Special

HsaINT0044252 @ hg19

Intron Retention

Gene
ENSG00000108242 | CYP2C18
Description
cytochrome P450, family 2, subfamily C, polypeptide 18 [Source:HGNC Symbol;Acc:2620]
Coordinates
chr10:96454674-96480294:+
Coord C1 exon
chr10:96454674-96454834
Coord A exon
chr10:96454835-96480152
Coord C2 exon
chr10:96480153-96480294
Length
25318 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
ATTATGAAATAATTTTTTAGGAA
3' ss Score
6.48
Exon sequences
Seq C1 exon
CCTCACCCTGTGATCCCACTTTCATCCTGGGCTGTGCTCCCTGCAATGTGATCTGCTCTGTTATTTTCCATGATCGATTTGATTATAAAGATCAGAGGTTTCTTAACTTGATGGAAAAATTCAATGAAAACCTCAGGATTCTGAGCTCTCCATGGATCCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

No protein impact description available

No structure available
Features
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  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]