RnoINT0040937 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000002302 | Corin
Description
corin, serine peptidase [Source:RGD Symbol;Acc:727887]
Coordinates
chr14:38443932-38454336:+
Coord C1 exon
chr14:38443932-38444061
Coord A exon
chr14:38444062-38454222
Coord C2 exon
chr14:38454223-38454336
Length
10161 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGG
5' ss Score
9.16
3' ss Seq
CAGCATTTCTCTTATATTAGAGA
3' ss Score
3.25
Exon sequences
Seq C1 exon
TGACCCTCTCTAAAAATGGGAACTCCTCCTCATTCCTGACTGTTCACAGATCTGCAAGAGATCACCACGTGTGTGCTGATGGCTGGCAGGAGACGTTGAGTCAGCTGGCCTGCAGGCAGATGGGTTTAGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AGAACCATCTGTGACTGAACTGGTCCAAGGGCAGGAAGGCCAGCAGTGGCTGAGGTTGCACTCCAGCTGGGAGAATCTCAATGGGAGCACCCTGCAGGAGCTGCTGGTGCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000002302:ENSRNOT00000064128:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.051
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF154941=SRCR_2=PU(37.1=81.8)
A:
NA
C2:
PF154941=SRCR_2=FE(39.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]