HsaINT0042900 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000198561 | CTNND1
Description
catenin (cadherin-associated protein), delta 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:2515]
Coordinates
chr11:57529234-57561553:+
Coord C1 exon
chr11:57529234-57529591
Coord A exon
chr11:57529592-57561481
Coord C2 exon
chr11:57561482-57561553
Length
31890 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAACC
5' ss Score
6.62
3' ss Seq
TCTTGTGGGCTGTGTTTCAGAAC
3' ss Score
8.03
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTGACATCACTTAGGAAAGCGAAGGGGGTAGGGCTGCCAGATCAGTTTGTCACCACCCAGGCTCCCTTGCCTTTGGCTGGGTGCAACTTCCATTTTAGGTGTTGGATCTGAGGGGGAAAAAAAAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAAAGAAGAGCAGGAAAGATCCCGAAAGGAGGAAGAGGTGGCGAAAAATCAACTGCCCTGCTGGATTTGTCTTTCTCAGCACCTTGGCGAAGCCTTGGGTTTCTTTCTTAAAGGACTGATTTTTAGAACTCCACATTTGAGGTGTGTGGCTTTTGAAGAAAATGTATGTACTGACGGGAAAAGGAGGATAAGCAAGTCGAATTTTTGTCTTACG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198561-CTNND1:NM_001085467:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.792
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Skipping Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)