DreINT0049842 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000052063 | col4a5
Description
collagen, type IV, alpha 5 (Alport syndrome) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-2281]
Coordinates
chr7:50896171-50902087:+
Coord C1 exon
chr7:50896171-50896356
Coord A exon
chr7:50896357-50901989
Coord C2 exon
chr7:50901990-50902087
Length
5633 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAAG
5' ss Score
5.75
3' ss Seq
GGGTCCACGTGGACCTCCAGGTA
3' ss Score
3.67
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGCTAAAGGAGATCCTGGTTTTCCGGGTCCTGCCGGTAGTGCTGGATTTCCTGGTCCAAAGGGTGATGCAGGATTTCCTGGCTTGCCTGGTCAGATTGGTTCTGTAGGACCACCTGGGCCTCCAGGCTTGCCACTGCAGGGACCTAAAGGTATCCAAGGTCCACCTGGTCCCCCCGGAAGAGCTG
Seq A exon
GTAAAGTCGATATATTATATTACCTTTTGTCCAGGTCTGCCTTCTGGGTTCCACCATGTCATGAATCATTATCAAATCAAGCTATAAAGAAGGTACCTGAAGTAAGATTTCTAAAAAAGAACACATTTTGTCGCAGCACTTCAAACATGGCCAACAAATATCCACACATATATAGACACAATTATTTGGTTCACAGTCTACTACTAATAATCAATTATGTGCTTTGCTCCTCTTTTTATGTATGCCTATACAATCCAGCAACTGCAGATTAAGGCTTGTAAATGTTATGGCAATCTCCACATAGTTCAGTTTAATAAGGTTTAACACATGCATTTTACCTACTGTCAGAACTTTTGGTTGTAATTTGATTTATAGATTTAACAAAACATCAGGTACCAAAATTCAAGTTTTCTTTGTTGAGAAGCGCTTCAAAAGGACTGTTATAATTGTGACCCAGAGGGCATACTGGCTTTCTTTTGTTTGCTTGTTTGACTGATTTGCATGGAACTTTGCACAAAAAATTGTGATTACACCATATCTTTGTTACTGTGCACAAATACACTCACTCTGATATTAAGAACACCCACTGTCTGCGTTCCCTTCACTGAAAGTCATTACTTTCATTTCCTTAATTATGTGTCCTGGTTTGAAGAGAAATGAATCTGCATGCATGCAGAGGTTTTATGCATTGATGTTTCTGTTGCCCAGTCTGTGAGTGTCACACAAAGTGTCTGCTTCCCCTGGTCATGGTCAGCTGTTCACCCGTCCACTCGTCTGTTATTGTTCACAGTTTAATGTCCCTCACAGGATACCGTCCGTGTGCCTGCAGCCAAATTCAGTAGTTTTGAAAGAGGACCAACAGGCACTTTTGCATGAGAAATGTGCTGGTTTGTAAGAAATGAAAGCCAATGCAGGACTATCTAAAATGGGCTCCATCTTGGTAAAAATGTATAATATTTATAAAAATTACATCTGAGCTAGTTTGATAAGTACCAGTGTTGGGTCTAAGTAGTTACAAAGTAACCAGTAACTGTAAAATTACTTTTTTTGCTTAAAAAAAAAAATAAAGTAAGGGATTAACTTATATTTTTGGTAATTTAATTAGTTACTTATAATATACTTGCCTTAAATGCTGTAAAAAGGACAGTTCCATATACATCAGAGTAATTGTATATTACAAATACTGTATATTCTGCCAAATAATTCTATTTTAACTAAAGAAAGTTAAATTCATCAAGATGAACATGCCTAAGAAAAAAAATGAATTGCGTAAGAAATGAATTCATGAAAATATAAACAAAAATCAGCAAGTGCCAAGAACAGGGGTCTGTTCTTCATACCTCGCTTAAATGATTTAAGATGATTTGGCAGATCCTGGATCTTTTAATCTTGATTACTGATCTCTGCCTAATTGGGTCCTTCAAACAAGGTGTGTTGGGTGTGTTGTAAAGGACTGATCTATCGATCCTCAAATTCATGATCAGCAATGCATCAATTGGCTGATGGCACAGCAGGGTAGTGACATCATCTGATTAACATTAAATAATCTATCCAATTCAAAATTATATAAAATATGTATTAAACTGTTTGTCAAAAATAACACGCAAAACACATTTGTTGTGGGCTGCAGGCTTTACACTTTCATGTGTCAAGAGTATTTAGCAATTTATTTAGTTTTAGATACATTTTAGAGCAGATTTTCTGTACTATACACACCAATGCCTATTTTAATTTCTTAATCGGCGTAAGGAATTTAAAATAATTTTGCATCAAAAGAGCATTTTGATATTGGTAAATGTCTGCAACTTTTGCTTAGCATTAAATCAGTGGCATATTAGCTATCAAAAACGTCTGCATGACTGCATAAATTATTATTCCTTTATACAAAGGAAACAATCAAACTGTTGAATATTGTGCATGTCTATTATACAGAAATGGTACTAAAGCTGGATCAGTATTTTAAAATAGTACGCATTCAAAAAATCCTTATTAATAAATGTTCTCTTTGATTCTCTTGGGGAGAACCACCTCGTTTTTGAACTTTTGTTTCAGAGTACAAATTAAAGTTTTGTTTTATTTATATATGTTTTAAAACTTATATGTATATAAACACATAATATTAATTGTTATAAATTATAAATGTGTATATATAAACTTTTTGAAACTATTTTACTATTTATATAATCTATATGTTCCTACTGTAAGAAAATAGCAGCATTTGGTGCATACTTTCAGTATTACCTTTGCTTGAACTGACCCAATCTAATCATATTTATATTAAATAATCTGCTGCTCCCGAGCAGGTTTGAGCTACCAGAACTGTTGCATTGACAACAACCCTCGGATGAGTTTTGAAGAACGAAACGATTCTGGATCATGATAAATCATAAATAACCAAATCCAGCTAATTGACTAATCCACGTATGAAGAACGGACCCCAGGACTAAACTCACTGCAGTTTGATAAATACTGCAGCTGTTGGACCACATAATGAATGTTTTTGAGAATTTTAAAAATGGTATTACTAATATATTGTTATTCATGTATTTTGCATAATACTAACTAAAGAATATTAGATTTCTTTAACAACTGCACATGTCTAAACATAATAATATTAGAAATGTATCAGTATATGGTATGTATGAAATATGGTGTCATTAATTTAGAACATTTTAAAGTTTGTAAGTATAATTTTTTTTTTTAATAAACTGAAAGTTTGACACAAACTTTAAAAATTAAAAGTGTTTAATGTCTATTGTTATGATTTCTCAAGTAGTATTAAGTCAATTAAATCAGTTAATAAAGTAACTTTTCAGACAAAGTAATCAGAAAAGTAATTTAAATACACTTTAAAGGATGTGGTTAGTAATAAATAATTTTTGTGAAGTACTGTAGCTTTTCTGGAAGTAACTTACCCAACACTGATAAGTACAATACCATAAGCATTTAAATTTGAGGATAGGAGACCATTTCGGCTGGTGTCTGTTATGCTTTGCACTCTGGGTATTATATGCATTTTCTGTTTCTTGCGCCATGGTTCTGCTCCTCCTGATGTCATGGGATCATTGCAGGCCCGGCAGGTCAGCTTTTTCATGCTATAGAACAGTTCTGTTTATCTTACAATACATATTGTCATCATTGTGTATTTTGTATGCATGTGGTTATTCTACCACTTTTTAGAAAGATATTTATTTATTTATGTTTTAAAGATTTATAGAATTGCTTTGTCAGTAATGTACTATTCAACAAAAAGACAAAGTAAATCCAAAGTACATTTCTGAAATTTTATATTACAGTACAAAAGTATACTAGACTACATGTGGAACTTGCTGAGCATTATTAGATTATCAGCAGTATTACTCTGTTGGAATTTGGTCATAATATGATTATGAATGTTACACAGATAAGCCAAAATTCTAAGAATAAGAGTTTTCTGAAAACAATAGTTGGTGAAAAAATAATGTGCATGTTTTATTATTCACAATATGATGATCACTGTGATGTGTACAACATTTATTCATATGCGTGTTAAGCTCAGTTTGCATTTATTTAATAATGTTTATATGCATGTATGCATACAACCATTCAAAAGTTTAGGGTTCTTGAAATTTTTTCATCTTATGCACAACAAGGTTGCAAATATTTGACTTAAAATGCTGTACAAACTGAACTATTGTGAAATATTACGATTTAAAATAACTATCGGCTTTCTATTTAAATAAAAATAATTATTAATAAGTAATGAATACCTCGGATATTTGCATCAGTCATCACTCAAGTCTTCGGTCTAATTCTTCGGATCCTTCAGAATTCATTTGGCTAATTTGACTGCCGATTCGAATGTTATCACTTGATCAAATAGGCATTATTAGTGGTTATCAGCTGATAGATATGGACCAGTAGGGGACTTCAGCACTTAATGGTGGGCTCAGATGGCTGTTATCAATTATCCACATGATTAATCAGCCATAGATCACATGTGTCTGGAAGTTAACAAGAATAATTTATATTACTTATTAAATTTCCCATTAATTGTATTTTTTTAACGTCTACCCCTACCCCAACCCTAAACCCAACATCACACTAATGTAAAAACACATCTGGATGTGGAGTCTTCTCTGTTTGTATATCTGATTATCCACAAGAATTATTTATATTATTTATTACATTTCTAATTCATTGTATTTTATTAACGACTCCCCCGACCCCAACACTAAACTTTACTTTACTTTACTTTCTTTATTGTCCACAAGTGGAAATTTATCTTTGGCTTCACCACACAACCACATCAGCGTTTACATTACACACATCACAGAAAAAACAATCAACACAAATACATTCAACGTCGTCACATATATCACATTAAAAACACAATTTAAAACCCTACACATAATTAAAACCCAGTATTTAAAATTCTAATGGCCCCAACCAACCATCACAAAAATATAAGACAGATCTGGATCTGGAGTCTTCTCTATTAGTGTTGCTGATTAACAACGATAATTATTTATATTATTTATTGTATTGTATTAACATCCAGCCTTACCCCAACATCACAGTAATGTAAAAACAGATCTGGATCTGAAGTCTTTTCTATTAGTGTTGCTGATTAACAATGATAATTATTTATACTATTTATTGTATTGTATTAACATCCAGCCTTACCCCAACCCTAAACCCAACATCACAGTAATGTAAAAACAGATCTGGATCAGAAGTCTTTTCTATTAGTGTAGCTGATTGACCAATTGAATGGATGATAACAGCATTTTAAGCCTACCTGTAGGCGGTTGTGGGCCCCTAATAACATCTCTGGTGGCCCCCAAAGTGTGTGGGCCCTTAGAATCATCCTAACTTTCCCCCTCCCCCCTAATGGCGCCCGCTGTCTACTGGCCCATATCTATCAGCTGATACCCACAGATAACTGACATTTAATCGAGTGATAAGAGTAATATCGAGTGAATTTGATCAGTTAAATATAGCTGCTGACTAAAATTTTT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Seq C2 exon
GTAGCGGAGGAGTGAAGGGTGAGAAGGGTTTGCCTGGAGTTCCTGGGACGCCTGGAGAAGCAGGACAGAAAGGAGATTATGGTTCTCCTGGGTTTCCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000052063:ENSDART00000073827:39
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=PD(70.8=73.0),PF0139113=Collagen=PU(29.0=28.6)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=FE(51.6=100),PF0139113=Collagen=PU(7.6=15.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]