCTTTGCTTTACAGTGTCCTTTGTCCTTTGCAGTTTTATGAGGTCCCACTTGTTGATTCTTGATCTTTCAGCACAAACCATTGCTGTTCTGTTCAGGAATCTTTCCCTTGTGCCCATATTTTCAAGGCTCTTCCCCACTTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTGGCTCTGGTTTTATGTGGAGATCCTTGATCCACTTGAACTTGAGCTTTGTACATGGAGATAAGAATGGATCAACTTTCATTCTTCTACATGCTGACCGCCATTGAACCAGGAACATTTGTTGAAAATGCTGTCTGTTTTCCACTGGATGGCTTTAGCTCCTTTGTCAAAGATCAAGTGACCATATGTGTGTGGGTTCATTTCTGCGTCTTCGATTCTATTCCATTGATCTACCTGCCCTTGACTATACCAATACCATGAAGTTTTTATCACAATTGTTCCGCAGTACAGCTTGAGGTAAGGGATGGATCTGGAGAATATCATTTTGAGTGATGTAACCCAATCACAAAAGAACACACATGATATACACTCACTGATAAGTGGATATTAGCCCAGAAACTTAAAATACCCAAGATACAATTTGCAAAACACATGAAACTCAAGAAGGAAGACCAAAATGTGGATATTTTGACTCTTTTTAGTAGGTGGAACAAAATACCCATGGAAGGAGTTACAGAGACAAAGTTCGGAACAGAGGCTGAAGAAATAACCATCCAGAGACAGCTCCACCTGGGGATCCATCCCATATACAATCACCAAACCCAGACACTGTTGAGGATGCCAACAAGTGTTTGCTAACAGGAGCCTGATATAGCTGTCTCCTGAGAGGCTCTGCCAGTGCCTGGCAAATACAGAAGTGGATGCTCACAGTCATCCATTGGACTGAGCTCAGGGTCCACAATGAAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTGAAAGCATTTACAGCCCCATAGGAGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACCCCCAGAGCTCTCTTGGACTAAACCACCAACCAAAGAATACACATGATGGGACTCATGGCTCCAACTGTATATGAGGCAGAGGATAACCTAGTTGGTCATCAATGGGAGCAGAGGCCCTTGGGTCTGTGAAGGCCCTTTACCCCAGTGTAGGGGGATGACAGGGCCAGGAAGTGAGAGTGGTGGGTTGTTGCACAGGTGGAGGGGGGAGGGGATAGGTGGTTTTAGGAGGGGAAACCAGGAAAGGGATAAGATATGAAATGATAAAGAAAATATCTAATAAAAAAATAAGACTCACCTGGAGCTGAAGTCACAAACAGTTGTGAGCTGTCTAAAATGGGTACTGAGAACTGAACTTGGGCCCTTTGCAAGAGCAATGTCTACTTTTAACCACTGAGACATCTATCCAGGTCCTTTGACACATAATTTTTAAATTGCTTTGCTGTGAAGAACTAATAAGCATAAAGGAAAATATAACTTAATGTAACCAGCACAGATTAAAGGCTCACAATCACATATATGGTCATCACACGTAGCAAGAAATTATGCCAAAGAAAAATTATCAAGAGTTACTTCACAGGGTTGGAAAAAAAAAGATCTGTTGCTTCTAGTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTTAAATGTGTACCCAATCTGGTATAAAAAGTTAACCATGGACATCTCAATATATTTATTATTTTCAAGATAAATAGTCCTTTTCTCTTTTGTAGAAAGGAAGTAAAATAGGTCAAAATATAATCCTGAGATATGACTTTTGAAAATGGGGAGGGTTTTTTTTTAATTGGATTTTTTTATATACATTTCAAATGTTATACCTTTTCCCGGTCCCCTCTCCCCCTAAATCCCCTATCCCACCCCCCTCCCTCTGCTTCTATGAACCCACCCACCCACTTCTGCCTCCCTGTACTGGGGCATAGAGCTTTCACAGGACCAAGGGCCTCTCTTCCTATTGATTTCGGACAAGGCCATCCTCTGCTACATATGCAGTTGGAGCCATGTGTCCCTCCATGTATAATCTTTGGTTGGTGGTTTAGTTCCTGGGAGCTCTGGGGGGTCTGGTTGGTTGATATTGTTGTTCCTCCTGTGGGGCTACAAACCCCTTCAGCTCCTTCAGTCCTTTAAGTCCTCCATTGGGGACCCTGTGCTCAGTCCAATGGTCAGCTGCAAGCATCTTCTGTATTTGTCAGGCTCTGGCAGAGCCTATATTCACCACAGTTTGTAGAGGGAGGGAGATATGATTCTCTATGTCAATTGATTCCTTGATTTATTTCTACCATACCAACCCATGCACACGTACATTCATACATGCATACACATATGTGCAAAATGTTTTATGTGTAAGATCTATTGATTAGGAAAATTTTAAAGATGCAAGCTCTGAAGACAAATTTTATCATGACAACTGTAATAGAGAAGACCCCATTATAACAAAGAAAAGGAACTAAACTCAGCTCCAAATAAAACAGAAACAAAGACTTCCAGGGACATAAGGAGAGAGTTATTGACTGAAACTTACTAAGAAGTACTAGAAAGCAAGAGGAGTCTTACACTTACTTCATATGATTCTCACTGAAGG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Seq C2 exon
CAAGGTCCACCAGGTACAGAAGGTCCTCGTGGACCCCCTGGAAATGGAGGTATCAAAGGAGAGAGGGGAAATCCAGGCCCACCTGGGCAGCCAGGCTTACCTGGTTTGAAAGGAGATCAAGGACCACCAGGACTCCCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000031274-Col4a5:NM_007736:42
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=PD(3.8=4.8),PF0139113=Collagen=PD(76.7=73.0),PF0139113=Collagen=PU(30.0=28.6)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=PD(58.3=77.8),PF0139113=Collagen=PU(49.4=97.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
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Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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