HsaINT1008158 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000188153 | COL4A5
Description
collagen type IV alpha 5 chain [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2207]
Coordinates
chrX:108668319-108677633:+
Coord C1 exon
chrX:108668319-108668504
Coord A exon
chrX:108668505-108677499
Coord C2 exon
chrX:108677500-108677633
Length
8995 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
ATTTGCTGTGGATTATTAAGGTC
3' ss Score
5.36
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCAAAAGGGTGATGGAGGATTACCTGGGATTCCAGGAAATCCTGGCCTTCCAGGTCCAAAGGGCGAACCAGGCTTTCACGGTTTCCCTGGTGTGCAGGGTCCCCCAGGCCCTCCTGGTTCTCCGGGTCCAGCTCTGGAAGGACCTAAAGGCAACCCTGGGCCCCAAGGTCCTCCTGGGAGACCAG
Seq A exon
GTATGTCCGTGAGTGGTAGGAGAATGGTCTATTTATTAGTCCATGTATTTCGTTTTGCTGGCAGGTTATTCAGTCTTTAAGACTTTAGAATTTTTCCGGTGCATTGGAGGATGTTAAAAAAAAGACTTTAAAATTTGTGATATAACTTCTTACAAGTAAATAGCTTGGTTCATAGCTAACTCCATCTATTTCCATGGTTCTAATAATTTGCTTTAGTAATGCATTTTATCATTTATATAGAGGAAGTAAAACAATTTGGAGGAATAAAGGAAATGGTAGTTTTATTAGTCTTGTTACTAAAAGGTAAAACTATACTGTTAACCTGTCAGCAAAATGCCATCTGCATTTTTAAATGTGAGCTTCTCAGCATGTCATCACAGAAATCATTTTAGTGATCACCCAATAGATGCTTGTGGTCCATACCAGAAGTATTGCTTTGGTTCTGTCATATGATCAGCAAATCTCACCAGGCACAATTAAAAAAATTATCTTCTATAGGAACTGGGCAATCAAATTTATCTCCAACATCACAGCATGATCAAATTGACTAGTGATCTCTTCATACCAACCTCATGTCTATACCTCATTTGTCTTGTGTTCACTGCTCTAGTAGTCTCAGTTTTGCATCCAATGTTCACCTTTTCATTTTGTATCTGTGCTGTGTCATTTCATTTTACTAATTTTGGAAATGCTCGTTTTCATCCTTGATTAATGTCACTGAGCCTAGTCACTGGTGATAGGTTATGAACAGATTTTGAGACTTGATATTCAAATTTTATATTTCTGGTCACTGAAAACTTGGAAGTAAATGTCCTTTTATTCTTTGAAAGTCTCTGACATTATATAAGTGCATTTCAAAATGAAAAATGTTATTTATATTACAGTAAAATCTAAAGTGATTGGAATTCATTTTAATAAGATGTTCTAAACACATGAATTAAATGGGATCACATACTGTGTTCAGAGGATCATTTTCAAAACCAAATTTTATCTGATCTGACATAATCTGATGGAAAGTATTGTTTAAGGTTTTATGTTTGTATACTACTGAAGAAAACCAGTGAAAATCTCCTCAGCCATGTTAACTCTCTTGCATGTAATGTAAAGAACTGAAGCAAGTATCTTGCTTGGTTTTGCATGCAGTAATTCAAATAAACCAAACTATTATCTTTTTTATATTTTAATCATCACTGTGGTTATTCGTTCTTACTAGTAATGAATGAGTAATGAGCTCACTGTTGAACCTTACTTTGAAATTTGTCGGTATGAAGCCATTAGTCACAAAGATGTCCTAAAAATTACATTTTTAAAGAAATAATAACAAAAGTAGTTAGAAGAATGCACACCTGATGAGTGTTTGTGACTTCTCAAATTATTTCATAAACTATAAATTAAAACTGAGTTGTAAACCCCATTGCTCTTAGAATTGATTGTTCTTAGTCTGAGCTCATAGTAATGATTATGATAGCAATGACTTTTGGCCTTTAAAAATACGCCACAGTGTGCTGTTTTCATTTTAGTTTTGTCACTAAGTGGTGATAATTTGGTTTATATACAGATGCATGGATATGAACTTTCAGAGTATTCTTTTATTGAAATGAATTTTAACTTGAAAGTATTTAGTGTAATGCTTTTTAGTTTCTTGATATTTCTAACAGTTTTGATATTTTTCCTTTTTGTTAATGATGACATTGGGCCTTGGTGAACTTTGATCCCTATCCAGGTCCTACAGGTTAGCTCCTTAACTCCAAAGTAGTAACTGCATGAAGTTTGAAACTTATATACCTGTACCAAATGTTTTCAAGTGTTTGAATGTATTTTAAGAGCATATGTGCCAATTCAATTCTTACATAGTGGCTTATCTCTTTAAGTTTTTAGGAACTTGTAGAACCCAGTGTTTCTGTCTATTGGAAAGACCCAAAATTACCTAACTAGGAAAACTAATTTAACATTTAAAAATTCATATATTTGTGTCATTTTCAGTTGAAAATCTGTAGTACCGAAAACAGCCTTACATATTCTACCTTTCTTTGGAGTCTGTTTCTTATGTTTAATTTATATCTGTTAATGCAAACGAATTGAACTATCCTTCAAAAGGACATTCTTTTTTTAAACAATAATATGTATTATCAGATCTTGAAAATATGTAATTCTTAACTTGCCATATCTTTTGCAGGTTTTCAAACTATCCCACCTTCACATTTTGGGTTGTCACAAAGTTCTCAATTCTACTGCTGTTAAAAATGGACTAATAGGGCCGGGCACCATGGCTCATGACTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCGGGTGGATCACCTGAGATCAGGAGTTCAAGACTCGCCTGACCAATATAGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATATAAAAATTATCCAGGCGTGTTGGTGTGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTAGGGAGGCTGAGAAAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATTGCACCACTGCACCGCAGCCAGGGCGAGACTAATAGGCACAGAGAAAAAAAAAATCAATGCAACCAGCACAGATTACGAGGTTCTTAATCTTATTTTCATTATACATGTGTAAACAGTACACACCAAAGAACAATTACCAAGAGCTACCTAATGGAAAATTGCTGATTCTTAGTGAAAGATGTTTGTTTACCTAATTAGCAGTAAAAAAAGCCACAAATATTTGAATGTATTTATTGTTATTCAAAATAAATAGTCCTTTTCAAATTGTTAAGAAAGAATCAAAAGAGGTAATAGTATACCCCATGATATCTGGCTGTTGAGAATGGCAGGACATTTTTTCATCTTATAAAATTAAAAAAAATAATTTTTCAAGATTATTTTTAGGGAGCCATTTGTTTCTACCTGAATTGATTCTCTAGTTTCTTACTCCACTGCAAACTCATTATTTCATAGAACCATAGAATGTCAGATCTAGAAGGGACCTAAGTTTTACCTATGTCGAGGAGAAATTATCCACAAGACAGATTTTATTCAGGACTATTGCAGTAGAGTAGAAACTATTGCAGTAGGAGAGAGACTGAGCTCAACTTCAAATACAACAAAGAAAAGTGATTATTTACAGCCAAGGAGCAGAGTGAGAGGGCCAGTAATGGAAAATTACTAAGAGGAGACATCAAGGGTAGAGAGGGGTGGGTTCTTGTTAAACTGGCCCAACAGGATTTTTGCCAGAAACAGGCCAAGGATTTAGACATCAAAGGTGGGAGATCAGGAACTTGATCAGATATCGGGGTGAAGGGACTCTCTCTAAACCGATTTAGCAGGATTATTGATGTAAATGGATTTGGAAGGCCAAAAAGTAGGCCCAAGGATGAGGCCTAATTGAGAGGAGGGCTCAGAGGAGCCTGTCTAAAGTTTGATCAAGGAATCTTTGTCACATATGAAAAAATGGAGGCCCAAAGAGGTTAAGAAACTTGCTCAGGGTAATACTGTTAGTTAGTGGCATAACTGGGACTCTGACTTAAGGCTCCCCAGTGATCAATTAGGTGTCTATTCTACAGGGAGCAGACTGTTCGCTGCATCCACTTTCTTGTTTTCTGTTACCTCAAAAGCTCCGTCAACACCTCCATCAACCAGATTGCTTCTTGTGTTCTTCTTAAATGATGTCATCAAAAAGATTAAGACAGTGCATACTATTTAACTATCACTAAGATAAAGCAAAGACTAGGGGGTTACTTTGAAGTAATGTTGAGTCCCACCTTATCTGACCTACATAGAATTTTGCCACTTTGATTACTGCTAAACTCTACTGTTAGCTAGGAGATTTCTATCTTCTGAGTTACTATAATATATTCAAAGAAGAAAAAGAAAAGTAGCCACATTCCTTTAAAAGAAATTTAACAATTTATTATTTACAAAATGTGCTCTAAATTGCATAGTTGTTGGAACTTGGTCTCTGTGATGTTTTCTTCTTTGCAAGACTACAACCTTAAGTGGAAACTGAATTTAAAATATACCAGTCAATTCATCAGTATACCTTTAGTAATTACTACTTATGGACAATATTTTAGGTTTTTGTTTTGTTTTCTTTTTCAGTTTAACTTTGTTACACAGTTGAAAAATAATGGATTGTGGACCTCATACAAAAAAAAATTGACTTGGCATATAGCTCATTAAAATGTTGCTTTTTAAAATAGAGTCTTAGAAGTTTTGCTATGATATGATCCACAGTTTTCCTTGCTAATTACTCAGGCTGAAATGTCATATTTCAATGAAATATTTTGCTGAGAGTTCTTGTTATTGGTCCCTCTATATCAAACACATATATAAAATGTCTTTACTCAAACCTTGAGTTGTCTTAGTTGGGAATTCTAATTTATTTAACTAATTTTGTGGCCAGACTCTGCTCTAAGTATTGTCTTGAGTTAATTTGCTGTCTGTGATTTAGAAACAATTTAAATAAACAGAAGCCAATATTTAGCTTTCTGAATTTCAAAGTATCAAATGCTTTGAAAGTTTTATTAGGAGATAATGATAATGTTTTCTATTTATATGACATGCCACAATTTACATCATATAATGTACTTTTATTGTAAGCATCTTAAGGGCAGAGTTTGAGTCTTGCTCATCTTTGTGTTTCCTGTAGCACCTTGCACATGGCAGACATTAGGCCAGTATTTTACAACTTGAATTTGATCTTTAAAACATTCCTGTGAGGGAGGTTAGGGCAGATACCAGTATTCCCATTTTACAGGTAAAAAACCATACTCAGAAAGATTGAATTGCCCAAAGTCATATAGTTATTAAGTAGCAGAGTCAAAAATAGATCCTAGGTCTTCCAACTCCTAGGATTCATTGCTCTAGCACAATTTATTCTCTCTGCTAACATTTGGTGCTTATAAATCATAGCAAAACTTGTAAGAAAAGAAAATTGTGTTTTTAGTCAATTAACACTAACCAAGGGGTGCTCTATTTGTAGGCTTTTAATCTTTTTATTTAATGATCCTTCTT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Seq C2 exon
GTCTACCAGGTCCAGAAGGTCCTCCAGGTCTCCCTGGAAATGGAGGTATTAAAGGAGAGAAGGGAAATCCAGGCCAACCTGGGCTACCTGGCTTGCCTGGTTTGAAAGGAGATCAAGGACCACCAGGACTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000188153:ENST00000361603:41
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=PD(78.0=73.0),PF0139113=Collagen=PU(30.5=28.6)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=PD(57.6=75.6),PF0139113=Collagen=PU(42.3=73.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains