HsaINT1010900 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000213047 | DENND1B
Description
DENN domain containing 1B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28404]
Coordinates
chr1:197658300-197672156:-
Coord C1 exon
chr1:197672037-197672156
Coord A exon
chr1:197658370-197672036
Coord C2 exon
chr1:197658300-197658369
Length
13667 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGAGT
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3' ss Seq
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3' ss Score
6.14
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
TTACCTTCCCTGGTTTGAAGTGTATTACAAGCTTCTAAATACTCTTGCAGATTACTTGGCTAAGGAACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000213047:ENST00000620048:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0345613=uDENN=PD(48.4=73.2),PF0214116=DENN=PU(3.9=17.1)
A:
NA
C2:
PF0214116=DENN=FE(12.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains