HsaINT0046710 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000213047 | DENND1B
Description
DENN/MADD domain containing 1B [Source:HGNC Symbol;Acc:28404]
Coordinates
chr1:197627430-197641286:-
Coord C1 exon
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Coord C2 exon
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Length
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Sequences
Splice sites
5' ss Seq
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000213047-DENND1B:NM_144977:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0345613=uDENN=PD(48.4=73.2),PF0214116=DENN=PU(3.9=17.1)
A:
NA
C2:
PF0214116=DENN=FE(12.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)