GgaINT0039589 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002246 | DENND1B
Description
NA
Coordinates
chr8:2398500-2404279:+
Coord C1 exon
chr8:2398500-2398619
Coord A exon
chr8:2398620-2404209
Coord C2 exon
chr8:2404210-2404279
Length
5590 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGC
5' ss Score
9.85
3' ss Seq
CTTTTTTTCCTCTCTTTTAGTTA
3' ss Score
11.66
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGTCCCAAAACCAAGTAGGACAGCATTTTACTTTTGTGCTCACCGACATTGAAAGTAAGCAACGGTTTGGATTTTGCCGTTTGACATCAGGAGGCAAAGTCTGCCTCTGTATTCTGAG
Seq A exon
GTAAGCTGCTTATGGAAAATTGAGTACAGAAGTGAATATAGAAAAAATGTAAGATCTCTTGAAATCTGTTAATACTTTGTACCAACAATTATTAACAATAAGTATTTACTGTTATCAGTACACCATTTCTGTACAGTAATGTTACCATTGATTTCAGATGAAAAGTGGTCCCAAGTCCTACATGATGGTTGCAATTTGGATAGCACAGGAGCTTTACACTGCAGCTTTTAAAGGCTTTGAGCATTACGTGGATATTTTAAATTTTTAATGGAACCATTGACAAGTATCCCATCGATTTCATGATGAAATACACTATTGTATATTTCTGTACTTGGAAGAGTACTTTCCAAGTGTCTTCCATCTTTTTCACGTAACAAACTCCAGAGTGAGATTACTCATCAATGTACAGCATGGCACTGTGGTGCAGAATTGACACTGAGGATTAGGAAATTGACATCATTTAAATAGTTTGTTTTTCTTTCTGATTATTCTTTATTCTCCTGTAGAGTAATAGGTTTAGTGATGAAGAAGGGGAAAAAAGAGTAAGCTAAAGCCTTCTTGTATTGTGCTTTATCATAAGGCAAAATTGCTTTGAAGTATTCAAGTAATAACCTGGCAGCGTGCAGTACCTATGGAGGAAATGGGGGCATCTTGTTTGGAACCCTCCTGATATCCAGAGTGTTAAACTGGTTCCAAACTATTGTTGAGAGCTTGTGCAGTGGTCTTTTGGGGCAAAGGAAAAAAAGTTTTTTTGGAAATTAGTTGACTCTTTGTGATCTCAGCAATACTTTTGTAATAATCTGCATTAAGATTTAGTTAAGGATACTGGAGGATAAAACACTTAACCATTTTTGCTGTGACATCTTTTGTTAATGTGTCTTGTTAAGCACCATAGAGAATGTATGCATATGCTTTTATCTTTTTTTGAGTTAAATTTTTCTTCCTTCATCAAACTAGAAACAAAATTTATGAATCTTACTCCTGACCTTGCCTGTCTAGCTTCTCATGCTGCGGTAACAAATCATAGAATGATAGTATGGCCTGGGTTGAAAAGAACCATAATGATCCTCTAGTTTCAACCCCCCTGCCACGGGCAGGGTCGCCAGCCACTAGACCAGGATGCCCAGAACCGCAGCCAGCCTGGCCTTGAACGCATCTAGCGATGGGGCTCAAGTGTGCATATTTAAATTCTGCCTATAGCACTGCAAAGAAAAAGATGCACATTCTCAGCTGGTGTAAACTAAGGTATTTCGCCTAACATTTCCACAGAGACATATATCAGTTAGAGATTAGCCAATGGTCTGTTACCTGACAGGGATAAGTAGGAAAATGAGAAGTGGCAAGCTATATTTTTGTCACTAAACCGTAATCAAAACATTGCCTATATTGCTTTTATTGTGGCAATTTCAAATTTACAGCACAACACCGAGTGCCTAACAGCACTAGCTTCGTGGAATTGTACTTCTGGATTGGTAGCCTTTTGCTCTCCAGTTTATTTGTTAGTTTGAGATACTGTTTAGCTTGGATAGAAAGCATGCATCAGTGTTTTCAATGAAGTGTTTTCATATCTGGTCTGGTTTCTCCAAGGTTTGTTAGGAACGACCAAGTGAAAGAAGGCCTGCTAGCAGATTTCTATTGGCATTTATTCTATCTATGCCTTGTTCATATTTATCTTAAATTTATCTTAAAGTAACTAATATGAAAGACATTTTAATGAAGGGTTGCTGTCTTTATGTATAAAGATTCTGTACATGTAAACAGTTGCTTTTTCTTCCATATTTCAAAATACCATTAGTGTACATTCTGTATGTATATATACAACACAGTAAGAACAATTCAAACTACATGCATCTGTCACAGATATCTAATAATCTTGAAGTTTATATAAGCACACAAATGTGGGCATACAAGAAAGCCATATCTAACTACTGCACATCTACATATGTACATACTTGTGTATCTCTACTAAGAGGACTGCATTTAAACTTCTGGCTGAGGCTTTATCACAAACTAGAGACAGTCAAGTATAAAAGACTGAACTGATAGTAGTAGATAACTAAAATCTAAGTAAAAGTATCTAAAAGGAAGAGCAGGAAGAAGCTAATCACAGTGGAGAAAGAAATTCTATTAAAAATTTGGGTAGGCTGATGAGTAGAGAGCAGAATACAGCTCGTCTCTGGTGAATATCTTTTGTGGGTGGTTTCAGTTTGTGTGTTAACCTTTGCCAGGCTGGCAAAGTATTGAGTTTTGAACTGGAAAGTGGCAAAAAGACTACTTGTCCTGAAATTTTACACAACCAATGTAAAGCTGCTTATGGGATTAGGTCTTGCAGCTTATCTCTCTATAATTCATTATTTTCTTCATTCTTATCTGAAATGCTAATTAAAGGAAATCATCTTTGAATTCTCAGCCATGTAATGCTGCATTAAATTGGTGAATTTTAAGCAGCGTGTATACTTGGGTTGTAGATACAAAAATTCTGTAGATGTTTCATGGTTTTGTACACTTTATATACACACAACGTGAACAGAATTCTGAGGTCAGAATGTTTTGTCTGATTTCTATGTGAGTGCTAATAAAGTGAAATAACTACACCTGACGTGGCTATCCCAGGCATTTTCACCTGAAGAAATTACTTGTGCTAAGGTATGGTCTATAATGATCAGGCAGAATTTGACTATTTGCCAAATTCAATGTGCAAATGAGTGCAAAATTGTAGTAAGATGAGAGAACAAATCTTGGATCAGTTTCCAGGAATGTAGCCTGATTAATTTGCAATTCTTTTGGCTTGTTTGTTTTCCTCTATTTTTAAATGACGAGGCTACTTTGTGTGAAGCTCTGGGTGTGAGTCCTGCTGTGTCACTTCCTTCTCCACAAACTACTGAGCTCAAGTAGTCCCTAAGAACCTGGGTACCACAGCAGGAGTATTGTAATGTATTTTTGTTCTCATATACTATACTGGATCTTTTATTCTAGTTCAGTTTTCCATATGTTTATTTCAGCAGCTCAGAATTGAAGTGGTGCAATAGAAATGTTAATGTTCACTTTTAAATAATAGAAATAAACTTAATTCTTTTGGGTATTGTTTTTATTTATCTCTGCTGTATGTAGTAGGAATAATGCTTTGAGTTTACACTGAACTGTTTTTGAATTACCAGAATGGTTTTAATATGAAGTTCATATAATTTGACTGATCTTTTTGTTAAAAATCTTGGAACTGTTGAATGCGAGGTTGACCTTATGTATCTAGAGAAATGCAAAATGCATCATTAAAACTTTCAGTCTTAGATTTCATTAATTTTTACGACTGTAAAATTGTCACCTATGTTTCTAAATGAAATGCTATAATAAGGAAGACAGGTTTACGTGGTAAGTCTTTGTAGTTCTTCAGTTCAGGCCATGCTTGAAGCTTTCCCTCTCTTCCTTTAGGCAAATCCCTTAGAAGCAGAATGTTTCAATTTTACACATTTTGTGTCAATTTTCCAGACAGAAAAGTAGCCCCTAGACATTAGACATTTAGCTACGGAAAGGCAGTTTCCTTAGTTTTATTTGATTACTAGAAGTTAGATTCCTGCTGATAGTTCAGGACTGTTAGTGGTTACCTGACTATTTGACAGAAAACATTTCCTTTCCTTTATTTAACCTTTGACTCATGAATGTAAAAGATCTATCAGAGCTATAGCAGAAGCACAAGTGAGGTGGAAGTCTACTTACTGCAACAGGGGTTATGCACGACTTTGAGTAAAGTCTGAGCTCCTGTCTTGTGGCTCATTTGGATTAAAAGAAAATGCTAAGTATGTTTCTAATTAGCCATGAAATATCTCTTGCTTGTGTTTTCGTGACAGGTAGTGGCTATAGTCTTAAAGACCACTGTATTCTAAAACAGGAAAAACATGTATTTTAAAACTCTCATGTATGTATTTTGATATTGTTTGTTGCATGAAGAGTCTTTTGTGGCAACTTTATAGGAATAGGAGGTGGTTGTATGTTTGTATGTTCGTTTCTCAAAGGAGTATTAGTTGTAACATGCTATCTGTGACGCCATGTGTACAATTAAAGAACAGTGAGAAAGCAATGATGGTCTCATTATTTAAGCAACTACATTCTTATTTGATGAAGACAGAGCTTGAAGGTCTTCGCTTTCATGCTGTAGATGCTTTGACTTGTCTTAATTTTTCAGGTTTGAGTAGTATGCTGAAATTATATTAATCTTGTGTCTGTGGTGCTTAAAGGTTTAAAGCAATTCTTCATCCAGTTTTTCAGCTCAGAAGGAAGCTGGTATTTTTAAACTATGTGCAAACAGGTCTGTTTTTACAACACGTGTATTTGTGATTTTGTTATCTGTAGATATGGATGTACATCATCAACCTCATCTTGCTAAGGGAGCAAGCTCATGTAAGAGTACTCTGGTCAGCATCTCTTACCCTATGAAAGAAAACCCTTCCCTGGCTTTGTGCTCAGGTTCATTAATTTTAAGTAATGAATATGGCTTCATGTATCTATTGAAAAATAAAATTTTACTTTTCACAATAAGAGGGGAGCTGAGATCGTAGATGTATGACAGAAATATTGTTAATATTTTATTGAAGTAGGAACATTTATAGCATGATGTTCATTACGAAAAGCAAATGATCAGATAAGATTTTAGAATATTCTACAACAAAAAAAAATGATATCTTTGGATGATATAGCCTGCTACTGCTGAGGTGATGGCAAAACACTGGAAGGGCTTTAAATGATGGAAACTACTCCTGTGTCCAGGTTTATAAAGGTATTTTGCAGTTTGCACCTTGTAACTTAATTTGGATGAAGTGGTTGAGCCATGCTCTGATCTCTGCTGCAGCTGGAGGCTGGCAGAGCTGTTTGGTGGCTGCAATGTCTGCAGGGACCCTGGAGGTTGTGCCCAGCAGTTTTGTTTTTGTGTTCAGGATGAGGGAAATATGATTTCAGAAGGTCATAGGACAGGAGTTCCAAGTGGAATAAAACTCCAAGACCAGTAG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Seq C2 exon
TTATTTACCCTGGTTTGAAGTATACTATAAGCTTTTAAATACTCTGGCAGATTATTTGGCTAAAGAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002246:ENSGALT00000003516:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0214116=DENN=PU(4.4=33.3)
A:
NA
C2:
PF0214116=DENN=FE(12.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]