HsaINT0044553 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000186377 | CYP4X1
Description
cytochrome P450 family 4 subfamily X member 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20244]
Coordinates
chr1:47039342-47046600:+
Coord C1 exon
chr1:47039342-47039532
Coord A exon
chr1:47039533-47046466
Coord C2 exon
chr1:47046467-47046600
Length
6934 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGA
5' ss Score
8.85
3' ss Seq
TCCCTCCCTCATCCTCACAGGGA
3' ss Score
10.04
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGAAAGTGGTAGCAGCTTCTCAGATATTGATGTACACTCTGAAGTGAGCACATTCCTGTTGGCAGGACATGACACCTTGGCAGCAAGCATCTCCTGGATCCTTTACTGCCTGGCTCTGAACCCTGAGCATCAAGAGAGATGCCGGGAGGAGGTCAGGGGCATCCTGGGGGATGGGTCTTCTATCACTTG
Seq A exon
GTAAGATCTGCACCCCTAAATTTTCCTGCTAGTTTTCCCCCTGAGATTTTGCTTTATTTTTTGCGCTGGTACCTTAGTGACCCTAGTGCCTCAGGATATGTGTAGGTGAAACAGAAGAAGTAGGCTACTTTTCTGTTCTTTCTAAAGAGAGCTCCAAATTATTCTCTTGTCTTTCAGGAAAAAAAAAAAAAGTTTATTTATCCATAAATTGTCTGTCATTGGTTTTCTAATCAATGGTGTGTGAAATGTCTTATTTCTTTATTTCACCTTGGCTCTGATGCATTGGAAATGAGGACTTGATCCCTGGGCTGGCACTTAGAACTTAAACAATAGGGTCCAAGTGGAGCTCCTCTTCTGAGAGAGCTGAATGATTAGCTGCATTATTTAAGGCTCATTTTAGACATCTCCCAGCCGCTTGTCACCAATTTTATTCCTCAGGATTGATTTTAGACTTCAGACATAATATTCGATGATATATACTATAGTTAAGTTTAGCAAATATGGACTGAGGACATTTTAAATACTGAGACTTTTTTTATGACTACAATTTATTGTGGGCCCTGTCTTCGGTGAGCTAATGGTCTAATACAGGAGACAGGAGACAGACCTCCAAATTGCAGTGTAGCATAATGAGGGCAATGATAGAGATATGTGCTGGCTAACACAAAGACATAGAAGACAGGTACCTACCCTGGCATGGGAGCTCAAGGAGACTTCCTTGACATTTACGCTGACTGCAGGATAAGTAGGAGTTAGCCAGGTGGAAACTGTCATCTCTATCTTGCTAGACTTTAAGCATATACTGCTGTTAATAAAGCCCAGGTTATGCTGTTTGCAAAGATAAAATGTGTTCCTGACATAATCTGGTCAAAGGGACAGAAAGACAGAAATGCTAAGGACAATTCAGCAGCATGACCAGATAAAAAACACCATATTTCATATGCAAAAGTCAACTCAATTGAAACATTTGTAAAACCAAATTTGACATTATAAAAGTATATCAGAGATCTCATTTTATAAGGAAATAGAAGCCCTTTCCTACCATAAACTAAAGATTTAATCTATATAGCACAAAATACAATGTTGAGTAATCATTTTTAATTTATTTTTTAACTGACAAAAATTGTGCATATACATGTTATATATATATGTATGTGTGTATATATATATGATGTACAACATGATATTTTGATATATGTATACACTGTGGAATGACTAAATCTATCAATGGACATGTTCATTAACTCATACTTATCATTTTTTTGTGGTAAGGACATTTAAAATCTACCCTCTTAGCAATTTTCAAGTATACAAATTGTTAGTAACTCCAATCACATATTGTACAATGCATCTCCTAAACTTATGCCTCCTGTCTGACTGAAATTTTGTATCCTTTGACTAACATCCCTGTAATCCCCCATTCTCCCACAGCCCCTGGTAACCACTGTTCTACTCTCTGCTTCTTTGAGTTTAATGTTTTAGATTTCCACATGTGAGATCATGTGGAATTTGTCTTTCTGTGCCTGGCTTATTTCACTTAGCATAATGTCATCCAAATTCATCTCTGTTGTCATAAATGACAAGATATTTGTCTTTTCTATGGCTAATTGTTAGTCCATTGTTTATATATATACCATGTTTTCTTTATCCATTTATCCAGTGATGGACACTTAAGTTGATTTCTATATCTGGGCTATTGTGAATAATGCTGCAATGAACATGGGAATGTAGATGTCTCTTCAATGCACTGATTTCATTTCGTTTGGTTGTATATCCAGAAGTGGAATTGCTGCATCATATGGTAGTTCTATTTTTAATTTTTTGAGGAAACTCCGTACAATTTTCCATATGGCTGTACTAATTTACATTCCAACCAAAAGTGTATAAGGGTTCTGTTTTCTCCACATCCTCACCAACATTTGTCTTTTTGGTAATAACCATTCTAATGAGCATGAGGTGATGTCTCATTATGGTTTTAATTTACGTTTCCCTGATGATTAGTGATGTTGAGCATTGTTTTAAATACCTGCTGGCCATTCATGTCTTCTTTGTAGGAATGTTATTTTAGGTTTTTCTCATTTTTAAATCTAGTTATTTGTTTTCTTGCTTTTGAATTGTGTGAGTTCCTCATATATTTTGAATATTAACCCCTTATCAGATGTATCATTTGCAGACATGTTCTCCCATCCTTTAAGTTGTCTCTTCACTATGTTGATTGTTTCCTTTGTTGTGCAGAAGCTTTTTAGTTTGCTGCAAAACCATTTATCTATTTTTTCTTCTGTTGACTATACTTCCAGAGTTGTATCCAAAAAATCATTGCCAAGAATAATATCAAGAAGCTTTTCTCTATGTTTTTTTCTAGTAGTTTTATAGTTTCAGGTCATATGTTTAAATCTTTAATCCATTTTTAGTTGATTTTTGTATATGGAGTGAGATAAAGGTCCACTTTTATTCTTCTACTAGTGCATATCCAGTTTTCTCAACACCATTTATTGAAGATACTGCCCTTTCACCACTGTATGTTACTGGAACCTTTGTAGATCAGTTGACAATAAATGTGTGGGTGTATTTCTGGACTCTTTATCCTGTTTTATTAGTTTATATGTCTCTTTTTTTAGAAGCTCTATGCTGTTTTGGTGACTAGAGCTCTGTAGTCAATTTCAGATCAGGTAGTATGATGCCTCCAGCTTTGCTCTTTTTGCTCAAAATTGCTTTGGCTATTTGAGTTTTTTTATTCCATACGAATTTTAGGGCTTTTTTTTTTTTTCGATTACTGTGAATAATGCCATTGGAATTTTGATGGAGATTGCATTGAATCTTTGGGTAGTATGGATATTTTAACAGTATTAATGCTTCCAATTAATGAACACAGGGTATTTTGCAATTTGTGTTTTCTTCAATTTCTTTCACCAGTGTTTTTTTCTTAATTTAATTGTTTTATTTCCATAGGGTTTGGGTAACAGGTGGTGTTTGGTTATGAGTAAGTTCTTTAGTGGTGATTTGTGAGATTTTGATGCACCCATCACCTAAGCAGTATACACTGTACCCAATTTGTAGTCTTGTATCCCTCACCTCCCTCCCACCATTTCCCCCAAGTCCCCAAAGTCCATTGTATCATTCTTATGCCTTTGCATCCTCATAGCTTAGCTCCCACTTATGAGTGAGAACATATAATGTTTGGTTCTCCATTTCTGAGTTACTTCATTTAGAATATTGGTCTCCAATTCCATCCAGATTGCTGCGAATGCCTTTATTTTGTTCCTTTTCATGGCTGAGTAGTATTCCATAGTATATACATCCCACAATTTCTTTATCCATTCTTGATTGATGGGCATTTGGACTGGTTCCATGTCTTTACAATTGCGAATTGTGCTGCTACAAACATGCAGGTGCAAGTGTCTTTTTCATATAATGACTTCTCTTCCTCTGGGTAGATACCCTGTAGTGGGATTGCTGGATCAAATGGTAGTTCTACTTTTAGTTCTTTAAGGAATCTCCACACTGTTTTCCATAGTGGTTGTACTAGTTTACATTCCCACCAACAGTGTAGAAGTGTTCCCTGTTCACTGTATCCACACCATCATCTATTATTATTTGATTTTTTGATTATGGCCATTCTTGCAGGAGTAAGGTGGTATTGCACTGTGGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATCATTAGTGATGTTGAGCATTTTTTCATATATTTGTTGGCCATTTGTACATCTTCTTTTGAGAATTGTCTATTCATGTCCTTTGTCCATTTTTTGATGGGATTATTTGTTTTTTTCTTGCTAATTTGAGTTCCCTGTAGATTCTGGATATTAGACCTTTGTTGGATGTGTAGGTTGTGAAGATTTTCTCCCACTCTTTGGGTTGTCTGTTTACTCTGCTGATTATTTCTTTTGCTGTGCAGAAACTTTTTAGTTTAATTAAGTCCCACCTATTTATCTTTTCGTTGTTGTTGTTTTTTGGGGTTGTTTTGTTTTGGCTTGGTTTTGCATCTGCTTTTGGGTTCTTGGTCATGAAGTCTTTGCCTAAGCCAATATCTAGAAGGGTTTTTCTGATGTTCTAGAATTTTTATGGTTCAGGTCTTAGATTTAAGTCCTTGATCCATCTTGAGTTGATTTTTGTATAAGGTGAGAGATGAGGATCCAGTTTCATGCTTCTACATGTGGCTTGCCAATTATCCCAGTACAATTTGTTGAATAGGGTTAATATTTAAAGCTTTATATATTTAGGTGTTCCTATTTTGGGTACATATTTATTTACAACTATCATATCCTCCTGATGGATTGACCCCTTTCTCATTATATAATGGTCTTCTTGTCTCTTTTTACAGTTTTTGTCTTAAAGCCTAATTTGTCTGATAAAAGTTCAGCTACCTTTGCTCTCTTTTGGTTTCTATTTGCATGGAATATTTTTTTCCAACCCTTCGCATTCACTCTATGTGTGTTCTTAAAGATGAAATGAGATGCTGTAGGGGCATATGCTTGGGTCTTGTTTTATTCATTCATTCAGCCACCCTTTTGATTAGAGAATTTAATTCATTTGTATTCAAGGTAATTATTGACAGACAAGGACTTACTACTGCCATTTTGTTAATTGTTTTCTTGATGTTTTATAGATCTTTTGTTCCTTTCATCCTCTCTTACTCTTTTCCTTTGTGATTAGGTGCTTTTCTCTAGTGGTGTACTTTGATTTTTACTTTTTATCTTTTGTTGCTCTACTATAGGTTTTTGCTTTGTGGTTACCATGAGGGTTACATAAAGCATAGTTATAAAAGGCTATTTTAAACTGATAACAGCTTAACTTTCAACACTTAAAAAAACTATACACTTTTACTCTACCAACTGCCCTCCATTTTATGTCTTTGATGTCATAATTTACCTAGTTTTGGAGATGTGTCCCCTTATTGTGTATCCCTTAACAAATTATTGTAGCAACAGTCATTTTTAATAGTTTTGGCTTTTAACTTTATACTAGAGATAGAATTAATTAACATACCACCACTACATTATTAGGGTATTCTAAATTGACTATGTATTTACCTTTATCAGTGAGATTTTTGTTTTCAATTTTCATGTTGTTAATTAGTATTCTTTCATTTCAACTTGGAGAATTCACATTAGCATTTTTTGTAAGATGGGTCTAGTAGTGGTGAACACCCTCAACTTTTGTTTATCTGGAGATGTCTTTACCTCTGCTTCATTTTGAAATATAACTTTTGTTCCATGATTGAAATGGACAAAATTGTTTTTTTAATTATGCAAAGTGCCAGGGTAAGCAGAATTACTCTTTTTTTTTTTTTCTGAGACCGAGTTTCACTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCTCTCAGCTTACCGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTTCTGCCTCAGCCTTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCACCATGCTCGGCTAATTTTGCATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACACCCGACCTCAGATGATCCGCCCACCTAGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTGCAGGTGTGAGCCACTGCGCCTGGCCAGAATTACTCTTATTTATCCTGAGCTTGAGGAAGAAAGAATTCAAAATTAAAATTTCACATTACCTAATGGCCAAAGCCTGCATTCAAAATAAGTAATCAGAAAAACATATAAAAACACAATAAGATAAACAGACTAAATATATGCAGTCATTTTATGGAACCAATCTGACTAGATTGGATGCAGACTAGGTAGGATGCAAATTTAAAAAAAACTTTATTCTTCTTCCACTTATAAACTTTAAACCTGCTTTGTGGAGCAAGTTCTTTTTATCTCTGGGGAAAGATCCTGAGTAAGTCTCATAGAGTTCTCATTCATTTAAATCACAAGAACAATCTTAGGTCAGTAATTAAACTATCTGGCCCAGTGTAATACTGAAACTTTCAAATACTTATCCACTTGAGCTCTTCTTTCCATCCCAGCTTGGTACTTCTTTGGTCCTAGAAGCCAGCAGTGGTTTATCATCGACTTATTCTTACTGACTAGCTCCCCAATACCCAGTAGCTGCTGTTTCTGGGCCCTCCAGGAATGGTTTTAGGAGGAAAGGGGATAAGGAGTAAAGGGCTGGTACTATTGTGATCATGCCAAAGGGCTTGGTGGATATTCCATGCTTCCCTTTCTCTCAAGAGGAAACTCCCTTTCTTGGAGACTCTCTCACTAGAACTTTCCAGAGGTGATTCAGGGGACAAGAGAATAATTGTCCTTAGGCAGACTCTTTTTCAAGCTGGTCCCAGAGCTTTCCCTCTTGCCAGTTAATTGGTTTAAGGACACAGTTGCACATCCTTGCCTTGCCTCTGCTGCTGTCCTCTGCCTTTCTGTCTGTTCTGAGTTATAGCCTTTCACATCAGTCCTGTACTCCCCAAACTCCAAGGAGCACAAGTCAGATCATCTAAGTGATCCTCTTGAAGCCTCTTGTTTAAGATGGGGGAAGCACCCTTCCTTTTCCATGGCACTCTGGCATTCCAACAACACTTTAAATAATTTTTTCTCTCAAAATTCTTAAGCCTCTCCTCTTTAATCCTTCGCCATTTTTATGTATTATTACTTTATATGATGAGCTAAGAGTTACAAAACTGGTTTTTAGAAATCTCCTTAGCAAATGTTTTACTGCTAGTTTAGCAGCTCACTTTATAATAAGGATATATGATATATTTCTTTGGTTCCTCTGCCTCTGGGACCTCAGCTCATCCTGAGGCAGAGAGTCCCATTTTAACATTCTGTTACATAAACCAGTGGCAAAATGGCTTTAACCTGAGGGTAATAATTACCAGGAACAAACAGAAAACAGAAAAAAAGTAAACTGGTTATGATATCTGAGTCCCTTCCCTCCCTCATCCTCACAG
Seq C2 exon
GGACCAGCTGGGTGAGATGTCGTACACCACAATGTGCATCAAGGAGACGTGCCGATTGATTCCTGCAGTCCCGTCCATTTCCAGAGATCTCAGCAAGCCACTTACCTTCCCAGATGGATGCACATTGCCTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000186377:ENST00000371901:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.016 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(13.8=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(9.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development