BtaINT0007075 @ bosTau6
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr16:78541791-78552437:-
Coord C1 exon
chr16:78552318-78552437
Coord A exon
chr16:78541861-78552317
Coord C2 exon
chr16:78541791-78541860
Length
10457 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
CTATTATTATTATTTTACAGTTA
3' ss Score
8.68
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
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A:
NA
C2:
PF0214116=DENN=FE(12.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development