Special

MmuINT0041116 @ mm10

Intron Retention

Gene
Description
corin [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1349451]
Coordinates
chr5:72319522-72329741:-
Coord C1 exon
chr5:72329612-72329741
Coord A exon
chr5:72319636-72329611
Coord C2 exon
chr5:72319522-72319635
Length
9976 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGG
5' ss Score
9.16
3' ss Seq
CAGCATTTCCTTTCTATCAGAGA
3' ss Score
6.01
Exon sequences
Seq C1 exon
TGACCCTCTCTAAAAATGGGAACTCCTCCTCATTGCTGACTGTTCACAAATCTGCAAAGGAACACCACGTGTGTGCTGACGGCTGGCGGGAGACGTTGAGTCAGCTGGCCTGCAAGCAGATGGGTTTAGG
Seq A exon
GTAAGGTCAGTAGTGTGTAGCACTTGACGGGTTTCTCAGAGGGCTCTGTGGATGTTAGCGGTAATATCTTCCTTATGAATGATGTAGAACTGGAAAAATCAGAGCTCTCCAAAGCCCTTGAACTAAATCCTGTGTGAGGAATTTATCTAATTCTAGGTACCTGCTCTAAAGAGTGTGGGCTGCAAGCCTGTTACAATGAAGTCTCAAAAGTAAATGAACTAATTGTATTTTGAAGCACGTGTGAAATGGAATACTTTCACTGTTTATAAATGAATTAAGATGGTCTCCTCTGTGGAGCATGGTTGAAAAAACACTTCATACTCCTTCCCTGGGGCTATTGGGAACAATATACATACATTTTTTTAAAAAGAAGTTGAGAAAGAGAAGCCAAAGCTGCTGGTATTTCTATTTATCCTAAGTAACACAGAAAATACACACCAAGGAGTAATTCAGCATTTTGATTTTTAGTGGAATGAGAAGACCCATTTACATACATGGAATGGAATGAACTGTGCACACACTGTTTTGTGAGGTGTTCTGTTTCAGGTCATTCAGCAATAGAGAATAATGCTCTGTACCACCACAGAACACATACAGGATGATGATGATGTGTGTGTATATATATATGTGTATATATATGTATGTATCTGTTATATTATTATATGGCATTTTGTTTTATTATGCTAACGACATATGTGTGATTTGAGTATAAATACAGAATTGAGAAAAACAAAAGATTAGGGAGTCATGCAATTCTAGACTTAAAAGTCAGAGTAGATAGCACTCCCCAGAGTCCACTGAGTAAACGGCGATTGTTTACGACAACAAGCCATTTGATTCAGCAGCTAGCTGCACAGTTTTGTTGTCCAGTTTGAAGAATCATATCACTGCTAACATCTTGGGCCCTTTTCTTCCATGTAAAGACCCACATCTTTGGAAATTTGAGAAACTCCTACTAATTTATAATAGTAGGAGAACTTTAATCTTTTCCAGCACTAGAAAAAATTATAGCTGTCATGATCCATTAAATTATTGTCCATTTTTGCAATTTCTTTATTGTGTCTCAATGAAATGGGATATGATTTTGATTCAATAAATGAAAACCCCTTGAAAGTGCTTATCTTGGTTCTCTCACCAAGACATACGTATTGCTTAATACAAAAATTCAATTACATGATGAAACTTAGCTATGCAGAGAGTTCGGAGGGTAAGTCAGATCTGAAAAGATTTACGAGAACACAAATTTTGACAAGCCACATGAAATGTAACTGTTAAGCTGCAAACAAAAGATCTTTTGTCTTAAATGTCTTACTTCATTCTTTTTGTATTTCTTGCATATTAGATTTTTACTGAGCTAACATACATGTAACAAATTTGGCTATTTCAGTGGCACTGGGCACAGTCACAGTGTTTGTGCAACTGTCTCTACTGTCTCAGTCCAAACATTTTTATCACCACAAAAGGAAACTATGTGGCTGTACATAGTCACTCTCACTTGCCCTTCAGACACAGTAAATCATTCATTTACTTTTCATCTCTCCATATTTCACTTCTGTTCTGGATGTTTTAATAAGGATGCATATAACATGTGATCTTTTTGTCTAGGTAATATTCTCACTTATCTATGTTACAGTATATACAATGTTTGTAGCTAAATAATATTTCATTGAATTATTACACTACATTTAATTATCCCCTCAGGTATTTGGGTTGTTTCCATTTTTTGTTGCATATGAGATTTATAAATAGTTCCTTTAATCAGATACGACAGTGAATACCTGCAATCCCAACACTCAGGAAGTAGAGACAGGAGGATTGCTTCAAGTTTGAAGTCACCCTGCTGTGATCCTCAAGGGCAGATAAGTCTTTAGAGGTGCTCTGATAACACAAGCTCACTTATTCTATTTTCTATATTTCATTGACTCCGAGGGTGAAATGTTAGTATTTAAGATATTTAAAGCCCCAATAGACATATTGATGTTTTCATTTTTGATAACTTTATTTCACTGAAAGTCAAGGAGAATATGAAGTGGAAATATAGTCAATATGCCATAATTACTGACTGAATTCTTGGATAAATGAGTAATAAAATCAGGTCATTTGAGATTGGCTTCAGGTATACTTGTCAACTTATTTTGGTGGCTCATAGGCTGAGAGACACACAGAGAGCAGAACAGGGAAAGAGTGAAGCTAATGATCAGGTGAGGCCTAATCTCTGGTATGAGGATGCTCTGCTTGGAAAGCTTTTGTTTCCTGGGTTTCTAGAGACTAGCTGTGTTGTAGAAACTCAAACTTCTGCTACTGATGCCCCAAACAAGCTCTACACAACCTTTGAATCTTCGAGCCAAAGTCCTAGATTGCAGAATCTTTCTGACCATGATTGGTCTACACTCCAGGTAGGAGGGGAAAGAGACTGGCTTTCTTTCTTGGTTTTCAGAATGGAGTGCCCCTTATAGTGGTCAGCCTTTCGGTTCCAAACACAATCTACTTCAAAAGTTGAACCTTAGGAACCAACCCTTAGCTGGTTCTGCTTACCTTCCATGCTCTATTTCACTTTGTGGAGTATGTGCTTATGAGTGGTGATCTAAACTAGACATTGTGCAGAGGATGCATAGGGGGACACCATTACTGGGCTTGATGGTATAGTGGGAGAGACACAAAGGACATAGGTTTCATTTCATTACTTGACAATGACATAGACTTAGAGCAGAGCTTAAGGAATTCCTATTTAAAGTATGTAAGAGAAATAGATTCAGCTTTACTCCTTGGGAGGATTCATTCTGTACACACAGACTGAATAAAGCACCAATATTTAGTATCTGAAAGTAACTCACCCTTCCTCTTAAAGGGGCATTCATTGAATTCAGTGGGTAGTTTATAAACTAGTTTGTAAAACAAACAAACAAACAAACAAAAAACAAAAACAAAAAAAACAAAACAAAACAAAAAAAACTCCTGCCTATGCTAAATTGTGTGTTTTCTGGGATTGTACAGCAATATTTCTGGTAGAGGCAGCTTATTAAAAACATGGTCATGGGCTCTGTTTTCCATGTTTTAGAGCAAAATGGCAGACCCATAATTAAGTGTTTGTCCTGGTAAAAAGATTTGATGTTTTTGTTAAAAAGTGAAGACTGCTTTCCATCTGTAGGTTGTTCCAGTGTTCACCCCAGCCTGGAAGCACAATGCTTTGCTGGCTAGACAAAGGCACAAATCAAGTTCCTGAGTTCTTTTGACAGCATATTGTCTTCTACTTACACTATCAGAAACATATGCATGTGTATTTAATGAACAATACAAATCAGGACATATTCAGCTCTCTAATCCTTGCCAAACTTAGGGTTGAGACATCTGGCATTTGAGGATAAGTTAAGGGGGATGGGAACTTCCCTGTCTCCTGTCTCCACAAGCTCTATCGCTACAAAACTTGAGCTCATCTGGAAATCCATGTCCTGGGTCTGTGTGATTGGCAGAGTTTCTTTATGGAGTTGGCTGTAATTTGCTTTTTTCCCCCTTAACCTTTTTAAAGTTAAGCAAAAGAAAACTATGCCTTTGGAGAATGTTTCTATATTTTGGGCAAAACCACAGTCAAAGACACCGTGTGTTATGTGACCTAGAAGTCCCTAGTAGTAGCCCCTTGTAGGGATTATGTTGACACTGCCTCCCAGGGTTTACCAGGAAAGAACTATTTACTTCAAGATGGCTGCCTTATTCACATGGAACTTGCAAGCTCTCTGTTTGTTGCACTTGGAAGTCCAGCCCAGCCTGCTGCTCTCATGCCTAGGAAGCCCGAGTAAGCATCTCCTGATAGTTACAAGGTTTCAAGGGTGGGCTATAACTTGCTTATCATAGAAGTGACCCTTCCCATTAGCCTTACTGCGATGCTTTTGACCAGACTCACAAAGTTACATAATTAGCACCACCTGATTCCAAGATTCTTTTCCTAGCCTCACCCCACTCTCCCCCAACCCCTAAACACATGGCGATTAGCAGCCAATTTGCTCCCAGCCTCTGATGATTACTAATGCATTTTCTGCATCTATGGATTTTTCTACAGACTATATTTTCCATGAGTAGAGTTATATAATATCTGCTTCTGTGTCTCACTTTTTCCATTTGTCATAGAATTTCACAATCAACAGTCACCTGTAAGCTTTTCCACGAACATACATTTTCAAGTTTCTTGGGCATTAAATACTTAGAAATATAATTGCTATAGCAAATGGTAACTTATTCTTAATTTTTTGAAGTGCTGCCAAACTCTTTTCCAAAAGGGCTATCTCATTTTATAACTCTCATCATCACTGTATGAGTTATAATTCCTTTATATTCTTGTCAACTCTGATTGTTAAGTACTTTTTTGATAGCCAGCCTAGTTGGAATGGGATATTTTCACCACGAAATTGATTTCCATTTCCATGATTGCTAATGCTGTCCAACACATTTTTTTTAAATTGTCTTCCTTTCTGCTTTAGATTCCCAGAAAAGGTAGAACTCTTTATCCTTAAAGACACATTTATTTTCATTTTGTGTGAATTATGCTTGCTTGCTTATATGTCTGAGTACCATGTCTATGCTTGGTGCCCATAGAAACCAGAAAAGGGCATCAGATCCCCTGGAATGGAGTTAACATGCAGTTTTGAGCCACCATGTGGGTGCTGGGAACTAAACTGAGTTCTCTGCAAAAGCAACTAGTGCTCTTAACAATGGAGCCATCTGTCCAGTCCTATAATCCTTCTCATTAGTTAGTTTTCTGAGAAATGTATGCATGTGTATAATATATTTTTATCACATTCATGCGTCATTACTTTTTTCATGTTTATAGACTTGGGGAAAACCACCCTATATAACATAATCCAAAAAAATTTTTTTCAACTTCTTGGTTAAAAATCCCTACAGTTCTGAGTAGATGTTTGCATGTCTAAGGGAGAAGCCACATGGAGCAAGCCCATGGAGTAAGTAGCTGACCCTCACGCAGCAACTTTGAAGCATTTCTGGTTCTCTTGTGTTGCATTCACAGGGAACTGATTTCTTATACAATTCTAAGAGGTTTGTGGTTAAACATCTCGGTGCAAAGAAAATCTAGAGTACAATGTGTGTATTCACAGTGTTTGCTAGAATGTTGTAGCCTGGGTAAAAGGAAATCGTTTTCTTGAAAATGTATCTATAGGAAGAGGGTTTTTTTTTTCTTTAAGTTCTTCCATGAATCTTCGCAGTACCAGCTTTGAAAACAAAGGCAAAGTATTCCTGTTGTTAAGTTGTAAGTTTATGTAACGGTAAAGCCTGACAGGAATTAGCAAACTGAATCTCAAAGCGTGTCAGTTGAGTCCGTGGATAATTTATGAAGTGGAAACTTCTCAGTGAGGTAGAGAAAGTCTCCATTATTAACTGCAGTGGTATGAGGCAGGATCTTAAGCCCATCGGATTTGCTTTCTCTCATATTACACTTGGTTATAAACAACTCATCTTTAAAATAGATTGTCACCAGTGCTTATCACGAAAACCAGCTTCCCTGAGGTCTCCAAAGCCAAGTACCTTCCAAAGCTACTTTTCACCCTTCTAGTTTCAACCCCAGTAATAACAGGACCAACAGTGAGTCATGAAATTCAGGAGCAGGAATAACTTTGGTTCACACAAATCCCTATGTTAGCAGATTCCCAGGTCATTCAGTAGTTAGAGCATTGACTGGGACATGCACATAGGTGAAACCTGAGAACCTAAGAACACAATACAACTTAAGTGACCTTCAGCATTTTGCCCAAGAGGACTTGAATAGTTTCTTGTTACACACCAGCATCCTTCTGAAATGGTACTGGGCACTCCCAGTGATGGCTGAGTTTCTGACCTTAGGTCTTCTTCCTCCTGTCTTTAAAAAGTACCTCCAAGTCAGCACCTGTATACTACTGTATCTCAAAACTACTTGTCTTTCCTTATATTAAAATCTGAACAGAAAGTTTAGTTCTTTTATTTTAGCATTGTATACAATGTCAATGCCTGTTATACCCTACCCATCTTCAAGTTTTTTCTTTGGTAAATATTAGACACACTGAGCTGGAATTCTGATCACAAACCACTAACCCCATCATCACTCATGTCTCCTACGTGGATAAATCAGAGTTGCTTTTGACTGAGGCGGCCTTCGCTCTACCGTATTTCTTGACCTCATCTGTTTGAAGCCCTTATCCAGTACCTCAAAGAACTTTTGAAAAACAAGAGTTCATCTGTTTCTCTCATGGACATGATAGCTATTAATTTCTTGTTTCAATTTCCATTTTTCCTTATTAGCTCACAGTTATCCATTTTAATGTCTGTCTGACTACATCAGCCATTCAAATTCTCTTGAAGTAACATTTGTTTTTGAGTTCCAAAGCATCTAATAGCTAGCACTACTTGTATGAACACGACTGGTTAACCCTGTTTAATAAATGTAAGTCGAGCTTAATTTCAATGCCCTCTTTTAACCTTTTTACATTACTCAAAAGCCAACATACAAAGGACTGTGTACACCCCTAACCCAGGGCTCTGTAATCTCCTGAAAGAAAATATTCCACTTAAGGTCTCTGGTAGCAGGCAAACCATTTATCTGCATTATCCTTCTTCTTTGGAATACACAGCCCTTGCTTTTCATGAACCTGTTTCACTTTCCATTTATCCCTGGAAGACAAATGAGTGCTAATCTCTTTGAACATGACCTTCTCTTCTTGGCTGAGGTGAAGGTATATTAATCAAAACTAGATGAGAGTACCTCACTCCCAGGTTCCTGTGAGTGGCATGTAGATCCTTAAGATTCTTCAACAAGATGTGATTCAGTCGGTCCTGGGGGACACGTCTTTCCTTTTGGTCACAATGTAGATTGAATGCTTAGATTTTATTGCCAGTATGAGGCCAGTCCCCCGACTTGTAGGGAAGTCAGCTGAGGACAAGAAGACCACTACTCCATCTTCCTCCCTCCCTTGCTGCAGAAGGAAATGGAGATCAGAGAGGCAGAGAGTCGAGGGTATTAGTTCCTATGGCAGTCTCTAGATGGTCCATCCTTTCGTCACAGCTCCAAACTTTGTCTCTGTAACTCCTTCCATGGGTGTTTTGTTCCCAGTTCTAAGAAGGGGCAAAGTGTCCACACTTTGGTCTTCATTCTTCTTGAGTTTCATGCGTTTAGCAAATTGTATCTTATATCTTGGGTATCCTAAGTTTCTGGGCTAATGTCCACTTATCAGTGAGTACATATCATTTGAGTTCTTTTGTGATTGTGTTACCTCACTCACGATGATGCCCTCCAGGTCCATCCATTTGCTTAGGAATTTCATAAATTCATTACAAGGCACTTCTGTTATAGAGTTAGCTTTAACTCGTGTTTACAGGCTCCTAAAGAAAGAAATGGCCCACTGAAGTGGAAACTGGTTATCTCTAGCCTTACACAATGATAAACATAAGCTGAAAATCAATCAGCATTTACTATAACACCAAAATCAAGGGGCTGTTCATAAAATGCTAGAGTCTTTATTTGCTAAAATGTAAAAGTGATGCCCCAAAGGTATAAAAAAAAAAATGGGATTTTTCCAACAAAATATTCAGAAAGACAAAGAATATATTTACATAGAAATATACTTATCTCAATGTGAACTAACCAGTACCCCCAGAGCTCCTTGGAACTAAACCACTAATCAAAGAAAATACATGGTAGAACTTGTGGCTCTAGCTATATATGTAGCAGAGGATGGCCTAGTCGGTCATCAATGGGAGGAGAGGCCCTTGGTCCTGTGAAGGCTCTATGCTCCAGGATAGGGGAATGCCAGGGCCAGGAATGGGAGTGGGTGGAATGGGGAGCAGGGGGAGGGGAGAGGGGATAGGGGATTTTCAGAGGGGAAAATAGGAAAGAGGATAACATTTGAAACGTAAATAAAGAAAATATCTAATAAGAAAATATATATATATATATATACATATATATATACTTATCACTTGGCACAATTTATTCAGTTATGTAAAACTGAGATTTATTATCAAATTGTATTTTAATTTATAACATTTATGGATGATTGCTGTTTGCAACTTAAATGTTGTTTTAAATACTGTTATTAATGTTCTAATAATGTTAAATATTATTTAATTGATAGTTATTATTAGTAAACACTTTACTTCGCTTATAATTTTGTAACTTTTCATACTGAAATGGATTAATTACTCTGTTTTTAATATTTGTGAGATGTGAGTAGTGTGATTTAATGTTATAAGTTAATATAAAATAATAAAAAGTTATTTTGTCACTTGTACCTATAGATTGTACCCAATATAATTATTATATTTTACCTCTGAAATAGACAAAGAGATTGTAAGATAAGAAAACCATCTATTTTCAGTTGGAGTTTCACTGGTATATTTTTAAATTATGATTTACTGAAAAGATAGACTCAGGCATCATGCCCACTTCAAACATTTATACTGAAGAGAGTTGTCCTGTAGCAAGTGCAAACTGAGCTGTCTAAGCAGGGGTGACTTAATAGCAGTGTTCATTCATGTTGTCTGAAACCCGTTAATGCCATTCTGTCAAAGTCTTAGCTCGCTCTTCAGTTTGATAAGTAACTTAACCAGTCTTCAATTATTTGTCTTGTAGTAGACTCAGAGTCATTGCATTGTACTACCTTAACTTTTATCTACAAAATAGGACTCAAATAAGGATAATGATATGATAGTGTTCAAAAAATACTTCAGAAGCTGGATTGTAAGGATTCTCATGGAAACATTCCACATTCTGAGCAAGATACTTGTGCATCTCCTACACAGACATTTGTATTTCAGTACCAGCTCTCAAGCACTGAGGTTTATTATCAAATGGTGTTTTAATTTACAACATTTATAGTTGATTGCTGTTTACAACTTAAGTGTTGTTTTAAATACGGTTATTATGTCCTAATAATGCTTTTACCCCAGCAATAAACACACTGGGACAGAGTTTATTGTTGTGGATATGTGTAAGCCATTGCTGCTCTCTTGATGCCTAGGTACAGGGTCCCTGTCTTTTGGAGACTTGTGCACATTTGTGTGTTTACAGCAAGCAAACCCAGTTAAAACTGAATTGTGGGGTACCTGTTATTGCTTACACACAAAGCCTACTGACAAAGATGGAGCCAGAATTGGCTGTTGTCTAGTGATCTGATGACAGCTCCTTTCAGAGTACCATGGGATGGAACTGGAGGATATAGCTCAGCAGTCAAATGCTTGGCTAGCATGAGCCCTTTGACTGATGGCTTCACCAAAACAAAACAAAATGTCATTGGTCAAGATGTTTCAGAACTCTTGAGTAAGCTTTGTCGTCTCATTTCAACGGTGGGAAAAAATCACATGTTTGTGTTTGCCTTCTGCAACTGCACAAATCCCCAAAGGCAGATTATTTTGTGGAGTACAGTTGGCTTGTTTTCTACAGGGGATTGATTCTAGGACCTCAACTGTACATTCACTGCGTTTACTAGTGACAACTGTGGATTTGCTGATTCTGTCTAGGAATGAGCCACAGGATAGGACAGCGTTACCAGTGTTGAAGGATTTAGTTTTGTGCATAAGGAACATCTCAGTGTTTCAGAATGCAAGGAAAACTATATATATATATATATATATATATATATATATATAATAACACTGTTCTTTGCCTATTGAGTTTCTTCAACTTCACTTGACATAACTAAGGTGCAAGCTAGTTGCTTTTCTTCTTGGAAGCTTGTGAGTGATTGATAAAGCACTCAGTGTGTAGTGCTTGGTGGGGCCTTTTCCCAAAGTAACTGACAGGCCTGGTCCTTTTCCTAACTCCCCCTGCCCCCCACCTTTGCTAATCGTGCTCCAGCCGATTCCTCCTGAGTAAGTTTCTTTTCTTGAAATATTGACTTACAAGGTGATACATTTCTAAGAAATGAACCCTAAATAATGATAACACCTGCTCAAAGATCATTATTCTTTGACTATTTACCCAGCATTTCCTTTCTATCAG
Seq C2 exon
AGAACCGTCTGTGACCAAGCTGATCCCAGGACAGGAAGGCCAGCAGTGGCTGAGGTTGTACCCCAACTGGGAGAATCTCAATGGGAGCACCTTGCAGGAGCTGCTGGTATACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000005220:ENSMUST00000167460:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.026
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF154941=SRCR_2=PU(37.1=81.8)
A:
NA
C2:
PF154941=SRCR_2=FE(39.2=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
HIGH PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development
  • Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
  • Neural differentiation time course
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types