HsaINT0040234 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000145244 | CORIN
Description
corin, serine peptidase [Source:HGNC Symbol;Acc:19012]
Coordinates
chr4:47628422-47644066:-
Coord C1 exon
chr4:47643937-47644066
Coord A exon
chr4:47628539-47643936
Coord C2 exon
chr4:47628422-47628538
Length
15398 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGG
5' ss Score
9.16
3' ss Seq
CAGTATTTGCCTTGTATCAGAGA
3' ss Score
4.26
Exon sequences
Seq C1 exon
TGACCCTCTCTATAAATGTGAACTCCTCTTCCTTTCTGATGGTTCACAGAGCTGCCACAGAACACCATGTGTGTGCAGATGGCTGGCAGGAGATATTGAGTCAGCTGGCCTGCAAGCAGATGGGTTTAGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AGAACCATCTGTGACCAAATTGATACAGGAACAGGAGAAAGAGCCGCGGTGGCTGACATTACACTCCAACTGGGAGAGCCTCAATGGGACCACTTTACATGAACTTCTAGTAAATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000145244-CORIN:NM_006587:16
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.050
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF154941=SRCR_2=PU(36.7=81.8)
A:
NA
C2:
PF154941=SRCR_2=FE(39.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)